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- PDB-9gan: CryoEM structure of influenza A RNP-like particle single-stranded... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gan
タイトルCryoEM structure of influenza A RNP-like particle single-stranded assembled with a 12-mer RNA.
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / RNA / complex / RNP-like / influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Chenavier, F. / Ruigrok, R.W.H. / Schoehn, G. / Ballandras-Colas, A. / Crepin, T.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-23-CE11-01 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)ANR-10-INSB-0005-02 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Influenza a virus antiparallel helical nucleocapsid-like pseudo-atomic structure.
著者: Florian Chenavier / Eleftherios Zarkadas / Lily-Lorette Freslon / Alice J Stelfox / Guy Schoehn / Rob W H Ruigrok / Allison Ballandras-Colas / Thibaut Crépin /
要旨: Influenza A viruses are responsible for human seasonal epidemics and severe animal pandemics with a risk of zoonotic transmission to humans. The viral segmented RNA genome is encapsidated by ...Influenza A viruses are responsible for human seasonal epidemics and severe animal pandemics with a risk of zoonotic transmission to humans. The viral segmented RNA genome is encapsidated by nucleoproteins (NP) and attached to the heterotrimeric polymerase, forming the viral ribonucleoproteins (vRNPs). Flexible helical vRNPs are central for viral transcription and replication. In this study, we present an advanced biological tool, the antiparallel helical RNP-like complex, assembled from recombinant N-terminally truncated NP and short synthetic RNA. The 3.0 Å cryo-electron microscopy structure details for the first time the whole RNA pathway across NP as well as NP-NP interactions that drive the antiparallel helical assembly accommodating major and minor grooves. Our findings show that the surface of the protein can harbour several conformations of the RNA, confirming that the number of nucleobases that binds to NP is not fixed, but ranges probably between 20 and 24. Taking all together, our data provide details to further understand the genome encapsidation and explain the inherent flexibility of influenza A virus vRNPs.
履歴
登録2024年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0415
ポリマ－119,5474
非ポリマー4941
水00
1
C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
D: RNA (5'-P(UC)6-FAM3')
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)960,32440
ポリマ－956,37632
非ポリマー3,9488
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-P(UC)6-FAM3')


分子量: 3623.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 56150.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2
#3: 化合物 ChemComp-A1IJK / 2-[3,6-bis(oxidanylidene)-4,5-dihydroxanthen-9-yl]-4-[3-[(2R)-2-oxidanylpropoxy]propylcarbamoyl]benzoic acid


分子量: 493.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27NO8
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex NP-RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol 2 mM methyl-PEG8-NHS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMNaClNaCl1
35 mMbeta-mercaptoethanol1
42 mMmethyl-PEG8-NHS1
54 uMRNA (5'P-(UC)6-FAM3')1
試料濃度: 0.23 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM betamercaptoethanol Incubation overnight with 0.004 uM RNA. Prior freezing, the sample was incubated with 2 mM methyl PEG8 N hydroxysuccinimide ester reagent.
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 5 seconds blot at force 0

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3SerialEM画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 63.68 ° / 軸方向距離/サブユニット: 25.34 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58911 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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