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- EMDB-51189: Focused reconstruction on strand 1 of the influenza A RNP-like pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51189
タイトルFocused reconstruction on strand 1 of the influenza A RNP-like particle double-stranded assembled with a 18-mer RNA.
マップデータLocal refinement map focused on one strand of the global double stranded helical assembly
試料
  • 複合体: complex NP-RNA
    • 複合体: Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-P(UC)9-FAM3')
  • リガンド: 2-[3,6-bis(oxidanylidene)-4,5-dihydroxanthen-9-yl]-4-[3-[(2R)-2-oxidanylpropoxy]propylcarbamoyl]benzoic acid
キーワードNucleoprotein / RNA / complex / RNP-like / influenza virus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Chenavier F / Ruigrok RWH / Schoehn G / Ballandras-Colas A / Crepin T
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-23-CE11-01 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)ANR-10-INSB-0005-02 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Influenza a virus antiparallel helical nucleocapsid-like pseudo-atomic structure.
著者: Florian Chenavier / Eleftherios Zarkadas / Lily-Lorette Freslon / Alice J Stelfox / Guy Schoehn / Rob W H Ruigrok / Allison Ballandras-Colas / Thibaut Crépin /
要旨: Influenza A viruses are responsible for human seasonal epidemics and severe animal pandemics with a risk of zoonotic transmission to humans. The viral segmented RNA genome is encapsidated by ...Influenza A viruses are responsible for human seasonal epidemics and severe animal pandemics with a risk of zoonotic transmission to humans. The viral segmented RNA genome is encapsidated by nucleoproteins (NP) and attached to the heterotrimeric polymerase, forming the viral ribonucleoproteins (vRNPs). Flexible helical vRNPs are central for viral transcription and replication. In this study, we present an advanced biological tool, the antiparallel helical RNP-like complex, assembled from recombinant N-terminally truncated NP and short synthetic RNA. The 3.0 Å cryo-electron microscopy structure details for the first time the whole RNA pathway across NP as well as NP-NP interactions that drive the antiparallel helical assembly accommodating major and minor grooves. Our findings show that the surface of the protein can harbour several conformations of the RNA, confirming that the number of nucleobases that binds to NP is not fixed, but ranges probably between 20 and 24. Taking all together, our data provide details to further understand the genome encapsidation and explain the inherent flexibility of influenza A virus vRNPs.
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map focused on one strand of the global double stranded helical assembly
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å		1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å		1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.222
最小 - 最大-0.5496895 - 1.1738515
平均 (標準偏差)0.00026100132 (±0.018086025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 458.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51189_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map with EMready

ファイルemd_51189_additional_1.map
注釈Sharpened map with EMready
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: B-factor sharpened map

ファイルemd_51189_additional_2.map
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_51189_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_51189_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex NP-RNA

全体名称: complex NP-RNA
要素
  • 複合体: complex NP-RNA
    • 複合体: Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-P(UC)9-FAM3')
  • リガンド: 2-[3,6-bis(oxidanylidene)-4,5-dihydroxanthen-9-yl]-4-[3-[(2R)-2-oxidanylpropoxy]propylcarbamoyl]benzoic acid

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超分子 #1: complex NP-RNA

超分子名称: complex NP-RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Nucleoprotein

超分子名称: Nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 56.150395 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HMTDGERQNA TEIRASVGKM IDGIGRFYIQ MCTELKLSDY EGRLIQNSLT IERMVLSAFD ERRNKYLEEH PSAGKDPKKT GGPIYRRVD GKWRRELILY DKEEIRRIWR QANNGDDATA GLTHMMIWHS NLNDATYQRT RALVRTGMDP RMCSLMQGST L PRRSGAAG ...文字列:
HMTDGERQNA TEIRASVGKM IDGIGRFYIQ MCTELKLSDY EGRLIQNSLT IERMVLSAFD ERRNKYLEEH PSAGKDPKKT GGPIYRRVD GKWRRELILY DKEEIRRIWR QANNGDDATA GLTHMMIWHS NLNDATYQRT RALVRTGMDP RMCSLMQGST L PRRSGAAG AAVKGVGTMV MELIRMIKRG INDRNFWRGE NGRRTRIAYE RMCNILKGKF QTAAQRTMVD QVRESRNPGN AE FEDLIFL ARSALILRGS VAHKSCLPAC VYGSAVASGY DFEREGYSLV GIDPFRLLQN SQVYSLIRPN ENPAHKSQLV WMA CHSAAF EDLRVSSFIR GTKVVPRGKL STRGVQIASN ENMETMESST LELRSRYWAI RTRSGGNTNQ QRASSGQISI QPTF SVQRN LPFDRPTIMA AFTGNTEGRT SDMRTEIIRL MESARPEDVS FQGRGVFELS DEKATSPIVP SFDMSNEGSY FFGDN AEEY DNLEHHHHHH

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-P(UC)9-FAM3')

分子名称: RNA (5'-P(UC)9-FAM3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.45717 KDa
配列文字列:
UCUCUCUCUC UCUCUCUC

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分子 #3: 2-[3,6-bis(oxidanylidene)-4,5-dihydroxanthen-9-yl]-4-[3-[(2R)-2-o...

分子名称: 2-[3,6-bis(oxidanylidene)-4,5-dihydroxanthen-9-yl]-4-[3-[(2R)-2-oxidanylpropoxy]propylcarbamoyl]benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1IJK
分子量理論値: 493.505 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.23 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaClNaCl
5.0 mMbeta-mercaptoethanol
2.0 mMmethyl-PEG8-NHS
4.0 uMRNA (5'P-(UC)6-FAM3')

詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol 2 mM methyl-PEG8-NHS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 seconds blot at force 0.
詳細20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM betamercaptoethanol Incubation overnight with 0.004 uM RNA. Prior freezing, the sample was incubated with 2 mM methyl PEG8 N hydroxysuccinimide ester reagent.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 56.13 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 276761
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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