[日本語] English
万見
- PDB-9ga1: Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ga1
タイトルStructure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibrio bacteriovorus
要素Major outer membrane protein
キーワードLIPID TRANSPORT / Outer Membrane Protein / Porin / Beta-barel
機能・相同性beta-D-glucopyranose / OCTAN-1-OL / N-OCTANE / PALMITIC ACID / Major outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Parr, R.J. / Lovering, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust209437/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A porin-like protein used by bacterial predators defines a wider lipid-trapping superfamily.
著者: Rebecca J Parr / Yoann G Santin / Giedrė Ratkevičiūte / Simon G Caulton / Paul Radford / Dominik Gurvič / Matthew Jenkins / Matthew T Doyle / Liam Mead / Augustinas Silale / Bert van den ...著者: Rebecca J Parr / Yoann G Santin / Giedrė Ratkevičiūte / Simon G Caulton / Paul Radford / Dominik Gurvič / Matthew Jenkins / Matthew T Doyle / Liam Mead / Augustinas Silale / Bert van den Berg / Timothy J Knowles / R Elizabeth Sockett / Phillip J Stansfeld / Géraldine Laloux / Andrew L Lovering /
要旨: Outer membrane proteins (OMPs) define the surface biology of Gram-negative bacteria, with roles in adhesion, transport, catalysis and signalling. Specifically, porin beta-barrels are common diffusion ...Outer membrane proteins (OMPs) define the surface biology of Gram-negative bacteria, with roles in adhesion, transport, catalysis and signalling. Specifically, porin beta-barrels are common diffusion channels, predominantly monomeric/trimeric in nature. Here we show that the major OMP of the bacterial predator Bdellovibrio bacteriovorus, PopA, differs from this architecture, forming a pentameric porin-like superstructure. Our X-ray and cryo-EM structures reveal a bowl-shape composite outer β-wall, which houses a central chamber that encloses a section of the lipid bilayer. We demonstrate that PopA, reported to insert into prey inner membrane, causes defects when directed into Escherichia coli membranes. We discover widespread PopA homologues, including likely tetramers and hexamers, that retain the lipid chamber; a similar chamber is formed by an unrelated smaller closed-barrel family, implicating this as a general feature. Our work thus defines oligomeric OMP superfamilies, whose deviation from prior structures requires us to revisit existing membrane-interaction motifs and folding models.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major outer membrane protein
B: Major outer membrane protein
C: Major outer membrane protein
D: Major outer membrane protein
E: Major outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,06828
ポリマ－181,4025
非ポリマー3,66623
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area65750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)175.430, 191.346, 184.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCDE

#1: タンパク質
Major outer membrane protein


分子量: 36280.457 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd0427 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MQN4
#4: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 314分子

#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18
#5: 化合物
ChemComp-OC9 / OCTAN-1-OL / オクタノ-ル


分子量: 130.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M NaCl, 25% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 10% v/v DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→63.54 Å / Num. obs: 76317 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1614 / Rpim(I) all: 0.0448 / Rrim(I) all: 0.1675 / Net I/σ(I): 12.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.011 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 7548 / CC1/2: 0.871 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.2795 / Rrim(I) all: 1.05 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→63.54 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 3737 4.9 %
Rwork0.1977 --
obs0.1998 76238 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→63.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12620 0 250 295 13165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98317756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2751921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.840.42991170.33992694X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.870.36391430.29252642X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.910.33941320.28112654X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.950.36461500.25662681X-RAY DIFFRACTION100
2.95-30.30351240.25542638X-RAY DIFFRACTION100
3-3.040.28361290.20452674X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.090.24641310.18622682X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.150.27481330.18452674X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.210.25171250.18842644X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.270.2341210.18522705X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.330.26931220.19532681X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.410.25071280.20152687X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.490.2441370.20732667X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.570.25071310.2162685X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.670.29841390.21942658X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.780.24821420.2052671X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.90.28711470.1942690X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.040.22971460.18542677X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.20.20341430.17112672X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.390.18721480.16432684X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.20161510.15692694X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.910.19211590.15642675X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.290.18481720.1592661X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.820.21591350.17012724X-RAY DIFFRACTION100
5.82-6.660.23771270.18582748X-RAY DIFFRACTION100
6.66-8.390.22161540.19382745X-RAY DIFFRACTION100
8.39-63.540.23061510.26592794X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る