PDB-9ga1: Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ga1

タイトル

Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibrio bacteriovorus

要素

Major outer membrane protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / Outer Membrane Protein / Porin / Beta-barel

機能・相同性

beta-D-glucopyranose / OCTAN-1-OL / N-OCTANE / PALMITIC ACID / Major outer membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Parr, R.J. / Lovering, A.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A porin-like protein used by bacterial predator defines a wider lipid-trapping superfamily
著者: Parr, R.J. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2024年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ga1.cif.gz	334.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ga1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ga1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ga1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ga1_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9ga1_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	9ga1_validation.cif.gz	95.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51308C 9gf0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Major outer membrane protein

B: Major outer membrane protein

C: Major outer membrane protein

D: Major outer membrane protein

E: Major outer membrane protein

ヘテロ分子

185 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.430, 191.346, 184.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCDE

#1: タンパク質

Major outer membrane protein

分子量: 36280.457 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd0427 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MQN4

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 4種, 314分子

#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈
#5: 化合物	ChemComp-OC9 / OCTAN-1-OL / オクタノ-ル分子量: 130.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M NaCl, 25% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 10% v/v DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→63.54 Å / Num. obs: 76317 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1614 / R_pim(I) all: 0.0448 / R_rim(I) all: 0.1675 / Net I/σ(I): 12.26
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 1.011 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 7548 / CC_1/2: 0.871 / CC star: 0.965 / R_pim(I) all: 0.2795 / R_rim(I) all: 1.05 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→63.54 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	3737	4.9 %
R_work	0.1977	-	-
obs	0.1998	76238	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→63.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12620	0	250	295	13165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	17756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.275	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.84	0.4299	117	0.3399	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.87	0.3639	143	0.2925	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.3394	132	0.2811	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.95	0.3646	150	0.2566	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3	0.3035	124	0.2554	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.04	0.2836	129	0.2045	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.09	0.2464	131	0.1862	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.15	0.2748	133	0.1845	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.21	0.2517	125	0.1884	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.27	0.234	121	0.1852	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.33	0.2693	122	0.1953	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.41	0.2507	128	0.2015	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.49	0.244	137	0.2073	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.57	0.2507	131	0.216	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.67	0.2984	139	0.2194	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.78	0.2482	142	0.205	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.9	0.2871	147	0.194	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.04	0.2297	146	0.1854	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.2	0.2034	143	0.1711	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.39	0.1872	148	0.1643	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.62	0.2016	151	0.1569	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.91	0.1921	159	0.1564	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.29	0.1848	172	0.159	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-5.82	0.2159	135	0.1701	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-6.66	0.2377	127	0.1858	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-8.39	0.2216	154	0.1938	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
8.39-63.54	0.2306	151	0.2659	2794	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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