PDB-9g9r: Crystal structure of PbdA bound to p-ethylbenzoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g9r

タイトル

Crystal structure of PbdA bound to p-ethylbenzoate

要素

Cytochrome P450 CYP199

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Lignin

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hinchen, D.J. / Wolf, M.E. / Eltis, L.D. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Characterization of a cytochrome P450 that catalyzes the O-demethylation of lignin-derived benzoates.
著者: Wolf, M.E. / Hinchen, D.J. / McGeehan, J.E. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2024年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g9r.cif.gz	321 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g9r.ent.gz	253 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g9r_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g9r_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9g9r_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	9g9r_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g9qC 9g9sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 CYP199

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

93.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.751, 54.437, 64.018
Angle α, β, γ (deg.)	99.541, 95.379, 102.644
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 CYP199 分子量: 45972.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) 遺伝子: RHA1_ro02948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0SCI3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EGM / 4-ethylbenzoic acid / 4-エチル安息香酸分子量: 150.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→52.13 Å / Num. obs: 77677 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.976 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.89-52.13	3.5	0.015	31	513	0.873	0.015	0.022	0.38	99.4
1.65-1.68	3.3	1.614	0.7	3887	0.345	1.614	2.283	0.88	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
REFMAC	5.8.0430	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→52.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.573 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	3907	5.035 %
R_work	0.1941	73685	-
all	0.197	-	-
obs	-	77592	96.784 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.836 Å²	-1.113 Å²	2.234 Å²
2-	-	-1.405 Å²	-1.172 Å²
3-	-	-	0.127 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→52.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6047	0	138	454	6639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.821	8846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.608	1.754	13567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.876	5	803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.233	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.32	10	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.492	10	300
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.175	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.203	2.408	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.203	2.408	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.136	4.317	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.136	4.317	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.896	2.667	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.896	2.667	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.423	4.758	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.422	4.758	4844
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.729	28.072	7662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.671	27.204	7559

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.363	254	0.362	5341	0.362	5919	0.859	0.879	94.5261	0.372
1.693-1.739	0.347	272	0.342	5217	0.342	5772	0.891	0.894	95.097	0.35
1.739-1.789	0.304	277	0.315	5133	0.315	5645	0.921	0.907	95.837	0.32
1.789-1.844	0.318	243	0.293	4967	0.294	5429	0.914	0.918	95.9661	0.292
1.844-1.905	0.292	249	0.266	4798	0.267	5276	0.926	0.938	95.6596	0.261
1.905-1.972	0.279	241	0.242	4707	0.244	5124	0.936	0.95	96.5652	0.234
1.972-2.046	0.29	212	0.215	4550	0.218	4924	0.941	0.961	96.71	0.202
2.046-2.129	0.245	260	0.196	4346	0.198	4761	0.958	0.969	96.7444	0.182
2.129-2.224	0.263	266	0.192	4174	0.196	4572	0.951	0.972	97.1129	0.179
2.224-2.332	0.256	220	0.183	3990	0.187	4349	0.959	0.976	96.8039	0.169
2.332-2.458	0.264	224	0.179	3818	0.184	4175	0.961	0.979	96.8144	0.166
2.458-2.607	0.26	174	0.175	3641	0.179	3894	0.959	0.981	97.9712	0.162
2.607-2.786	0.235	162	0.169	3420	0.172	3665	0.968	0.982	97.7353	0.158
2.786-3.009	0.231	183	0.159	3209	0.163	3441	0.969	0.984	98.576	0.149
3.009-3.295	0.228	166	0.172	2928	0.175	3135	0.968	0.982	98.6922	0.164
3.295-3.682	0.213	132	0.156	2700	0.159	2866	0.974	0.985	98.8137	0.153
3.682-4.248	0.205	128	0.152	2361	0.155	2522	0.975	0.986	98.6915	0.153
4.248-5.194	0.202	119	0.15	1951	0.153	2119	0.974	0.987	97.6876	0.152
5.194-7.31	0.206	79	0.177	1560	0.179	1648	0.974	0.982	99.4539	0.179
7.31-52.13	0.25	46	0.19	874	0.193	923	0.969	0.982	99.675	0.196

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