PDB-9g9s: Crystal structure of PbdA bound to veratrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g9s

タイトル

Crystal structure of PbdA bound to veratrate

要素

Cytochrome P450 CYP199

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hinchen, D.J. / Wolf, M.E. / Eltis, L.D. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Characterization of a cytochrome P450 that catalyzes the O-demethylation of lignin-derived benzoates.
著者: Wolf, M.E. / Hinchen, D.J. / McGeehan, J.E. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2024年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g9s.cif.gz	319.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g9s.ent.gz	251.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g9s_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g9s_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9g9s_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	9g9s_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g9qC 9g9rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 CYP199

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.999, 55.357, 64.693
Angle α, β, γ (deg.)	98.676, 95.002, 99.014
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 CYP199 分子量: 45972.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) 遺伝子: RHA1_ro02948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0SCI3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-TWO / 3,4-dimethoxybenzoic acid / VERATRIC ACID / 3,4-ジメトキシ安息香酸分子量: 182.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M Sodium phosphate, 0.8 M Potassium phosphate, 0.1 M HEPES 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→63.54 Å / Num. obs: 57209 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.129 / R_rim(I) all: 0.182 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.06-63.54	3.6	0.035	17.2	495	0.991	0.035	0.05	0.56	99.4
1.85-1.89	3.5	1.109	0.9	3478	0.412	1.109	1.568	0.96	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
REFMAC	5.8.0430	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→63.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 6.052 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2837	4.961 %
R_work	0.2078	54352	-
all	0.21	-	-
obs	-	57189	97.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.602 Å²	-0.588 Å²	0.907 Å²
2-	-	0.832 Å²	0.348 Å²
3-	-	-	-0.397 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→63.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6053	0	124	488	6665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.823	8757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.599	1.757	13484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.142	5	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.23	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.68	10	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.198	10	298
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	5842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.032	2.384	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.032	2.384	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.947	4.279	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.947	4.28	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.318	2.554	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.317	2.554	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.549	4.596	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.549	4.596	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.09	26.022	7625
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.923	25.348	7467

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.336	193	0.325	4041	0.325	4414	0.89	0.911	95.9221	0.33
1.898-1.95	0.33	205	0.291	3804	0.293	4165	0.919	0.936	96.2545	0.295
1.95-2.006	0.298	201	0.27	3762	0.271	4093	0.934	0.946	96.8238	0.272
2.006-2.068	0.298	190	0.247	3694	0.249	4008	0.94	0.955	96.9062	0.247
2.068-2.136	0.299	184	0.242	3600	0.245	3899	0.926	0.959	97.0505	0.24
2.136-2.211	0.249	195	0.204	3430	0.207	3732	0.956	0.971	97.1329	0.199
2.211-2.294	0.272	162	0.198	3343	0.202	3601	0.948	0.972	97.3341	0.192
2.294-2.388	0.271	160	0.199	3211	0.202	3480	0.949	0.974	96.8678	0.19
2.388-2.494	0.315	166	0.204	3046	0.21	3296	0.934	0.972	97.4515	0.196
2.494-2.615	0.266	165	0.2	2973	0.203	3199	0.953	0.974	98.0932	0.192
2.615-2.756	0.258	133	0.199	2842	0.202	3031	0.96	0.975	98.1524	0.19
2.756-2.923	0.316	132	0.202	2695	0.207	2879	0.936	0.972	98.1938	0.192
2.923-3.125	0.26	131	0.198	2505	0.202	2671	0.956	0.974	98.6896	0.19
3.125-3.374	0.248	120	0.188	2363	0.191	2518	0.96	0.977	98.61	0.181
3.374-3.695	0.222	118	0.191	2155	0.193	2299	0.963	0.976	98.8691	0.186
3.695-4.13	0.214	110	0.186	1952	0.187	2083	0.969	0.977	98.9918	0.183
4.13-4.765	0.217	104	0.156	1689	0.159	1842	0.962	0.982	97.3399	0.156
4.765-5.828	0.202	86	0.198	1463	0.198	1558	0.975	0.977	99.4223	0.201
5.828-8.207	0.276	55	0.218	1146	0.221	1206	0.961	0.968	99.5854	0.219
8.207-63.54	0.181	27	0.216	638	0.215	670	0.981	0.964	99.2537	0.215

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