PDB-9g9q: Crystal structure of PbdA bound to p-methoxybenzoate.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g9q

タイトル

Crystal structure of PbdA bound to p-methoxybenzoate.

要素

Cytochrome P450 CYP199

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Hinchen, D.J. / Wolf, M.E. / Eltis, L.D. / McGeehan, J.E.

資金援助

米国,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Characterization of a cytochrome P450 that catalyzes the O-demethylation of lignin-derived benzoates.
著者: Wolf, M.E. / Hinchen, D.J. / McGeehan, J.E. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2024年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g9q.cif.gz	725 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g9q.ent.gz	490.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g9q_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g9q_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9g9q_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	9g9q_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g9rC 9g9sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 CYP199

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 CYP199

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.17, 55.11, 64.26
Angle α, β, γ (deg.)	99.87, 94.9, 103.24
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 8 - 399 / Label seq-ID: 28 - 419

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cytochrome P450 CYP199 分子量: 45972.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) 遺伝子: RHA1_ro02948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0SCI3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ANN / 4-METHOXYBENZOIC ACID / P-ANISIC ACID / 4-メトキシ安息香酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→52.595 Å / Num. obs: 43063 / % possible obs: 97.92 % / 冗長度: 3.57 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.1713 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.553 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 2096 / CC_1/2: 0.304 / R_pim(I) all: 0.95 / % possible all: 96.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→52.595 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 21.552 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	2174	5.049 %
R_work	0.1641	40887	-
all	0.169	-	-
obs	-	43061	97.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.466 Å²	-1.038 Å²	-0.113 Å²
2-	-	-0.509 Å²	-0.878 Å²
3-	-	-	0.944 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→52.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6014	0	150	360	6524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	6335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.202	1.82	8687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	1.749	13300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.09	5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.652	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.933	10	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.31	10	289
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.979	2.262	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.979	2.262	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.27	4.072	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.269	4.072	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.196	2.425	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.195	2.425	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.458	4.382	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.456	4.382	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.786	25.509	7197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.482	25.001	7142
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.986	3	12147
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	12389

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0977	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0977	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.03-2.083	0.395	168	0.328	2976	0.332	3275	0.897	0.923	96	0.329
2.083-2.14	0.342	155	0.288	2909	0.291	3152	0.915	0.942	97.2081	0.285
2.14-2.202	0.337	154	0.265	2839	0.269	3073	0.929	0.955	97.3967	0.258
2.202-2.269	0.332	151	0.257	2765	0.261	3004	0.906	0.956	97.0706	0.247
2.269-2.344	0.292	164	0.216	2638	0.221	2872	0.943	0.971	97.5627	0.2
2.344-2.426	0.286	157	0.199	2586	0.204	2804	0.945	0.975	97.8245	0.183
2.426-2.517	0.302	140	0.181	2514	0.187	2715	0.943	0.981	97.7532	0.162
2.517-2.619	0.272	103	0.169	2458	0.173	2614	0.958	0.984	97.9725	0.149
2.619-2.736	0.302	117	0.162	2341	0.168	2506	0.943	0.985	98.0846	0.139
2.736-2.869	0.271	114	0.149	2237	0.156	2389	0.958	0.987	98.4094	0.128
2.869-3.023	0.236	113	0.145	2114	0.15	2270	0.959	0.987	98.1057	0.124
3.023-3.206	0.293	90	0.141	2030	0.148	2152	0.948	0.988	98.513	0.12
3.206-3.427	0.26	112	0.135	1871	0.142	2012	0.958	0.989	98.5586	0.118
3.427-3.7	0.193	80	0.116	1771	0.12	1880	0.979	0.992	98.4575	0.104
3.7-4.051	0.219	79	0.122	1625	0.126	1727	0.972	0.991	98.6682	0.113
4.051-4.526	0.208	77	0.117	1479	0.122	1569	0.978	0.992	99.1714	0.111
4.526-5.22	0.18	77	0.116	1289	0.12	1376	0.985	0.993	99.2733	0.114
5.22-6.377	0.256	60	0.151	1099	0.157	1170	0.968	0.989	99.0598	0.143
6.377-8.953	0.223	40	0.146	860	0.149	905	0.976	0.988	99.4475	0.144
8.953-52.595	0.158	23	0.167	486	0.166	512	0.987	0.983	99.4141	0.179

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0234	-0.2077	-0.2831	0.6973	0.1845	0.7028	0.0117	0.0768	0.0576	-0.0208	-0.0209	0.0163	-0.0061	-0.0837	0.0092	0.004	-0.0067	-0.0032	0.0298	0.0092	0.008	-5.6168	16.404	11.2559
2	0.2264	0.0974	-0.1702	0.9089	0.3995	0.8897	0.0089	0.0511	-0.0089	-0.0863	-0.0107	0.0462	0.0114	-0.0458	0.0018	0.0274	0.0129	-0.0035	0.0509	0.0164	0.018	-24.9094	3.3822	-19.9585

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	8 - 400	28 - 420
2	2	B	B	7 - 400	27 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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