PDB-9g8f: Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g8f

タイトル

Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to orto vanillin

要素

Lignostilbene dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / oxygenase / Moesziomyces aphidis

機能・相同性

carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / : / Lignostilbene dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Moesziomyces aphidis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.844 Å

データ登録者

Plewka, J. / Schorber, L. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: structure of carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis in apo and product bound forms
著者: Schorber, L. / Plewka, J. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g8f.cif.gz	252 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g8f.ent.gz	192 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g89C 9g8aC 9g88 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (3)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lignostilbene dioxygenase

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.883, 84.937, 107.02
Angle α, β, γ (deg.)	90, 108.399, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 24 - 548 / Label seq-ID: 32 - 556

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lignostilbene dioxygenase / Carotenoid cleavage oxygenase / Aromatic dioxygenase 分子量: 62905.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Aromatic dioxygenase / 由来: (組換発現) Moesziomyces aphidis (菌類) / 遺伝子: PaG_05861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W3VHW6
#2: 化合物	ChemComp-V9L / ortho-vanillin / 3-methoxy-2-oxidanyl-benzaldehyde / 2-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde 分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate 0.1M Sodium HEPES 7.525% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→48.76 Å / Num. obs: 101754 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.184 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

冗長度: 6.5 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
10.1-48.76	0.088	17.8	681	0.994	0.054	0.103	1.02	98.9
1.84-1.88	0.618	4	3118	0.919	0.394	0.735	0.6	60.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.844→48.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 3.507 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	5064	4.995 %
R_work	0.2095	96311	-
all	0.212	-	-
obs	-	101375	96.338 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.085 Å²	0 Å²	0.903 Å²
2-	-	-0.462 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.774 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.844→48.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8420	0	24	996	9440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	8706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.344	1.82	11850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.961	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.327	6	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.668	10	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.831	10	430
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.476	1.838	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.197	3.295	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.321	2.024	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.385	3.619	6606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.382	21.455	14228
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	17538

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07711	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07711	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.844-1.892	0.28	290	0.218	5420	0.221	7736	0.947	0.968	73.8108	0.2
1.892-1.943	0.282	361	0.207	7147	0.211	7545	0.945	0.971	99.5096	0.19
1.943-2	0.265	381	0.21	6880	0.213	7307	0.952	0.969	99.3705	0.192
2-2.061	0.271	271	0.21	6835	0.212	7166	0.951	0.969	99.1627	0.194
2.061-2.129	0.245	320	0.197	6456	0.199	6880	0.956	0.973	98.4884	0.183
2.129-2.203	0.256	350	0.197	6232	0.2	6691	0.955	0.973	98.3709	0.184
2.203-2.286	0.268	348	0.207	5997	0.211	6478	0.951	0.969	97.9469	0.194
2.286-2.379	0.287	337	0.219	5699	0.223	6205	0.946	0.967	97.2764	0.205
2.379-2.485	0.288	278	0.226	5422	0.229	5983	0.947	0.963	95.2699	0.212
2.485-2.606	0.285	308	0.215	5340	0.218	5696	0.944	0.97	99.1573	0.209
2.606-2.746	0.262	280	0.209	5131	0.212	5447	0.957	0.971	99.3391	0.204
2.746-2.912	0.287	287	0.219	4791	0.223	5133	0.948	0.968	98.9285	0.219
2.912-3.113	0.266	229	0.22	4543	0.222	4846	0.95	0.967	98.473	0.222
3.113-3.361	0.271	191	0.219	4257	0.222	4516	0.955	0.966	98.4942	0.224
3.361-3.68	0.249	218	0.215	3822	0.217	4140	0.958	0.967	97.5845	0.22
3.68-4.111	0.256	165	0.218	3440	0.22	3766	0.953	0.966	95.7249	0.231
4.111-4.742	0.205	153	0.194	2904	0.195	3359	0.967	0.973	91.0092	0.207
4.742-5.794	0.224	150	0.193	2649	0.195	2820	0.966	0.973	99.2553	0.208
5.794-8.136	0.251	89	0.194	2125	0.196	2224	0.961	0.974	99.5504	0.213
8.136-48.76	0.189	58	0.188	1221	0.188	1282	0.975	0.977	99.766	0.214

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)