PDB-9g89: Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g89

タイトル

Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to vanillin

要素

Lignostilbene dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / oxygenase / Moesziomyces aphidis / vanillin

機能・相同性

carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / Lignostilbene dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Moesziomyces aphidis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.671 Å

データ登録者

Plewka, J. / Schober, L. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: structure of carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis in apo and product bound forms
著者: Schober, L. / Plewka, J. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g89.cif.gz	250.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g89.ent.gz	190 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g8aC 9g8fC 9g88 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (3)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lignostilbene dioxygenase

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
63.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.68, 84.676, 106.571
Angle α, β, γ (deg.)	90, 108.349, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 24 - 548 / Label seq-ID: 32 - 556

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lignostilbene dioxygenase / Carotenoid cleavage oxygenase / Aromatic dioxygenase 分子量: 62905.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Aromatic dioxygenase / 由来: (組換発現) Moesziomyces aphidis (菌類) / 遺伝子: PaG_05861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W3VHW6
#2: 化合物	ChemComp-V55 / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / p-vanillin / バニリン分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1MPCTP 7.0 25% w/v PEG 1500 30% GOL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→48.56 Å / Num. obs: 137992 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.15-48.56	6.7	0.033	47.1	892	0.999	0.02	0.039	1.06	99
1.67-1.7	7	1.473	1.2	6796	0.528	0.911	1.737	0.96	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.671→48.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.235 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	6946	5.036 %
R_work	0.1629	130977	-
all	0.164	-	-
obs	-	137923	98.667 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.636 Å²	0 Å²	0.811 Å²
2-	-	0.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.342 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.671→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8406	0	60	893	9359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	8733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.919	1.82	11877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.502	5	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.176	6	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.521	10	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.962	10	429
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.266	2.43	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.01	4.357	5252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.53	2.69	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.877	4.792	6625
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.765	28.511	14062
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	17841

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06152	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06152	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.671-1.715	0.303	534	0.285	9599	0.286	10277	0.935	0.939	98.5988	0.275
1.715-1.761	0.298	467	0.269	9465	0.271	10015	0.937	0.948	99.1712	0.254
1.761-1.812	0.276	506	0.244	9133	0.245	9772	0.947	0.959	98.639	0.225
1.812-1.868	0.26	438	0.225	8762	0.227	9460	0.957	0.965	97.2516	0.201
1.868-1.929	0.218	427	0.2	8554	0.201	9203	0.968	0.974	97.5877	0.175
1.929-1.997	0.214	396	0.179	8423	0.181	8885	0.972	0.98	99.2572	0.157
1.997-2.072	0.197	456	0.167	8039	0.168	8562	0.976	0.983	99.2175	0.144
2.072-2.157	0.186	435	0.161	7771	0.162	8245	0.978	0.984	99.527	0.14
2.157-2.252	0.192	435	0.157	7495	0.159	7974	0.977	0.985	99.4482	0.135
2.252-2.362	0.191	384	0.15	7159	0.152	7600	0.978	0.986	99.25	0.129
2.362-2.489	0.22	365	0.161	6764	0.164	7212	0.971	0.984	98.8491	0.14
2.489-2.64	0.213	312	0.168	6301	0.17	6850	0.974	0.984	96.5401	0.147
2.64-2.822	0.193	320	0.153	5991	0.155	6402	0.978	0.986	98.5786	0.137
2.822-3.047	0.18	303	0.153	5637	0.155	5984	0.981	0.986	99.2647	0.14
3.047-3.336	0.175	277	0.15	5188	0.151	5511	0.981	0.986	99.1653	0.142
3.336-3.728	0.167	262	0.147	4721	0.148	5021	0.983	0.987	99.2432	0.145
3.728-4.3	0.169	196	0.132	4195	0.133	4418	0.984	0.99	99.3889	0.137
4.3-5.257	0.168	198	0.13	3393	0.132	3761	0.986	0.991	95.4799	0.14
5.257-7.391	0.183	152	0.156	2783	0.157	2936	0.983	0.987	99.9659	0.164
7.391-48.56	0.163	83	0.152	1604	0.153	1690	0.983	0.987	99.8225	0.164

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