PDB-9g8a: Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g8a

タイトル

Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to p-hydroxybenzaldehyde

要素

Lignostilbene dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / oxygenase / Moesziomyces aphidi / p-hydroxybenzaldehyde

機能・相同性

carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / Lignostilbene dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Moesziomyces aphidis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Plewka, J. / Schorber, L. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Characteristics of Potent Dioxygenase from Moesziomyces aphidis .
著者: Schober, L. / Plewka, J. / Sriwaiyaphram, K. / Bielec, B. / Schiefer, A. / Wongnate, T. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g8a.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g8a.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g8a_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g8a_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9g8a_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	9g8a_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g88C 9g89C 9g8fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (3)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lignostilbene dioxygenase

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lignostilbene dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.836, 83.808, 98.117
Angle α, β, γ (deg.)	90, 104.498, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 24 - 548 / Label seq-ID: 32 - 556

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Lignostilbene dioxygenase / Carotenoid cleavage oxygenase / Aromatic dioxygenase 分子量: 62905.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Aromatic dioxygenase / 由来: (組換発現) Moesziomyces aphidis (菌類) / 遺伝子: PaG_05861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W3VHW6
#2: 化合物	ChemComp-HBA / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v Polyethyleneglycol 3,350 200mM Ammonium acetate 30% GOL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.87313 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→69.55 Å / Num. obs: 67761 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.48 / Net I/σ(I): 4.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.38-69.55	2.8	0.033	13.2	727	0.996	0.033	0.047	0.38	92.7
2-2.05	3.1	0.452	1.5	4990	0.731	0.443	0.633	0.43	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→69.548 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.481 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	3363	4.965 %
R_work	0.1799	64377	-
all	0.182	-	-
obs	-	67740	88.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.511 Å²	-0 Å²	-1.167 Å²
2-	-	1.081 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.911 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→69.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8420	0	20	874	9314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	8702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.193	1.821	11844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.765	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.73	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.855	10	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.515	10	430
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.172	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.134	0.2	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.26	0.2	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.185	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.541	2.137	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.357	3.864	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.418	2.304	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.729	4.157	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.596	25.509	13380
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.045	0.05	17397

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04489	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04489	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.263	263	0.255	5182	0.256	5615	0.95	0.951	96.9724	0.251
2.052-2.108	0.253	152	0.233	3128	0.234	5430	0.957	0.961	60.4052	0.227
2.108-2.169	0.25	279	0.225	4884	0.226	5328	0.957	0.966	96.9032	0.219
2.169-2.236	0.253	249	0.216	4722	0.218	5130	0.961	0.968	96.9006	0.209
2.236-2.309	0.272	155	0.214	3443	0.216	5028	0.947	0.969	71.5593	0.206
2.309-2.39	0.266	205	0.199	4498	0.202	4866	0.955	0.973	96.6502	0.192
2.39-2.48	0.262	246	0.21	4276	0.213	4662	0.953	0.971	96.997	0.202
2.48-2.581	0.254	198	0.2	4162	0.203	4500	0.962	0.974	96.8889	0.191
2.581-2.696	0.257	147	0.204	2973	0.207	4334	0.959	0.975	71.9889	0.195
2.696-2.827	0.228	183	0.185	3765	0.187	4113	0.966	0.978	95.9883	0.177
2.827-2.98	0.248	210	0.186	3591	0.19	3947	0.958	0.979	96.301	0.181
2.98-3.16	0.214	181	0.175	3367	0.177	3728	0.969	0.981	95.1717	0.17
3.16-3.378	0.208	188	0.179	3152	0.18	3501	0.972	0.981	95.4013	0.177
3.378-3.648	0.197	120	0.165	2354	0.166	3270	0.977	0.984	75.6575	0.164
3.648-3.995	0.189	119	0.152	1940	0.154	3010	0.983	0.986	68.4053	0.153
3.995-4.465	0.174	140	0.131	2509	0.133	2728	0.986	0.991	97.1041	0.137
4.465-5.152	0.155	106	0.121	2261	0.122	2418	0.988	0.992	97.8908	0.127
5.152-6.301	0.173	96	0.146	1874	0.147	2028	0.984	0.988	97.14	0.151
6.301-8.875	0.2	72	0.157	1493	0.158	1624	0.974	0.986	96.367	0.164
8.875-69.548	0.195	54	0.195	804	0.195	924	0.978	0.973	92.8571	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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