[日本語] English
万見
- PDB-9g88: Carotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g88
タイトルCarotenoid cleavage oxygenase from Moesziomyces aphidis bound to acetate
要素Lignostilbene dioxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / oxygenase / Moesziomyces aphidis
機能・相同性carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / ACETATE ION / : / Lignostilbene dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Moesziomyces aphidis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Plewka, J. / Schober, L. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33687 オーストリア
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Characteristics of Potent Dioxygenase from Moesziomyces aphidis .
著者: Schober, L. / Plewka, J. / Sriwaiyaphram, K. / Bielec, B. / Schiefer, A. / Wongnate, T. / Magiera-Mularz, K. / Rudroff, F. / Winkler, M.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lignostilbene dioxygenase
B: Lignostilbene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0416
ポリマ－125,8112
非ポリマー2304
水23,7801320
1
A: Lignostilbene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0203
ポリマ－62,9061
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lignostilbene dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0203
ポリマ－62,9061
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.155, 85.957, 93.87
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.336, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 24 - 548 / Label seq-ID: 32 - 556

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Lignostilbene dioxygenase / Carotenoid cleavage oxygenase


分子量: 62905.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Aromatic dioxygenase / 由来: (組換発現) Moesziomyces aphidis (菌類) / 遺伝子: PaG_05861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W3VHW6
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20%w/vPolyethyleneglycol 3,350 200mM Lithiumacetate 30% GOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→46.17 Å / Num. obs: 216121 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
7.67-46.173.90.03114220.9880.0290.043
1.4-1.423.11.00587290.4320.8511.325

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→46.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.246 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 10853 5.029 %
Rwork0.1676 204975 -
all0.169 --
obs-215828 97.547 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.299 Å20 Å2-0.363 Å2
2--0.555 Å20 Å2
3----0.116 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8420 0 10 1320 9750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0128734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9661.8311898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.24151058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.321556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.682101366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.74710432
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.027024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.24018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25873
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1730.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1720.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.691.8254225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2953.2825284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9972.0424509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2463.646614
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.24121.95513889
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0670.0517705
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067490.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067490.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.4360.3127100.3112700X-RAY DIFFRACTION82.3862
1.436-1.4760.2917650.28714781X-RAY DIFFRACTION97.5282
1.476-1.5180.2617940.25114538X-RAY DIFFRACTION99.3649
1.518-1.5650.2577580.23514204X-RAY DIFFRACTION99.4351
1.565-1.6160.227000.20513681X-RAY DIFFRACTION99.0768
1.616-1.6730.2236990.1913208X-RAY DIFFRACTION98.5683
1.673-1.7360.2026540.18312578X-RAY DIFFRACTION97.5308
1.736-1.8070.2086170.1712043X-RAY DIFFRACTION96.6043
1.807-1.8870.2096570.16511882X-RAY DIFFRACTION99.7772
1.887-1.9790.1966150.17111313X-RAY DIFFRACTION99.6908
1.979-2.0860.2085710.18210841X-RAY DIFFRACTION99.5725
2.086-2.2120.1915340.16610201X-RAY DIFFRACTION99.5826
2.212-2.3640.1965030.1629507X-RAY DIFFRACTION98.4364
2.364-2.5530.1824490.1538708X-RAY DIFFRACTION96.3996
2.553-2.7960.1784090.1548301X-RAY DIFFRACTION100
2.796-3.1250.1783910.1537501X-RAY DIFFRACTION99.7472
3.125-3.6050.1743640.1456620X-RAY DIFFRACTION99.5865
3.605-4.4090.163050.1265550X-RAY DIFFRACTION98.9354
4.409-6.2070.1512400.1434302X-RAY DIFFRACTION98.1205
6.207-46.170.2151180.2062516X-RAY DIFFRACTION99.9621

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る