PDB-9g7p: Crystal structure of Shewanella putrefaciens PE-like toxin, Spx

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g7p

タイトル

Crystal structure of Shewanella putrefaciens PE-like toxin, Spx

要素

Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

キーワード

TOXIN / Mono-ADP Ribosylating Toxin / exotoxin A / bacterial toxin

生物種

Shewanella putrefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.861 Å

データ登録者

Masuyer, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Discovery of mono-ADP ribosylating toxins with high structural homology to Pseudomonas exotoxin A.
著者: Masuyer, G. / Taverner, A. / MacKay, J. / Lima Marques, A.R. / Wang, Y. / Hunter, T. / Liu, K. / Mrsny, R.J.

履歴

登録	2024年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g7p.cif.gz	693.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g7p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g7p_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g7p_full_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示
XML形式データ	9g7p_validation.xml.gz	84.5 KB	表示
CIF形式データ	9g7p_validation.cif.gz	116.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g7mC 9g7nC 9g7oC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

BBB: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

CCC: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

ヘテロ分子

201 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.196, 121.196, 125.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Shewanella putrefaciens PE-like toxin catalytically inactive mutant 分子量: 66822.719 Da / 分子数: 3 / 変異: E556A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Recombinant protein expressed with a cleavable poly-histidine tag with amino acid 0 residual after TEV cleavage 由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000 (condition C10 of the PACT premier Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→104.83 Å / Num. obs: 193517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.28 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.287 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 21.2 % / R_merge(I) obs: 3.695 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 9625 / CC_1/2: 0.339 / R_pim(I) all: 0.811 / R_rim(I) all: 3.784 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.861→104.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.488 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	8476	4.925 %
R_work	0.185	163640	-
all	0.187	-	-
obs	-	172116	99.694 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.486 Å²	0.243 Å²	-0 Å²
2-	-	0.486 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.576 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.861→104.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13905	0	40	1241	15186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	14292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.638	19539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.57	29712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.939	22.51	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.536	15	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.838	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	11963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	6934
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.255	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.79	3.466	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.789	3.466	7229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.876	5.189	9027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.876	5.189	9028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.247	3.798	7062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.246	3.798	7063
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.686	5.587	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.686	5.587	10513
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.49	41.674	15869
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.44	41.433	15632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.861-1.909	0.333	568	0.332	11835	X-RAY DIFFRACTION	96.6493
1.909-1.961	0.321	566	0.305	11784	X-RAY DIFFRACTION	99.2127
1.961-2.018	0.275	617	0.273	11473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.018-2.08	0.27	524	0.248	11237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.148	0.259	502	0.228	10882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.224	0.258	598	0.21	10429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.308	0.241	488	0.195	10141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.308-2.402	0.216	484	0.188	9734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.402-2.509	0.25	483	0.184	9299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.631	0.222	502	0.177	8920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.631-2.773	0.239	462	0.177	8432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.773-2.941	0.217	446	0.172	8008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.144	0.227	394	0.181	7498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.144-3.396	0.227	390	0.184	7024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.396-3.72	0.222	310	0.176	6452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.158	0.183	296	0.155	5882	X-RAY DIFFRACTION	100
4.158-4.8	0.164	317	0.133	5101	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8-5.876	0.188	272	0.162	4255	X-RAY DIFFRACTION	100
5.876-8.297	0.204	167	0.173	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
8.297-104.83	0.195	90	0.171	1863	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)