PDB-9g7n: Crystal structure of Chromobacterium haemolyticum PE-like toxin, Hmx

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g7n

タイトル

Crystal structure of Chromobacterium haemolyticum PE-like toxin, Hmx

要素

Exotoxin A

キーワード

TOXIN / Mono-ADP Ribosylating Toxin / exotoxin A / bacterial toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium haemolyticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Masuyer, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Discovery of mono-ADP ribosylating toxins with high structural homology to Pseudomonas exotoxin A.
著者: Masuyer, G. / Taverner, A. / MacKay, J. / Lima Marques, A.R. / Wang, Y. / Hunter, T. / Liu, K. / Mrsny, R.J.

履歴

登録	2024年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g7n.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g7n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g7mC 9g7oC 9g7pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Exotoxin A

ヘテロ分子

68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.325, 76.019, 130.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Exotoxin A 分子量: 68421.047 Da / 分子数: 1 / 変異: E572A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Recombinant protein expressed with a cleavable poly-histidine tag with amino acid -1 to 0 residual after TEV cleavage 由来: (組換発現) Chromobacterium haemolyticum (バクテリア) 遺伝子: B0T45_19615 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W0CH45
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12 M Monosaccharides, 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5, 37.5 % v/v Precipitant Mix 4 (condition F4 of the Morpheus Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→65.69 Å / Num. obs: 143804 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.538 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 6411 / CC_1/2: 0.437 / R_pim(I) all: 1.013 / R_rim(I) all: 1.856 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→65.686 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 2.895 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.173	7165	4.993 %
R_work	0.1368	136336	-
all	0.139	-	-
obs	-	143501	98.935 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.217 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.139 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→65.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4821	0	14	780	5615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.646	6878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.578	10859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.107	21.575	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.423	15	811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.391	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.099	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.258	2.124	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.256	2.122	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.878	3.205	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.878	3.207	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.947	2.496	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.947	2.496	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.605	3.612	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.605	3.613	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.559	27.655	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.215	26.43	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.744	3	9756

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.312	441	0.298	9229	0.299	10611	0.848	0.871	91.1318	0.295
1.385-1.423	0.294	480	0.27	9510	0.271	10347	0.888	0.887	96.5497	0.263
1.423-1.464	0.252	493	0.232	9570	0.233	10100	0.92	0.923	99.6337	0.217
1.464-1.509	0.237	479	0.195	9272	0.197	9764	0.934	0.946	99.8669	0.173
1.509-1.559	0.209	475	0.162	8978	0.165	9479	0.947	0.96	99.7257	0.138
1.559-1.613	0.202	472	0.147	8696	0.15	9212	0.952	0.966	99.5224	0.123
1.613-1.674	0.195	447	0.133	8373	0.136	8860	0.953	0.968	99.5485	0.111
1.674-1.743	0.172	453	0.113	8094	0.117	8573	0.966	0.977	99.6967	0.094
1.743-1.82	0.186	404	0.114	7780	0.118	8207	0.953	0.975	99.7197	0.098
1.82-1.909	0.166	413	0.113	7429	0.116	7853	0.966	0.975	99.8599	0.099
1.909-2.012	0.162	394	0.112	7099	0.115	7507	0.968	0.981	99.8135	0.101
2.012-2.134	0.168	332	0.116	6751	0.119	7086	0.969	0.978	99.9577	0.105
2.134-2.281	0.157	319	0.113	6357	0.115	6679	0.974	0.979	99.9551	0.104
2.281-2.464	0.155	333	0.106	5907	0.109	6243	0.973	0.981	99.952	0.099
2.464-2.698	0.152	247	0.113	5490	0.115	5737	0.973	0.978	100	0.107
2.698-3.016	0.183	291	0.125	4959	0.128	5250	0.96	0.973	100	0.119
3.016-3.482	0.157	266	0.137	4366	0.138	4632	0.97	0.973	100	0.134
3.482-4.261	0.143	198	0.13	3756	0.131	3954	0.978	0.979	100	0.129
4.261-6.013	0.172	143	0.15	2981	0.151	3124	0.977	0.98	100	0.15
6.013-65.686	0.184	84	0.186	1740	0.186	1828	0.967	0.966	99.7812	0.182

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関連情報:EMDBヘッダ

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