PDB-9g7m: Crystal structure of Collimonas fungivorans PE-like toxin, Cfx

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g7m

タイトル

Crystal structure of Collimonas fungivorans PE-like toxin, Cfx

要素

Exotoxin A-like protein

キーワード

TOXIN / Mono-ADP Ribosylating Toxin / exotoxin A / bacterial toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Collimonas fungivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Masuyer, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Discovery of mono-ADP ribosylating toxins with high structural homology to Pseudomonas exotoxin A.
著者: Masuyer, G. / Taverner, A. / MacKay, J. / Lima Marques, A.R. / Wang, Y. / Hunter, T. / Liu, K. / Mrsny, R.J.

履歴

登録	2024年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g7m.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g7m.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g7m_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g7m_full_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示
XML形式データ	9g7m_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	9g7m_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g7nC 9g7oC 9g7pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exotoxin A-like protein

ヘテロ分子

68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.797, 141.797, 202.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	Exotoxin A-like protein 分子量: 68188.711 Da / 分子数: 1 / 変異: E565A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Recombinant protein expressed with a cleavable poly-histidine tag with amino acid 0 residual after TEV cleavage 由来: (組換発現) Collimonas fungivorans (バクテリア) 遺伝子: BCF11_5153 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A9JQY3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.48 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350 (condition H11 of the JCSG-plus Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→70.9 Å / Num. obs: 30359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.493 / R_pim(I) all: 0.109 / R_rim(I) all: 0.5 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 41.2 % / R_merge(I) obs: 5.74 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4335 / CC_1/2: 0.439 / R_pim(I) all: 1.257 / R_rim(I) all: 5.87 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→70.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 39.462 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	1483	4.894 %
R_work	0.2291	28819	-
all	0.23	-	-
obs	-	30302	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.992 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.519 Å²	0.259 Å²	-0 Å²
2-	-	0.519 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.683 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→70.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4699	0	1	35	4735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.898	1.646	6569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.302	1.568	10362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.638	5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.685	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.252	10	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.881	10	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.437	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.89	5.898	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.887	5.899	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.999	10.598	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.999	10.6	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.591	6.176	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.591	6.174	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.609	11.203	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.608	11.204	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.936	54.219	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.936	54.231	5330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.391	120	0.387	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.9085
2.873-2.951	0.386	116	0.368	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.037	0.371	102	0.352	1970	X-RAY DIFFRACTION	99.8554
3.037-3.13	0.328	92	0.324	1922	X-RAY DIFFRACTION	99.9008
3.13-3.232	0.286	74	0.288	1902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.232-3.346	0.289	106	0.284	1788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.472	0.359	77	0.287	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.472-3.613	0.274	92	0.245	1675	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
3.613-3.773	0.263	76	0.241	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-3.957	0.264	73	0.223	1567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.957-4.17	0.198	81	0.185	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.422	0.255	68	0.176	1418	X-RAY DIFFRACTION	100
4.422-4.726	0.167	79	0.161	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.9285
4.726-5.103	0.223	59	0.16	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
5.103-5.587	0.227	78	0.188	1140	X-RAY DIFFRACTION	99.918
5.587-6.242	0.272	52	0.219	1061	X-RAY DIFFRACTION	100
6.242-7.198	0.271	41	0.218	949	X-RAY DIFFRACTION	100
7.198-8.793	0.211	47	0.172	819	X-RAY DIFFRACTION	100
8.793-12.341	0.201	29	0.171	657	X-RAY DIFFRACTION	100
12.341-70.9	0.178	21	0.342	418	X-RAY DIFFRACTION	99.5465

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -36.5608 Å / Origin y: 8.7976 Å / Origin z: 18.3301 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0954 Å²	0.0023 Å²	-0.0185 Å²	-	0.6979 Å²	0.0283 Å²	-	-	0.0372 Å²
L	0.4666 °²	0.122 °²	-0.2919 °²	-	0.306 °²	-0.014 °²	-	-	0.3397 °²
S	0.057 Å °	0.0022 Å °	-0.038 Å °	-0.0325 Å °	-0.0859 Å °	-0.0913 Å °	-0.0881 Å °	-0.2928 Å °	0.0289 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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