[日本語] English
万見
- PDB-9g7c: Cryo-EM structure of raiA ncRNA from Clostridium reveals a new RN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g7c
タイトルCryo-EM structure of raiA ncRNA from Clostridium reveals a new RNA 3D fold
要素raiA (224-MER)
キーワードRNA / ncRNA / raiA
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Badepally, N.G. / Moura, T.R. / Purta, E. / Baulin, E. / Bujnicki, J.M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structure of raiA ncRNA From Clostridium Reveals a New RNA 3D Fold.
著者: Nagendar Goud Badepally / Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Eugene F Baulin / Janusz M Bujnicki /
要旨: Advancements in genome-wide sequence analysis have led to the discovery of numerous novel bacterial non-coding RNAs (ncRNAs). These ncRNAs have been categorized into various RNA families and classes ...Advancements in genome-wide sequence analysis have led to the discovery of numerous novel bacterial non-coding RNAs (ncRNAs). These ncRNAs have been categorized into various RNA families and classes based on their size, structure, function, and evolutionary relationships. One such ncRNA family, raiA, is notably abundant in the bacterial phyla Firmicutes and Actinobacteria and is remarkably well-conserved across many Gram-positive bacteria. In this study, we integrated cryo-electron microscopy single-particle analysis with computational modeling and biochemical techniques to elucidate the structural characteristics of raiA from Clostridium sp. CAG 138. Our findings reveal the globular 3D fold of raiA, providing valuable structural insights. This analysis paves the way for future investigations into the functional properties of raiA, potentially uncovering new regulatory mechanisms in bacterial ncRNAs.
履歴
登録2024年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: raiA (224-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8291
ポリマ－72,8291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: RNA鎖 raiA (224-MER)


分子量: 72829.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: raiA ncRNA / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT
試料濃度: 1.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8SimRNAモデルフィッティング
9QRNASモデルフィッティング
10Cootモデル精密化
11PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC分類
15cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208685 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る