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万見
- EMDB-51119: Cryo-EM structure of raiA ncRNA from Clostridium reveals a new RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51119
タイトルCryo-EM structure of raiA ncRNA from Clostridium reveals a new RNA 3D fold
マップデータ
試料
  • 細胞: raiA ncRNA
    • RNA: raiA (224-MER)
キーワードncRNA / raiA / RNA
生物種Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Badepally NG / Moura TR / Purta E / Baulin E / Bujnicki JM
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structure of raiA ncRNA From Clostridium Reveals a New RNA 3D Fold.
著者: Nagendar Goud Badepally / Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Eugene F Baulin / Janusz M Bujnicki /
要旨: Advancements in genome-wide sequence analysis have led to the discovery of numerous novel bacterial non-coding RNAs (ncRNAs). These ncRNAs have been categorized into various RNA families and classes ...Advancements in genome-wide sequence analysis have led to the discovery of numerous novel bacterial non-coding RNAs (ncRNAs). These ncRNAs have been categorized into various RNA families and classes based on their size, structure, function, and evolutionary relationships. One such ncRNA family, raiA, is notably abundant in the bacterial phyla Firmicutes and Actinobacteria and is remarkably well-conserved across many Gram-positive bacteria. In this study, we integrated cryo-electron microscopy single-particle analysis with computational modeling and biochemical techniques to elucidate the structural characteristics of raiA from Clostridium sp. CAG 138. Our findings reveal the globular 3D fold of raiA, providing valuable structural insights. This analysis paves the way for future investigations into the functional properties of raiA, potentially uncovering new regulatory mechanisms in bacterial ncRNAs.
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.18272607 - 0.46699923
平均 (標準偏差)0.00095649005 (±0.012733996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51119_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51119_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : raiA ncRNA

全体名称: raiA ncRNA
要素
  • 細胞: raiA ncRNA
    • RNA: raiA (224-MER)

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超分子 #1: raiA ncRNA

超分子名称: raiA ncRNA / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)

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分子 #1: raiA (224-MER)

分子名称: raiA (224-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Clostridium sp. CAG:138 (バクテリア)
分子量理論値: 72.829305 KDa
配列文字列: GGGAGUCGGG UCUGUGGUUG AAAGUCGAUG CCAGUCGCAG GCGAAACGAU CCACAUAAGC GGGGCAAAGU UCCCGUGAGC AUGGUGCGG CUUAGAUGUA AGUCCUGUCG UGCGGCAUUC CGAAUCGAAU GCGGUGCGAG AGUGGCAGUA GUGGGCGGCG U AAAGCUCA ...文字列:
GGGAGUCGGG UCUGUGGUUG AAAGUCGAUG CCAGUCGCAG GCGAAACGAU CCACAUAAGC GGGGCAAAGU UCCCGUGAGC AUGGUGCGG CUUAGAUGUA AGUCCUGUCG UGCGGCAUUC CGAAUCGAAU GCGGUGCGAG AGUGGCAGUA GUGGGCGGCG U AAAGCUCA GUAGCGAACC CACCGACAGG CGAGUGUGGG GGCAAAAACC AGGUCAGCCG ACUCCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Generated by BrickWorX
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 208685
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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