PDB-9g5l: Stapylococcus aureus MazF in complex with nanobody 10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g5l

タイトル

Stapylococcus aureus MazF in complex with nanobody 10

要素

Endoribonuclease MazF
Nanobody 10

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin system / Ribonuclease / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82220379062 Å

データ登録者

Prolic-Kalinsek, M. / Haesaerts, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.

履歴

登録	2024年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g5l.cif.gz	134.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g5l.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g5l_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g5l_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	9g5l_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	9g5l_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/9g5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/9g5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g1yC 9g2gC 9g48C 9g4gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Nanobody 10

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoribonuclease MazF

B: Nanobody 10

ヘテロ分子

A: Endoribonuclease MazF

B: Nanobody 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.040, 99.040, 70.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体	Nanobody 10 分子量: 15442.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5, 8% (w/v) PEG-8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.819→49.6004644649 Å / Num. obs: 31690 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.7455481474 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.27
反射シェル	解像度: 1.819→1.89 Å / Num. unique obs: 3391 / CC_1/2: 0.856 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82220379062→49.6004644649 Å / SU ML: 0.215843308439 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35584641567 / 位相誤差: 28.508258586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22814003521	1581	5.01093467719 %
R_work	0.200938685354	29970	-
obs	0.202336255612	31551	99.23570485 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.9475000594 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82220379062→49.6004644649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1880	0	2	93	1975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0150990235666	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.37397399336	2606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0838570185354	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00881901675497	337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1034311159	1144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82220379062-1.881	0.337638716312	136	0.312072542165	2568	X-RAY DIFFRACTION	95.9545777147
1.881-1.9483	0.334409635934	142	0.265681707404	2687	X-RAY DIFFRACTION	98.8124345093
1.9483-2.0263	0.338105130506	142	0.23562863401	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.2962702322
2.0263-2.1185	0.25247523257	142	0.214742902378	2676	X-RAY DIFFRACTION	98.9813839129
2.1185-2.2302	0.24778678958	141	0.202909519458	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.5059985886
2.2302-2.3699	0.249908779968	144	0.207180021582	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.8265093685
2.3699-2.5529	0.259296988132	142	0.219204519434	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.546564353
2.5529-2.8098	0.259549268036	144	0.230955275394	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.7574497574
2.8098-3.2163	0.247868745549	145	0.227980097812	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2163-4.0519	0.217523260049	147	0.182441996126	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0519-49.6004644649	0.192594391604	156	0.180397780755	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.8391765841

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.48824728977	0.808636633012	-1.45576769313	5.52588941997	0.729827711553	4.40697710998	-0.115186615919	-0.775137312334	-0.297743229816	0.450512453307	0.204609842195	-0.150961492474	0.912305280724	0.567936770725	0.0210699325605	0.645226095238	0.176916193712	-0.0989974053886	0.551261282211	0.0556324246547	0.494828926454	30.620331753	17.1745232382	81.5986303377
2	8.8197313612	-0.53856002636	-1.72761737778	5.72506676399	0.478197010173	8.80609818887	0.526079771491	0.899648561886	-0.976668117002	-0.24244255975	-0.252545481093	-0.426598333476	0.719807560518	-0.53543547336	-0.256637119309	0.772347876172	-0.10681101364	-0.0206260653791	0.695925803552	-0.0794682408087	0.675973929726	20.3491700863	12.9104410697	66.3091318374
3	2.33831797033	-1.34807164373	-1.36946866227	2.78477637259	1.41664175169	4.66081678178	-0.161084051985	-0.147516977304	-0.0951256785105	0.449380208525	0.115441811468	-0.206885270504	0.640463010668	0.166544570469	-0.0597874106602	0.474723066766	0.0975029080343	-0.0383830903093	0.455789534275	0.0195099537951	0.403656068652	27.8411377569	21.1986621825	78.4758472297
4	5.78799121586	-0.46335390201	-2.04583900777	1.86854919725	-2.03118197741	9.46777367993	-0.437627749909	-0.149612333648	-0.536652530355	0.155529840463	0.524252828602	-0.406861831425	1.14529350881	0.594543318679	-0.0626468734677	0.494165756986	0.116824625486	-0.0636371044852	0.443933534527	-0.0396630510785	0.449641105389	36.540305416	14.2399618723	61.4832496191
5	1.40225145858	-1.83429750366	0.388847520116	4.99939367354	-1.6748631702	6.52547580208	-0.285105258545	-0.487346296458	0.281346397272	0.623990414309	-0.00884300934935	-1.0318243686	1.3960286627	1.11303038231	0.182048656885	0.785923006626	0.259482574084	-0.0904290347922	0.635874632085	-0.0251657146132	0.62256872931	40.740484334	11.1681354643	71.4206369047
6	3.13207860157	-0.811474465781	-3.69049875925	1.52272824101	1.1499440124	5.72374290604	-0.210320032684	0.213095952329	-0.100877903842	0.0717845275808	0.0911944054848	0.190394064516	0.862419208336	-0.398772746278	0.0861938013393	0.505865366545	0.0353367430802	-0.037469863849	0.482758927156	0.00687915856439	0.441124611976	26.5646908804	18.1504157648	72.3001571769
7	2.79126498472	0.912203998741	-4.67425039852	6.19990311247	-2.67496534948	8.13535077396	-0.328972917084	-1.00598462109	-0.851348517582	0.777552907174	-0.088863012033	-1.0923188315	1.41211284412	1.47999441177	0.266658952164	0.763802905237	0.239144186918	-0.106360163782	0.618508145012	0.0662162691449	0.522083489562	34.6027300914	13.6149369336	81.4021019545
8	3.85483236175	-4.75753681595	2.89214497481	8.2839899262	-2.54451925971	2.87620384259	-0.210905405981	-0.736118674534	0.881020640124	0.274395772577	0.199871672113	-1.08862717611	-0.451864534892	0.692487698953	-0.115794631604	0.416053416281	0.00815985407056	0.0108196189745	0.589793870596	-0.021664429631	0.533749267176	37.9417980498	27.6589956376	69.6173634695
9	2.53860129785	0.918794699782	-2.05773381507	2.91274333811	-3.23300955195	8.52032646163	0.0838793013014	0.376940605043	-0.168347389532	-0.328257934029	-0.126321482179	-0.00763487172344	0.926418999472	-0.256705124812	-0.0109418360409	0.447820614262	0.0138287929899	-0.0993128273604	0.456465753225	-0.0492603602614	0.445711827983	33.8656769198	9.15780886021	37.750447084
10	2.93479406263	-0.402043072357	-0.145217424644	1.32152256137	-0.42038821623	4.87904828845	0.116739938512	0.151412053513	0.066129417915	0.0473415794737	0.00236117079537	0.0375427898933	-0.0976304841392	-0.290420723934	-0.138232455282	0.393532886399	0.0639441204357	-0.0374283583916	0.397227257701	0.0260759863493	0.416386268573	34.7410711622	18.0745861967	41.4475144685
11	0.0991250396438	0.116902299527	-0.205509062069	0.145558056753	-0.22814460485	0.376359605409	0.179116599948	-0.426957339313	1.11126986273	0.657786323732	0.00294667202254	-2.54471446796	-1.91469760392	1.94934972326	-0.0122614517179	0.903336709894	-0.273070813324	-0.149632346909	0.955718549236	-0.105428606302	1.25604335251	43.465317124	20.637827356	53.0257131492
12	6.28126751616	2.00724750005	-3.787271841	3.9864774943	-4.05061389741	5.35929241465	-0.0329060375369	1.30442721425	-0.0438644925746	-0.809982642501	0.244642174722	0.05392020904	1.34341573062	-0.404362378913	-0.237155800259	0.450017725119	0.113062803075	-0.0636258566187	0.584390068294	-0.0345679215071	0.420539673169	43.5900085007	13.2578785618	32.3660837805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 57 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 96 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 4 through 33 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 34 through 110 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 111 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 123 through 142 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)