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- PDB-9g5j: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g5j
タイトルStructure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F in complex with substrate peptide Ac-EPLPPPP-NH2 from Geobacillus thermodenitrificans
要素
  • ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
  • ATLF-like domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Endopeptidase / Metalloprotease / Zinc
機能・相同性Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / metallopeptidase activity / extracellular region / TRIETHYLENE GLYCOL / ATLF-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.KLEIN.103 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F in complex with substrate peptide Ac-EPLPPPP-NH2 from Geobacillus thermodenitrificans
著者: Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.
履歴
登録2024年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATLF-like domain-containing protein
B: ATLF-like domain-containing protein
C: ATLF-like domain-containing protein
D: ATLF-like domain-containing protein
E: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
F: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
G: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
H: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,91614
ポリマ－108,3108
非ポリマー6066
水8,449469
1
A: ATLF-like domain-containing protein
E: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3374
ポリマ－27,0772
非ポリマー2602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
2
B: ATLF-like domain-containing protein
F: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1433
ポリマ－27,0772
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
3
C: ATLF-like domain-containing protein
G: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1433
ポリマ－27,0772
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
4
D: ATLF-like domain-containing protein
H: ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2934
ポリマ－27,0772
非ポリマー2162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.430, 95.410, 126.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
ATLF-like domain-containing protein


分子量: 26307.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
遺伝子: GTNG_1672 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4INY2
#2: タンパク質・ペプチド
ACE-GLU-PRO-LEU-PRO-PRO-PRO-PRO-NH2


分子量: 769.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 475分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Morpheus E9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 60314 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.95 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 7.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.055.141.2831.3444250.3621.43999.8
2.05-2.115.111.1421.5843440.4881.24499.8
2.11-2.175.120.8652.1941920.6180.92499.6
2.17-2.240.9140900.8460.984
2.24-2.310.6222.6239700.6940.62299.6
6.32-8.940.0524.0112850.9980.05497.2
8.94-704.50.04228.167940.9980.04693.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0rc1_5617: ???)精密化
XDSJun 30, 2023 BUILT=20230630データスケーリング
XDSJun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
PHASER1.21_5207位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.71 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 2602 4.32 %Random selection
Rwork0.1904 ---
obs0.192 60271 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6970 0 27 469 7466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6099836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8832644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.29991400.29283042X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.080.32091340.27312993X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.120.31121370.25343000X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.160.26161370.2473036X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.210.3021350.23512994X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.24281350.23363053X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.2541370.22373016X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40.28461370.21153037X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.480.26011360.20992998X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.570.24371350.20223044X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.670.24731370.19843004X-RAY DIFFRACTION99
2.67-2.790.24461320.19643024X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.940.25561410.19843061X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.120.24041300.18792958X-RAY DIFFRACTION97
3.12-3.360.23731390.1753037X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.70.21091380.15893054X-RAY DIFFRACTION99
3.7-4.230.17391400.14293052X-RAY DIFFRACTION98
4.24-5.330.1791390.14593089X-RAY DIFFRACTION98
5.33-47.710.19311430.20023177X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5429-0.0522-0.20571.4197-0.64141.66830.00830.09150.0744-0.0654-0.00280.07180.0233-0.038-0.00410.1476-0.0097-0.01640.16540.01420.19131.651424.0935.9084
21.0322-0.04360.20691.2736-0.00751.9391-0.01280.04440.0271-0.0032-0.00330.0948-0.0030.0080.02350.1344-0.0070.00540.1591-0.00380.182620.329247.694526.6312
31.80410.16350.72722.0364-0.06241.67960.0629-0.0233-0.22870.0785-0.095-0.07730.14640.01730.01730.16650.02220.01260.1573-0.00430.189214.5348-2.785217.8152
42.418-0.8248-0.04681.7488-0.661.4-0.1195-0.2072-0.0120.16010.17020.1364-0.0285-0.0585-0.05230.24150.03360.0080.1930.01790.18724.189920.718944.8143
52.8406-2.44021.76229.4676-5.37725.1514-0.1927-0.33340.25820.34860.2055-0.25610.0318-0.20230.01430.18670.00380.01080.25950.02830.26319.394124.566312.2957
66.51012.9915-7.15751.6957-3.40317.90870.7865-0.69071.0257-0.6525-0.1263-1.0846-1.36420.8215-0.52050.4904-0.01970.15840.3201-0.04390.491129.451742.112829.6517
72.0017-1.96030.07985.3563-5.87217.0817-0.23220.8549-0.9793-0.698-0.2678-0.98980.46561.02440.19560.1694-0.0229-0.00160.4061-0.10250.498917.77762.17438.3783
84.7032-4.112-0.59535.68431.01565.6436-0.32440.2457-0.7465-0.3950.09891.6892-0.239-0.45860.23510.20570.0359-0.04570.2984-0.0050.453721.943620.5935.0123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 28 through 235)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 27 through 233)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 28 through 234)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 19 through 233)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 0 through 7)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 7)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 7)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 0 through 7)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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