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- PDB-9g4s: Crystal structure of the human METTL3-METTL14 in complex with sma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g4s
タイトルCrystal structure of the human METTL3-METTL14 in complex with small molecule inhibitor Compound 56
要素(N6-adenosine-methyltransferase ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / METTL3 METTL14 inhibitor Epics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / forebrain radial glial cell differentiation / oxidoreductase complex / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / mRNA modification / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of neuron differentiation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / oogenesis / stem cell population maintenance / mRNA destabilization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of translation / response to nutrient levels / circadian rhythm / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear speck / nuclear body / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase-like (MT-A70-like) family profile. / N6-adenosine-methyltransferase MT-A70-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.62) family profile. / MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N(6)-adenosine-methyltransferase catalytic subunit METTL3 / N(6)-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dutheuil, G. / Oukoloff, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human METTL3-METTL14 in complex with small molecule inhibitor Compound 56
著者: Dutheuil, G. / Oukoloff, K.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit
B: N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9759
ポリマ－57,1902
非ポリマー7857
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.191, 64.191, 225.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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N6-adenosine-methyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 3 / hMETTL3 / N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / MT-A70


分子量: 24656.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase
#2: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 14 / hMETTL14


分子量: 32533.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HCE5

-
非ポリマー , 4種, 318分子

#3: 化合物 ChemComp-A1III / 4-[(3~{R})-3-(cyclopropylmethylamino)piperidin-1-yl]-1-[(1~{R})-1-[4-[5-(dimethylamino)pyridin-3-yl]-1,2,3-triazol-1-yl]ethyl]pyridin-2-one


分子量: 462.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N8O
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.0, 18% (w/v) PEG 4000, 20C, sitting drop, protein:precipitant solution ratio = 1:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.03 Å / Num. obs: 38278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 2921 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→44.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.896 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24343 2043 5.1 %RANDOM
Rwork0.19502 ---
obs0.19753 38278 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3819 0 47 311 4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.6475515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2571.5838812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5335485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43921.213239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46415695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0531537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.143.4461905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1413.4451904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9965.1242383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9955.1262384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0643.7932148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0563.7932148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8385.5613123
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.6939.2134567
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.67439.0764523
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 157 -
Rwork0.332 2764 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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