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- PDB-9g4o: The strucuture of Streptococcus pyogenes GacA in complex with a f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g4o
タイトルThe strucuture of Streptococcus pyogenes GacA in complex with a fragment
要素dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GacA / Streptococcus / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Yan, K. / Dorfmueller, H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust225350/Z/22/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V001094/1 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2026
タイトル: Cell wall target fragment discovery using a low-cost, minimal fragment library.
著者: Yan, K. / Stanley, M. / Raimi, O. / Ferenbach, A.T. / Dorfmueller, H.C. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6015
ポリマ－32,5361
非ポリマー1,0664
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.155, 45.702, 48.440
Angle α, β, γ (deg.)113.30, 99.54, 95.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 dTDP-4-dehydrorhamnose reductase


分子量: 32535.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: rmlD, SPy_0784 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A0G6, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1IH7 / 2-[4-(hydroxymethyl)phenyl]ethanoic acid


分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M ...詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M sodium oxamate), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.545→43.411 Å / Num. obs: 21968 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.934 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.545→1.81 Å / Num. unique obs: 1098 / CC1/2: 0.547

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→43.41 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 1148 5.15 %
Rwork0.1818 --
obs0.1842 21968 54.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 72 163 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9953301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.297330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.620.147560.228943X-RAY DIFFRACTION1
1.62-1.70.2472170.2615252X-RAY DIFFRACTION5
1.7-1.810.2429390.248744X-RAY DIFFRACTION15
1.81-1.950.31591170.23832166X-RAY DIFFRACTION45
1.95-2.140.28061840.2084195X-RAY DIFFRACTION86
2.14-2.450.25192310.19134579X-RAY DIFFRACTION95
2.45-3.090.22712690.18644630X-RAY DIFFRACTION96
3.09-43.410.19212850.15124534X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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