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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9g4h | |||||||||
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タイトル | The structure of Candida albicans phosphoglucose isomerase in complex with fragments | |||||||||
![]() | Glucose-6-phosphate isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / PGI / Candida / fragment | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fungal biofilm matrix / glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yan, K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Exploration of starting points for the chemical validation of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase in Aspergillus fumigatus 著者: Yan, K. / Stanley, M. / Raimi, O. / Kowalski, B. / Gurvic, D. / Grillenberger, S. / Chen, X. / Ferenbach, A.T. / Dorfmueller, H. / van Aalten, D.M.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 249.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9g45C ![]() 9g46C ![]() 9g47C ![]() 9g4kC ![]() 9g4oC ![]() 9g53C ![]() 9g5aC ![]() 9g5fC ![]() 9g5oC ![]() 9g5yC ![]() 9g63C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61670.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | 分子量: 176.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6BrN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Hepes-NaOH pH7.0, 21 % PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.529→81.173 Å / Num. obs: 153067 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.529→1.611 Å / Num. unique obs: 7653 / CC1/2: 0.956 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→73.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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