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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9g4g | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus MazF in complex with Nanobody 9 | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / Toxin-antitoxin system / Ribonuclease / Nanobody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89572919242 Å | ||||||
データ登録者 | Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF 著者: Prolic-Kalinsec, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9g4g.cif.gz | 131.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9g4g.ent.gz | 85.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9g4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9g4g_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9g4g_full_validation.pdf.gz | 450.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9g4g_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9g4g_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 抗体 | 分子量: 14693.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammoniumsulphate, 0.1 M Na-cacodylate pH 6.5, 30% (w/v) PEG-8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89572919242→46.0840534125 Å / Num. obs: 7201 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 43.425238765 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.89572919242→3.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique obs: 1195 / CC1/2: 0.842 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89572919242→46.0840534125 Å / SU ML: 0.550017910456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35933942305 / 位相誤差: 30.9558380693 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.9482501898 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89572919242→46.0840534125 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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