PDB-9g3t: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g3t

タイトル

Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from Geobacillus thermodenitrificans

要素

ATLF-like domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Endopeptidase / Metalloprotease / Zinc

機能・相同性

Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / metallopeptidase activity / extracellular region / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATLF-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from Geobacillus thermodenitrificans
著者: Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g3t.cif.gz	262.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g3t.ent.gz	215 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g3t_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g3t_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9g3t_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	9g3t_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g0j
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATLF-like domain-containing protein

B: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.622, 125.622, 63.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ATLF-like domain-containing protein 分子量: 26307.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア) 遺伝子: GTNG_1672 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4INY2

-
非ポリマー , 5種, 262分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12 M Ethylene Glycols 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 30 % P550MME_P20K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.87313 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→70 Å / Num. obs: 128364 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	9	1.765	1.54	9339	0.284	1.835	98.3
1.64-1.68		1.601	1.98	9264	0.479	1.686	100
1.68-1.73	12.2	1.1391	2.53	9011	0.639	1.441	100
1.73-1.79	14.2	1.184	3.3	8761	0.769	1.229	100
5.05-7.15	14.2	0.074	32.97	2639	0.998	0.081	100
7.15-70	13.44	0.07	33.69	1451	0.998	0.08	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→62.81 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1774	4438	3.46 %	Random
R_work	0.1565	-	-	-
obs	0.1572	128292	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→62.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3422	0	58	254	3734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3607
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	4893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.771	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3054	155	0.3122	3983	X-RAY DIFFRACTION	96
1.62-1.64	0.339	143	0.3051	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.2637	161	0.2849	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2934	140	0.2633	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.2448	145	0.2478	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.3056	147	0.2399	4132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2702	142	0.2264	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2281	152	0.2147	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2159	151	0.2017	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2041	149	0.1823	4102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.1975	148	0.1641	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2025	137	0.1647	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.144	155	0.1593	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.1798	149	0.1475	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.172	149	0.1447	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.06	0.1946	148	0.1523	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.164	149	0.1422	4122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.1575	153	0.1368	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.1643	149	0.1267	4160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.1645	148	0.1266	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1571	137	0.1252	4141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.1328	152	0.1306	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.6	0.1739	148	0.1285	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.73	0.1814	149	0.1362	4155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.9	0.1535	155	0.1463	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.13	0.1625	148	0.1465	4140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.44	0.1733	146	0.1562	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.94	0.1802	146	0.1372	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.97	0.1308	146	0.132	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-62.81	0.1923	141	0.1841	4132	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0019	-0.014	-0.0465	0.5856	-0.1662	1.0109	-0.0027	0.0559	0.0169	-0.0355	0.0019	-0.019	0.0105	-0.0634	0.003	0.197	-0.0113	-0.0092	0.1414	-0.02	0.1711	-34.1498	17.7503	5.5813
2	1.6883	0.6294	0.1919	1.4457	-0.1384	0.9225	0.0476	-0.0782	-0.0118	0.0993	-0.0497	-0.1023	-0.0393	0.0026	0.0037	0.1895	0.0181	-0.0333	0.1138	-0.0071	0.1317	-33.5098	-11.9716	18.5745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 21 through 235)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 29 through 234)

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関連情報:EMDBヘッダ

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