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- PDB-9g3t: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9g3t | ||||||
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Title | Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from Geobacillus thermodenitrificans | ||||||
![]() | ATLF-like domain-containing protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Endopeptidase / Metalloprotease / Zinc | ||||||
Function / homology | Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / metallopeptidase activity / extracellular region / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATLF-like domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) E153A Y189F from Geobacillus thermodenitrificans Authors: Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 262.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 215 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 26307.477 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: GTNG_1672 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 262 molecules 








#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.12 M Ethylene Glycols 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 30 % P550MME_P20K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87313 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→70 Å / Num. obs: 128364 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→62.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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