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- PDB-9g3q: Chitinase-like protein AgBR1 from Aedes aegypti -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g3q
タイトルChitinase-like protein AgBR1 from Aedes aegypti
要素AAEL001965-PA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / GH18 family chitinase-like protein / Aedes aegypti salivary gland protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Imaginal disc growth factor / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / AAEL001965-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Abrescia, N.G.A. / Martinez-Castillo, A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)RTI2018-095700-B-I00 スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2021-126130OB-I00 スペイン
Department of Education of the Basque GovernmentPRE_2018_1_0102 スペイン
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional significance of Aedes aegypti AgBR1 flavivirus immunomodulator.
著者: Martinez-Castillo, A. / Barriales, D. / Azkargorta, M. / Zalamea, J.D. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Gonzalez-Lopez, M. / Aransay, A.M. / Marin-Lopez, A. / Fikrig, E. / Elortza, F. / ...著者: Martinez-Castillo, A. / Barriales, D. / Azkargorta, M. / Zalamea, J.D. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Gonzalez-Lopez, M. / Aransay, A.M. / Marin-Lopez, A. / Fikrig, E. / Elortza, F. / Anguita, J. / Abrescia, N.G.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of imaginal disc growth factor-2. A member of a new family of growth-promoting glycoproteins from Drosophila melanogaster.
著者: Varela, P.F. / Llera, A.S. / Mariuzza, R.A. / Tormo, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and thermodynamic insights into chitooligosaccharide binding to human cartilage chitinase 3-like protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
著者: Ranok, A. / Wongsantichon, J. / Robinson, R.C. / Suginta, W.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAEL001965-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3773
ポリマ－47,8191
非ポリマー5582
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.432, 77.191, 51.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 AAEL001965-PA


分子量: 47818.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein expressed in pOPIN G vector. The protein contains a signal peptide at the N-ter, that is cleaved leaving ETG extra residues. At the C-ter, the protein contains a His-tag (KHHHHHH). ...詳細: Protein expressed in pOPIN G vector. The protein contains a signal peptide at the N-ter, that is cleaved leaving ETG extra residues. At the C-ter, the protein contains a His-tag (KHHHHHH). The protein crystal structure lacks a flexible loop from residues 166-185 (residue numbers corresponds to the model). The structure begins at residue Gly24 (residue number 7 in the alignment above).
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
株: Ho Chi Minh / 遺伝子: AAEL001965 / プラスミド: pOPIN G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q17JL7
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Thawed AgBR1 protein was desalted with 150 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 7.4 buffer using Micro Bio-Spin columns (Biorad) to eliminate glycerol. The measured nanodrop absorbance was 8.7 mg/mL. 75 ...詳細: Thawed AgBR1 protein was desalted with 150 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 7.4 buffer using Micro Bio-Spin columns (Biorad) to eliminate glycerol. The measured nanodrop absorbance was 8.7 mg/mL. 75 nL of protein were mixed with 150 nL of crystallization reservoir buffer contaning 0.1 M MMT, 25% PEG 1,500 from PACT Premier.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→49.41 Å / Num. obs: 81290 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 14.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.204→1.328 Å / 冗長度: 4.98 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 1.525 / Num. unique obs: 4065 / CC1/2: 0.7312 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.829 / % possible all: 51.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→49.41 Å / SU ML: 0.1192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.3372
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1796 3991 4.91 %
Rwork0.1477 77295 -
obs0.1493 81286 69.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 37 332 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00983359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03924583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0873493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.82231269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.310470.2674134X-RAY DIFFRACTION3.54
1.22-1.230.578750.2168160X-RAY DIFFRACTION4.21
1.23-1.250.205590.2259239X-RAY DIFFRACTION6.21
1.25-1.270.3227260.2416347X-RAY DIFFRACTION9.26
1.27-1.280.2861340.2147540X-RAY DIFFRACTION14.41
1.28-1.30.2781540.2103815X-RAY DIFFRACTION21.68
1.3-1.320.2218590.20751125X-RAY DIFFRACTION29.53
1.32-1.340.2711750.20841481X-RAY DIFFRACTION38.75
1.34-1.360.231220.20582045X-RAY DIFFRACTION53.95
1.36-1.390.23451140.20842291X-RAY DIFFRACTION60.79
1.39-1.410.23081290.19772590X-RAY DIFFRACTION67.07
1.41-1.440.23981280.1862790X-RAY DIFFRACTION72.59
1.44-1.470.21231420.17092943X-RAY DIFFRACTION77.32
1.47-1.50.22431820.17533120X-RAY DIFFRACTION82.06
1.5-1.540.2211420.16833335X-RAY DIFFRACTION87.16
1.54-1.570.20741620.15813520X-RAY DIFFRACTION91.46
1.57-1.620.21991800.16173772X-RAY DIFFRACTION98.38
1.62-1.660.1912070.16153810X-RAY DIFFRACTION99.98
1.66-1.720.19691950.15333838X-RAY DIFFRACTION99.88
1.72-1.780.1882060.14753787X-RAY DIFFRACTION99.95
1.78-1.850.17952060.14583823X-RAY DIFFRACTION99.98
1.85-1.930.19072010.1443855X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.040.17881710.13573836X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.160.16062170.13323803X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.330.17072180.13313829X-RAY DIFFRACTION99.98
2.33-2.570.15671770.13333869X-RAY DIFFRACTION99.98
2.57-2.940.1652020.14823830X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.70.17992270.14383850X-RAY DIFFRACTION100
3.7-49.410.16491940.14633918X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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