PDB-9g3l: LecB from PA01 in complex with synthetic beta - fucosylamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g3l

タイトル

LecB from PA01 in complex with synthetic beta - fucosylamide

要素

Fucose-binding lectin PA-IIL

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / beta-fucosylamide / anti-adhesive / Pseudomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.739 Å

データ登録者

Antonini, G. / Varrot, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Toward Dual-Target Glycomimetics against Two Bacterial Lectins to Fight Pseudomonas aeruginosa - Burkholderia cenocepacia Infections: A Biophysical Study.
著者: Antonini, G. / Fares, M. / Hauck, D. / Mala, P. / Gillon, E. / Belvisi, L. / Bernardi, A. / Titz, A. / Varrot, A. / Mazzotta, S.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g3l.cif.gz	118.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g3l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g3l_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g3l_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	9g3l_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	9g3l_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g3kC 9h0qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.12794355 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-ray diffraction data set for PDB 9G3L: LecB from PA01 in complex with beta-fucosylamide-indole derivative Metadata reference: 10.5281/zenodo.12794355

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin PA-IIL

B: Fucose-binding lectin PA-IIL

C: Fucose-binding lectin PA-IIL

D: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

48.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.019, 80.160, 52.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.607, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 114 / Label seq-ID: 1 - 114

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: lecB, PA3361 / プラスミド: PET25B-LecB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-R7E / 5-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]furan-2-carboxamide / (5-(3'-aminomethyl)phenyl)furan-2-carboxamido-b-L-fucopyranose 分子量: 362.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖	ChemComp-A1IH4 / beta-L-fucopyranosyl-1H-indole-6-carboxamide / N-[(2S,3S,4R,5S,6S)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]-1H-indole-5-carboxamide タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 306.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 26% Peg6K 1M LiCl 0.1M sodium acetate pH 4.5 3 minutes soaking in 32% Peg Smear Low 50 mM sodium acetate pH 4.5 and 10mM ligand

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.739→49.39 Å / Num. obs: 40572 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 0.815 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1952 / CC_1/2: 0.678 / R_pim(I) all: 0.584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.739→49.389 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	2073	5.113 %
R_work	0.1474	38474	-
all	0.15	-	-
obs	-	40572	99.127 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.841 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.138 Å²	0 Å²	-0.388 Å²
2-	-	2.412 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.593 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.739→49.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3308	0	100	551	3959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.771	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.638	1.723	7271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.862	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.741	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.623	10	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.585	10	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.196	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.069	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.33	1.149	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.33	1.148	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.769	2.055	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.768	2.056	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.38	1.376	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.379	1.376	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.46	2.426	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.46	2.427	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.902	17.833	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.376	16.035	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.09	0.05	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.088	0.05	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.093	0.05	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.094	0.05	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.095	0.05	3382

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09994	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09994	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09019	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09019	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08832	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08832	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09287	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09287	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09436	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09436	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09498	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09498	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.739-1.784	0.318	112	0.271	2612	X-RAY DIFFRACTION	90.4382
1.784-1.833	0.287	141	0.242	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.5916
1.833-1.886	0.233	132	0.209	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.7197
1.886-1.944	0.206	142	0.173	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.7107
1.944-2.007	0.225	165	0.156	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.7767
2.007-2.078	0.189	142	0.153	2453	X-RAY DIFFRACTION	99.8077
2.078-2.156	0.167	125	0.128	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.9198
2.156-2.244	0.172	97	0.12	2310	X-RAY DIFFRACTION	99.917
2.244-2.343	0.183	114	0.122	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.343-2.458	0.156	123	0.114	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.59	0.157	127	0.111	1987	X-RAY DIFFRACTION	99.9527
2.59-2.747	0.171	120	0.115	1880	X-RAY DIFFRACTION	99.9001
2.747-2.936	0.167	106	0.121	1774	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
2.936-3.17	0.178	108	0.136	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.471	0.168	85	0.145	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.879	0.182	57	0.134	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.879-4.474	0.18	60	0.124	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
4.474-5.468	0.16	53	0.139	1047	X-RAY DIFFRACTION	100
5.468-7.686	0.258	41	0.223	826	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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