PDB-9g3k: LecB from PA01 in complex with synthetic beta - fucosylamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g3k

タイトル

LecB from PA01 in complex with synthetic beta - fucosylamide

要素

Fucose-binding lectin PA-IIL

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / beta-fucosylamide / anti-adhesive / Pseudomonas

機能・相同性

Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / Chem-R7E / Fucose-binding lectin PA-IIL

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Antonini, G. / Varrot, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Toward Dual-Target Glycomimetics against Two Bacterial Lectins to Fight Pseudomonas aeruginosa - Burkholderia cenocepacia Infections: A Biophysical Study.
著者: Antonini, G. / Fares, M. / Hauck, D. / Mala, P. / Gillon, E. / Belvisi, L. / Bernardi, A. / Titz, A. / Varrot, A. / Mazzotta, S.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g3k.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g3k.ent.gz	86.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g3k_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g3k_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	9g3k_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	9g3k_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/9g3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g3lC 9h0qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.12793535 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-ray diffraction dataset for PDB 9G3K LecB from PA01 in complex with synthetic beta-fucosylamide Metadata reference: 10.5281/zenodo.12793535

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin PA-IIL

B: Fucose-binding lectin PA-IIL

C: Fucose-binding lectin PA-IIL

D: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

48.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.351, 80.166, 52.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.361, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: lecB, PA3361 / プラスミド: PET25B-LecB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-R7E / 5-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]furan-2-carboxamide / (5-(3'-aminomethyl)phenyl)furan-2-carboxamido-b-L-fucopyranose 分子量: 362.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.86 % / 解説: rod
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 5KMME 0.2M AmSO4 0.1M Mes pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→47.5 Å / Num. obs: 268205 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 12508 / CC_1/2: 0.922 / R_pim(I) all: 0.289 / R_rim(I) all: 0.471

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→47.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.283 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1682	2853	5.026 %
R_work	0.1366	53908	-
all	0.138	-	-
obs	-	56761	99.661 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.436 Å²	-0 Å²	-0.353 Å²
2-	-	1.217 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.427 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	59	577	3931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.011	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.74	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.679	1.704	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.655	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.846	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.769	10	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.866	10	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.069	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.071	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.65	1.368	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.641	1.367	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.325	2.447	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.325	2.447	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.162	1.658	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.108	1.641	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.537	2.916	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.511	2.881	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.715	19.42	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.388	15.213	3726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.264	212	0.251	3996	X-RAY DIFFRACTION	99.6448
1.634-1.681	0.196	192	0.18	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.9749
1.681-1.733	0.187	204	0.159	3642	X-RAY DIFFRACTION	99.948
1.733-1.789	0.202	179	0.143	3545	X-RAY DIFFRACTION	99.9463
1.789-1.852	0.181	173	0.135	3452	X-RAY DIFFRACTION	99.9173
1.852-1.922	0.169	209	0.129	3288	X-RAY DIFFRACTION	99.7718
1.922-2	0.16	169	0.128	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.6442
2-2.089	0.172	175	0.133	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.6584
2.089-2.191	0.166	176	0.133	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.5169
2.191-2.309	0.147	145	0.126	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.5546
2.309-2.449	0.176	140	0.119	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.2432
2.449-2.617	0.136	109	0.11	2508	X-RAY DIFFRACTION	98.9788
2.617-2.826	0.145	142	0.124	2273	X-RAY DIFFRACTION	99.711
2.826-3.095	0.154	100	0.128	2137	X-RAY DIFFRACTION	99.4222
3.095-3.459	0.144	103	0.126	1929	X-RAY DIFFRACTION	99.559
3.459-3.99	0.156	83	0.117	1719	X-RAY DIFFRACTION	99.503
3.99-4.878	0.185	56	0.113	1459	X-RAY DIFFRACTION	99.4747
4.878-6.863	0.207	48	0.173	1140	X-RAY DIFFRACTION	99.6644
6.863-47.5	0.155	35	0.193	645	X-RAY DIFFRACTION	98.6938

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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