PDB-9g2j: Thaumatin structure determined using SoS chip at ID29 (serial cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g2j

タイトル

Thaumatin structure determined using SoS chip at ID29 (serial crystallography)

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / Thaumatin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Gorel, A. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2024
タイトル: Sheet-on-sheet fixed target data collection devices for serial crystallography at synchrotron and XFEL sources.
著者: Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Gorel, A. / Nizinski, S. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I.

履歴

登録	2024年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g2j.cif.gz	58.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g2j.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.849, 57.849, 150.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: 0.8 M NA, K TARTRATE, 0.1 M NA HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.073 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→38 Å / Num. obs: 29237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4475 % / R split: 0.067 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.69→1.8 Å / Num. unique obs: 1412 / R split: 0.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→37.904 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.657 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1688	1412	4.829 %
R_work	0.1576	27825	-
all	0.158	-	-
obs	-	29237	98.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.389 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.389 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.777 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→37.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	10	128	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.011	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.751	1.656	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.64	1.568	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.946	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.124	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.898	10	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.535	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.499	2.681	835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.488	2.68	835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.385	4.786	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.388	4.788	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.922	3.242	794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.924	3.241	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.438	5.632	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.439	5.631	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.558	28.658	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.523	28.307	1862

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.69-1.733	0.237	68	0.28	1928	0.278	2139	0.953	0.944	93.3146	0.259
1.733-1.781	0.246	116	0.231	1960	0.232	2076	0.954	0.964	100	0.204
1.781-1.832	0.213	97	0.2	1929	0.2	2026	0.971	0.974	100	0.168
1.832-1.889	0.197	106	0.177	1848	0.178	1954	0.975	0.98	100	0.144
1.889-1.95	0.181	90	0.151	1839	0.153	1929	0.98	0.986	100	0.124
1.95-2.019	0.133	82	0.136	1766	0.135	1848	0.99	0.989	100	0.114
2.019-2.095	0.145	83	0.136	1716	0.137	1799	0.987	0.988	100	0.113
2.095-2.18	0.171	83	0.167	1470	0.167	1721	0.958	0.97	90.2382	0.142
2.18-2.276	0.42	73	0.419	1601	0.419	1674	0.745	0.778	100	0.169
2.276-2.387	0.164	82	0.154	1497	0.154	1579	0.982	0.983	100	0.135
2.387-2.516	0.16	68	0.14	1481	0.141	1549	0.985	0.989	100	0.127
2.516-2.668	0.155	63	0.145	1356	0.145	1419	0.986	0.988	100	0.132
2.668-2.851	0.174	80	0.141	1288	0.143	1368	0.982	0.988	100	0.135
2.851-3.078	0.17	71	0.139	1212	0.141	1283	0.981	0.987	100	0.138
3.078-3.369	0.156	60	0.13	1128	0.131	1188	0.985	0.99	100	0.135
3.369-3.763	0.141	56	0.124	1028	0.125	1084	0.992	0.991	100	0.133
3.763-4.338	0.119	51	0.111	925	0.111	976	0.991	0.993	100	0.129
4.338-5.296	0.111	39	0.1	793	0.101	832	0.994	0.995	100	0.12
5.296-7.417	0.185	27	0.139	653	0.141	680	0.984	0.99	100	0.162
7.417-37.904	0.185	17	0.159	407	0.16	424	0.972	0.978	100	0.185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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