PDB-9g2g: Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g2g

タイトル

Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 5

要素

Endoribonuclease MazF
Nanobody 5

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin system / Ribonuclease / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.80048236056 Å

データ登録者

Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.

履歴

登録	2024年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g2g.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g2g.ent.gz	164.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9g2g_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g2g_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	9g2g_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	9g2g_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9g1yC 9g48C 9g4gC 9g5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: Nanobody 5

D: Nanobody 5

ヘテロ分子

58.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.600, 50.873, 52.083
Angle α, β, γ (deg.)	67.502, 79.804, 85.349
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体	Nanobody 5 分子量: 14325.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.80048236056→46.9961366314 Å / Num. obs: 34576 / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 2.65 % / B_iso Wilson estimate: 23.6616470756 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.55
反射シェル	解像度: 1.80048236056→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 2227 / CC_1/2: 0.917 / % possible all: 34.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.80048236056→46.9961366314 Å / SU ML: 0.228991376352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9613439742 / 位相誤差: 30.0478257331
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243854432982	1596	4.94960458986 %
R_work	0.195452200843	30649	-
obs	0.197811004035	32245	73.7062265704 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.5688336135 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.80048236056→46.9961366314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3540	0	8	304	3852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00443883729132	3723
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745453338116	5080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0520552466107	571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00435837058	659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6007488078	2251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8005-1.8586	0.343070169533	29	0.335308620119	744	X-RAY DIFFRACTION	19.325
1.8586-1.925	0.402408291016	58	0.290944860505	1070	X-RAY DIFFRACTION	28.5497342445
1.925-2.0021	0.287445532889	95	0.26174681231	1515	X-RAY DIFFRACTION	40.6873894364
2.0021-2.0932	0.304598159544	109	0.253398979803	2384	X-RAY DIFFRACTION	62.3717788341
2.0932-2.2036	0.28698071677	150	0.237922718545	3172	X-RAY DIFFRACTION	82.7397260274
2.2036-2.3416	0.277546865935	193	0.230414462123	3409	X-RAY DIFFRACTION	91.5607524148
2.3416-2.5224	0.294685550339	192	0.227786707693	3649	X-RAY DIFFRACTION	96.7019133938
2.5224-2.7762	0.268605647114	208	0.225881556041	3646	X-RAY DIFFRACTION	97.2495584153
2.7762-3.1779	0.273205347644	210	0.212808950263	3705	X-RAY DIFFRACTION	97.4365355898
3.1779-4.0035	0.220964048093	177	0.170198471837	3659	X-RAY DIFFRACTION	97.1631205674
4.0035-46.9961366314	0.174782776025	175	0.145861649906	3696	X-RAY DIFFRACTION	97.3346743777

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14693308959	-0.163514272534	0.140376899261	6.95471894283	0.544025515311	6.7306541672	-0.320787898791	-0.647739554132	-0.201133902303	0.108925781066	0.301985510973	-0.905257709968	0.670284068472	0.932094075089	0.0132967815418	0.342573313335	0.100199062384	-0.0303121167353	0.290689873175	0.00750339387304	0.316245356221	0.792382284112	-14.149828304	2.399250187
2	9.4331028549	4.79029836107	5.61506379254	5.70885195797	-0.396022117624	6.5601111826	0.145409494017	0.801265106699	0.0555374731309	-1.02274730976	0.229447314119	-2.63110243844	-0.12422150626	2.73490501864	-0.328802148315	0.633931659187	-0.0970147028651	0.347417827841	0.698448492165	-0.166931595189	1.15833495086	6.99504763899	2.33549975521	-1.79519419489
3	1.61328593222	-0.867568118974	-0.126220599671	1.38483335825	0.439149277389	1.87585919436	-0.165121293074	-0.454666562302	-0.0651934300735	0.369374059846	0.37094760493	-0.079626162744	0.240060177226	0.100110482291	-0.140178410547	0.172004381738	-0.00128821187423	-0.0135313934405	0.180055224207	0.0462785407674	0.135546455377	-6.96608729804	-7.90107030181	2.96751270128
4	2.70507768718	-1.55155262855	-0.572570018809	1.17719086506	1.04397248927	2.29877298838	-0.0792425331958	-0.69100041176	-0.0328657235604	0.296614117658	0.439246669409	-0.265263416704	0.00294511237641	0.468437636023	-0.262578336837	0.174788180427	0.0147864838309	-0.0373867274928	0.282944304721	-0.00501781802406	0.221372714411	-2.99066283185	-7.06626519532	4.50327807199
5	0.866831108483	0.458808983455	-0.512701742406	3.2673258442	-2.15804083781	4.87502966754	-0.00225117151203	-0.455784982662	-0.561530809828	0.331264284081	-0.118512952899	0.0419642933353	0.554592298793	-0.0480177155574	-0.182789251056	0.229772112001	-0.0821954814346	0.121831511892	0.241895101326	0.237292792404	0.296308944752	-17.4406206304	-11.7157625635	1.03814739652
6	4.4406470392	0.293554156552	-0.0505723359348	4.77566035187	-0.328163935808	3.76196352243	0.130099802774	0.385181333298	0.86189797398	-0.42308047657	-0.0501300435893	0.0589365405245	-0.8085636338	-0.0872991333568	-0.00152993082035	0.299598441962	0.0378164493222	0.0282744923386	0.211215530759	0.0665418669863	0.233607984844	-19.1280807097	5.74574509627	-17.3693645847
7	6.53772224272	-6.4651406008	3.29468038558	9.9061277707	-0.601349202117	3.66953071951	0.0362595232973	-1.46231400191	1.67017763555	1.02236808345	-0.591381059219	-2.81694747328	-0.638628023236	1.95565233857	0.50911047264	0.356528535478	-0.230332751733	-0.00397006927892	1.01902161293	-0.0485617766112	0.893782681809	-0.80365104029	3.93722044087	-14.4470816957
8	1.25527944106	0.230334599682	-1.21214770593	3.7225031185	-0.88163070294	4.0322970665	0.00886199066197	0.0656953868613	0.0206124713699	-0.426127596439	0.0226621364392	-0.256663259666	-0.31607964481	0.291633974718	0.418982900981	0.164227096264	-0.177699313402	0.0837181558282	0.0947689822963	0.0870375604939	0.0734701979553	-12.8992067901	-1.01287883275	-15.5416668558
9	1.86415497639	-0.883747826719	-0.495820540972	1.80849026265	0.385260454646	1.35585522607	0.236501800918	0.0135205999158	0.128841822264	0.0280142706886	-0.151596822466	-0.0910282181394	-0.065535834252	-0.108267381015	0.0347493429205	0.0531207253893	-0.0785933236665	0.08674568104	0.130321146018	0.0712959150934	0.0517128177297	-16.7623988031	1.53399999015	-10.221598664
10	3.7334834199	0.373419348367	-3.4175503434	8.33928522996	-6.35110699106	8.66988099766	0.421018301084	0.679030009221	-0.255219593321	-0.383234325316	-0.484815735229	0.0141084013278	0.0391003222937	0.159249376158	0.0313668705258	0.190739411054	0.0317029687922	-0.0230483415267	0.25352917544	-0.0434869104335	0.128904391583	-4.81520825293	-13.9405825313	-23.1320111518
11	2.26418747456	-1.68979059773	3.10347802608	2.13654176111	-2.21411001072	4.27501682724	0.468898388815	0.766553106353	0.0822043478669	-0.621311797478	-0.447493923506	-0.080071443282	-0.225397634603	-0.104706851828	-0.0513468099959	0.352742453035	0.190176541105	0.00395416157567	0.444802568339	0.00629459072763	0.14405688019	-13.0527418388	-7.49557265865	-28.396225665
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26	3.1916607293	-2.19319277394	-1.74260900489	2.74988609701	0.942731138897	1.12929091134	-0.32195885955	-0.63673937998	0.349636663086	0.176847325079	0.459645060738	-0.162026004042	-0.171095128203	-0.0936645495553	-0.155724605153	0.207272510643	0.107763537894	0.000763528244864	0.365733588477	-0.000700254943586	0.140193035161	-26.0971582519	10.9023055486	9.92716506978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid -4 through 11 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 22 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 23 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 58 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 72 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 87 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 96 through 114 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 3 through 25 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 26 through 40 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 41 through 68 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 69 through 78 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 79 through 92 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 93 through 125 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 2 through 8 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 9 through 25 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 26 through 33 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 34 through 52 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 53 through 100 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 101 through 125 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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