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万見
- PDB-9g2c: Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g2c
タイトルYeast RNA polymerase I elongation complex stalled by an apurinic site, open state
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase I subunit ...) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • Non-template DNA
  • RNA
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / DNA lesion
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / regulation of cell size / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / Dual incision in TC-NER / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 ...: / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Santos-Aledo, A. / Plaza-Pegueroles, A. / Ruiz, F.M. / Fernandez-Tornero, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM uncovers a sequential mechanism for RNA polymerase I pausing and stalling at abasic DNA lesions.
著者: Alicia Santos-Aledo / Adrián Plaza-Pegueroles / Marta Sanz-Murillo / Federico M Ruiz / Peini Hou / Jun Xu / David Gil-Carton / Dong Wang / Carlos Fernández-Tornero /
要旨: During synthesis of the ribosomal RNA precursor, RNA polymerase I (Pol I) monitors DNA integrity but its response to DNA damage remains poorly studied. Abasic sites are among the most prevalent DNA ...During synthesis of the ribosomal RNA precursor, RNA polymerase I (Pol I) monitors DNA integrity but its response to DNA damage remains poorly studied. Abasic sites are among the most prevalent DNA lesions in eukaryotic cells, and their detection is critical for cell survival. We report cryo-EM structures of Pol I in different stages of stalling at abasic sites, supported by in vitro transcription studies. Slow nucleotide addition opposite abasic sites occurs through base sandwiching between the RNA 3'-end and the Pol I bridge helix. Templating abasic sites can also cause Pol I cleft opening, which enables the A12 subunit to access the active center. Nucleotide addition opposite the lesion induces a translocation intermediate where DNA bases tilt to form hydrogen bonds with the new RNA base. These findings reveal unique mechanisms of Pol I stalling at abasic sites, differing from arrest by bulky lesions or abasic site handling by RNA polymerase II.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
M: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
N: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
R: RNA
S: Non-template DNA
T: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,90720
ポリマ－602,64616
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 6種, 6分子 ABGIMN

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerase I 190 kDa polypeptide / A190 / DNA-directed RNA polymerase I largest subunit


分子量: 186676.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10964, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerase I 135 kDa polypeptide / A135 / DNA-directed RNA polymerase I ...DNA-directed RNA polymerase I 135 kDa polypeptide / A135 / DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2 / RNA polymerase I subunit 2


分子量: 135910.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22138, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / A43 / DNA-directed DNA-dependent RNA polymerase 36 kDa polypeptide


分子量: 36264.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P46669
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / A12 / A12.2 / DNA-directed RNA polymerase I 13.7 kDa polypeptide


分子量: 13676.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32529
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / A49 / DNA-directed RNA polymerase I 49 kDa polypeptide


分子量: 46721.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01080
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / A34 / DNA-directed DNA-dependent RNA polymerase 34.5 kDa polypeptide / A34.5


分子量: 26933.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47006

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DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / C37 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / C40


分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07703
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa polypeptide / RPA19


分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28000

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 ST

#15: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 11553.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#16: DNA鎖 Template DNA


分子量: 11529.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 5分子 R

#14: RNA鎖 RNA


分子量: 3883.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase I and DNA and RNACOMPLEX#1-#11, #14-#16, #13, #120MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase ICOMPLEX#1-#131NATURAL
3DNA and RNACOMPLEX#14-#161RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: METHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
14RELION３次元再構成
15cryoSPARC３次元再構成
16crYOLO３次元再構成
17CTFFIND３次元再構成
18Gctf３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117941 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6hko

6hko


Accession code: 6hko / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 179.86 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003629953
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53340733
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03984556
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00385010
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.756511443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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