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- PDB-9g1z: Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g1z
タイトルStructure of Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine (non-rotated state)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 14
  • (60S ribosomal protein ...) x 10
  • (Ribosomal 40S subunit protein ...) x 16
  • (Ribosomal 60S subunit protein ...) x 26
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Endogenous tRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Large ribosomal subunit protein eL34
  • Rpl40bp
  • Small ribosomal subunit protein uS11
  • Ubiquitin-ribosomal 40S subunit protein S31 fusion protein
キーワードRIBOSOME / Candida Albicans / Readthrough / Mefloquine
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / pre-mRNA 5'-splice site binding / regulation of cytoplasmic translation / fungal biofilm matrix ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / pre-mRNA 5'-splice site binding / regulation of cytoplasmic translation / fungal biofilm matrix / GCN2-mediated signaling / invasive growth in response to glucose limitation / hyphal cell wall / preribosome / ribosome hibernation / negative regulation of p38MAPK cascade / filamentous growth / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / negative regulation of translational frameshifting / signaling receptor activator activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / protein-membrane adaptor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of autophagy / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to starvation / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / extracellular vesicle / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / cell adhesion / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / cell surface / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / : ...Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / Mefloquine / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS21 ...SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / Mefloquine / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 60S ribosomal protein L41 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Large ribosomal subunit protein eL8B / Small ribosomal subunit protein uS8A
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Atamas, A. / Jenner, L.B. / Guskov, A. / Yusupov, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Foundation for Medical Research (France)FDT202204014886 フランス
Foundation for Medical Research (France)DEQ20181039600 フランス
Foundation for Medical Research (France)DBF20160635745 フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Mechanism of read-through enhancement by aminoglycosides and mefloquine.
著者: Olga Kolosova / Yury Zgadzay / Artem Stetsenko / Anastasia P Sukhinina / Anastasia Atamas / Shamil Validov / Andrey Rogachev / Konstantin Usachev / Lasse Jenner / Sergey E Dmitriev / Gulnara ...著者: Olga Kolosova / Yury Zgadzay / Artem Stetsenko / Anastasia P Sukhinina / Anastasia Atamas / Shamil Validov / Andrey Rogachev / Konstantin Usachev / Lasse Jenner / Sergey E Dmitriev / Gulnara Yusupova / Albert Guskov / Marat Yusupov /
要旨: Nonsense mutations are associated with numerous and diverse pathologies, yet effective treatment strategies remain elusive. A promising approach to combat these conditions involves the use of ...Nonsense mutations are associated with numerous and diverse pathologies, yet effective treatment strategies remain elusive. A promising approach to combat these conditions involves the use of aminoglycosides, particularly in combination with stop-codon read-through enhancers, for developing drugs that can rescue the production of full-length proteins. Using X-ray crystallography and single-particle cryo-EM, we obtained structures of the eukaryotic ribosome in complexes with several aminoglycosides (geneticin G418, paromomycin, and hygromycin B) and the antimalarial drug mefloquine (MFQ), which has also been identified as a read-through enhancer. Our study reveals a binding site of MFQ, which holds significant promise for the development of therapies targeting premature termination codon-related genetic and oncological diseases. The results underscore the crucial role of the bridge B7b/c in mediating the effects of MFQ on subunit rotation dynamics. Through a comprehensive analysis of the interactions between the drugs and the eukaryotic ribosome, we propose a unifying hypothesis for read-through enhancement by small molecules, highlighting the role of decoding center rearrangements and intersubunit rotation dynamics.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 60S ribosomal protein L20
2: Ribosomal 60S subunit protein L21A
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
5: Ribosomal 60S subunit protein L22B
6: Ribosomal 60S subunit protein L23B
7: Ribosomal 60S subunit protein L24A
8: Ribosomal 60S subunit protein L25
9: Ribosomal 60S subunit protein L26B
A: 18S rRNA
B: 40S ribosomal protein S0
C: 40S ribosomal protein S1
D: Ribosomal 40S subunit protein S2
E: Ribosomal 40S subunit protein S3
F: 40S ribosomal protein S4
G: Ribosomal 40S subunit protein S5
H: 40S ribosomal protein S6
I: 40S ribosomal protein S7
J: 40S ribosomal protein S8
K: Ribosomal 40S subunit protein S9B
L: Ribosomal 40S subunit protein S10A
M: Ribosomal 40S subunit protein S11A
N: 40S ribosomal protein S12
O: Ribosomal 40S subunit protein S13
P: Small ribosomal subunit protein uS11
Q: Ribosomal 40S subunit protein S15
R: Ribosomal 40S subunit protein S16A
S: Ribosomal 40S subunit protein S17B
T: Ribosomal 40S subunit protein S18B
U: Ribosomal 40S subunit protein S19A
V: Ribosomal 40S subunit protein S20
W: 40S ribosomal protein S21
X: 40S ribosomal protein S22-A
Y: Ribosomal 40S subunit protein S23B
Z: 40S ribosomal protein S24
a: 40S ribosomal protein S25
b: 40S ribosomal protein S26
c: 40S ribosomal protein S27
d: Ribosomal 40S subunit protein S28B
e: Ribosomal 40S subunit protein S29A
f: 40S ribosomal protein S30
g: Ubiquitin-ribosomal 40S subunit protein S31 fusion protein
h: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
j: Ribosomal 60S subunit protein L2A
k: 60S ribosomal protein L3
l: Ribosomal 60S subunit protein L4B
m: Ribosomal 60S subunit protein L5
o: Ribosomal 60S subunit protein L7A
q: Ribosomal 60S subunit protein L9B
s: Ribosomal 60S subunit protein L11B
t: 60S ribosomal protein L13
u: Ribosomal 60S subunit protein L14B
v: Ribosomal protein L15
w: Ribosomal 60S subunit protein L16A
y: Ribosomal 60S subunit protein L18A
z: Ribosomal protein L19
1: 25S rRNA
10: Endogenous tRNA
n: 60S ribosomal protein L6
p: 60S ribosomal protein L8
r: Ribosomal 60S subunit protein L10
x: Ribosomal 60S subunit protein L17B
AA: 60S ribosomal protein L27
AB: Ribosomal 60S subunit protein L28
AC: 60S ribosomal protein L29
AD: Ribosomal 60S subunit protein L30
AE: Ribosomal 60S subunit protein L31B
AF: Ribosomal 60S subunit protein L32
AG: Ribosomal 60S subunit protein L33A
AH: Large ribosomal subunit protein eL34
AI: Ribosomal 60S subunit protein L35A
AJ: 60S ribosomal protein L36
AK: Ribosomal protein L37
AL: Ribosomal 60S subunit protein L38
AM: 60S ribosomal protein L39
AN: Rpl40bp
AO: 60S ribosomal protein L41
AP: Ribosomal 60S subunit protein L42A
AQ: Ribosomal 60S subunit protein L43A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,115,60289
ポリマ－3,114,18179
非ポリマー1,42110
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 0ktnpAAACAJAMAO

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20376.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PLC9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44040.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q59LS1
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23105.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: O59931
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 19798.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCX8
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28549.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5ANA1
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15551.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PFG4
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7135.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF57
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11096.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PH21
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6347.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PDT4
#77: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3396.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A2V1AQU0

+
Ribosomal 60S subunit protein ... , 26種, 26分子 256789jlmoqsuwyrxABADAEAFAGAIALAPAQ

#2: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L21A


分子量: 18049.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PGY0
#5: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L22B


分子量: 14107.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM41
#6: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L23B


分子量: 14508.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PPT5
#7: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L24A


分子量: 17430.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A6A1
#8: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L25


分子量: 15873.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PPS1
#9: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L26B


分子量: 14215.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCQ5
#44: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L2A


分子量: 27366.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF08
#46: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L4B


分子量: 39282.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PFV1
#47: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L5


分子量: 34557.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AGZ7
#48: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L7A


分子量: 27446.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PDL6
#49: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L9B


分子量: 21755.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AEN2
#50: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L11B


分子量: 19859.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PHW1
#52: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L14B


分子量: 14748.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PFL9
#54: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L16A


分子量: 22685.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AB87
#55: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L18A


分子量: 20817.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK43
#61: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L10


分子量: 25236.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AIB8
#62: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L17B


分子量: 21002.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q59TE0
#64: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L28


分子量: 16703.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSC5
#66: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L30


分子量: 11520.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM75
#67: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L31B


分子量: 12993.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PHF5
#68: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L32


分子量: 14993.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PPN6
#69: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L33A


分子量: 12138.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PHH4
#71: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L35A


分子量: 14118.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK30
#74: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L38


分子量: 8911.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PG16
#78: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L42A


分子量: 12285.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PEV4
#79: タンパク質 Ribosomal 60S subunit protein L43A


分子量: 10136.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PP14

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 34A110

#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: GenBank: 1111963231
#4: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: GenBank: 1817956650
#10: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: GenBank: 1078736431
#57: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1085306.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: GenBank: 1078736431
#58: RNA鎖 Endogenous tRNA


分子量: 24385.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母)

-
40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 BCFHIJNWXZabcf

#11: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28759.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: O42817
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S1 / S3aE


分子量: 29041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: P40910
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29435.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCI6
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27146.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PL99
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21285.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AJ93
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22801.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q59T44
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15715.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5ADQ6
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9652.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCG7
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q96W54
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15546.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A7K0
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11633.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PNQ6
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13606.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5ALV6
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8982.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PTI7
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7127.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSK2

-
Ribosomal 40S subunit protein ... , 16種, 16分子 DEGKLMOQRSTUVYde

#13: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S2


分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A900
#14: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S3


分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSV5
#16: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S5


分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5AG43
#20: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S9B


分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PGY8
#21: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S10A


分子量: 13836.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PI15
#22: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S11A


分子量: 17638.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PN83
#24: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S13


分子量: 16976.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PPE0
#26: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S15


分子量: 15967.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK22
#27: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S16A


分子量: 15769.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCW6
#28: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S17B


分子量: 15770.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PEY9
#29: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S18B


分子量: 17023.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PQQ5
#30: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S19A


分子量: 16097.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK61
#31: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S20


分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A389
#34: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S23B


分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PDU3
#39: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S28B


分子量: 7536.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PQN0
#40: タンパク質 Ribosomal 40S subunit protein S29A


分子量: 6615.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PTR4

-
タンパク質 , 5種, 5分子 PghAHAN

#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14B


分子量: 14052.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PDT3
#42: タンパク質 Ubiquitin-ribosomal 40S subunit protein S31 fusion protein


分子量: 22615.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A109
#43: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Cytoplasmic antigenic protein 1


分子量: 34593.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: P83774
#70: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 13645.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PDZ1
#76: タンパク質 Rpl40bp


分子量: 6078.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PL68

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 vzAK

#53: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24389.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: Q5A6R1
#56: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 21942.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK40
#73: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10102.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans SC5314 (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF45

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#80: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#81: 化合物 ChemComp-YMZ / (11R,12S)- Mefloquine / (+)-メフロキン


分子量: 378.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#82: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / 1,5,10,14-テトラアゾニアテトラデカン


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine (non-rotated state)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Candida albicans SC5314 (酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 16000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 47.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51014 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005208536
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.742306148
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.35972832
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04538335
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00620027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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