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- PDB-9g30: The structure of the Candida albicans ribosome with tRNA-fMet, mR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g30
タイトルThe structure of the Candida albicans ribosome with tRNA-fMet, mRNA, and compounds (GEN and MFQ) shows strong density for the A site tRNA
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 25
  • (60S ribosomal protein ...) x 36
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / Candida albicans / mRNA / mefloquine / geneticin G418
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / invasive growth in response to glucose limitation / GCN2-mediated signaling ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / invasive growth in response to glucose limitation / GCN2-mediated signaling / hyphal cell wall / preribosome / ribosome hibernation / negative regulation of p38MAPK cascade / filamentous growth / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / nonfunctional rRNA decay / preribosome, small subunit precursor / mRNA destabilization / negative regulation of translational frameshifting / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / signaling receptor activator activity / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / protein-membrane adaptor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of autophagy / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to starvation / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / extracellular vesicle / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell adhesion / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / cell surface / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e ...: / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L24e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein L6e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
GENETICIN / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...GENETICIN / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 60S ribosomal protein L42-B / Ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-B / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L7-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L33-A / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L20 / 40S ribosomal protein S28-B / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L9-B / 60S ribosomal protein L23-A / 60S ribosomal protein L24-A / 60S ribosomal protein L18-A / 40S ribosomal protein S19-A / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S22-A / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S23 (S12) / Small ribosomal subunit protein uS11 / 60S ribosomal protein L34-B / 60S ribosomal protein L21-A / 60S ribosomal protein L31-B / 60S ribosomal protein L11-B / Ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L2-B / 60S ribosomal protein L14-B / Ribosomal protein L24 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L4-B / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS21
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Jenner, L.B. / Guskov, A. / Yusupov, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Foundation for Medical Research (France)DEQ20181039600 フランス
Foundation for Medical Research (France)FDT202204014886 フランス
Foundation for Medical Research (France)DBF20160635745 フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Mechanism of read-through enhancement by aminoglycosides and mefloquine.
著者: Olga Kolosova / Yury Zgadzay / Artem Stetsenko / Anastasia P Sukhinina / Anastasia Atamas / Shamil Validov / Andrey Rogachev / Konstantin Usachev / Lasse Jenner / Sergey E Dmitriev / Gulnara ...著者: Olga Kolosova / Yury Zgadzay / Artem Stetsenko / Anastasia P Sukhinina / Anastasia Atamas / Shamil Validov / Andrey Rogachev / Konstantin Usachev / Lasse Jenner / Sergey E Dmitriev / Gulnara Yusupova / Albert Guskov / Marat Yusupov /
要旨: Nonsense mutations are associated with numerous and diverse pathologies, yet effective treatment strategies remain elusive. A promising approach to combat these conditions involves the use of ...Nonsense mutations are associated with numerous and diverse pathologies, yet effective treatment strategies remain elusive. A promising approach to combat these conditions involves the use of aminoglycosides, particularly in combination with stop-codon read-through enhancers, for developing drugs that can rescue the production of full-length proteins. Using X-ray crystallography and single-particle cryo-EM, we obtained structures of the eukaryotic ribosome in complexes with several aminoglycosides (geneticin G418, paromomycin, and hygromycin B) and the antimalarial drug mefloquine (MFQ), which has also been identified as a read-through enhancer. Our study reveals a binding site of MFQ, which holds significant promise for the development of therapies targeting premature termination codon-related genetic and oncological diseases. The results underscore the crucial role of the bridge B7b/c in mediating the effects of MFQ on subunit rotation dynamics. Through a comprehensive analysis of the interactions between the drugs and the eukaryotic ribosome, we propose a unifying hypothesis for read-through enhancement by small molecules, highlighting the role of decoding center rearrangements and intersubunit rotation dynamics.
履歴
登録2024年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 60S ribosomal protein L20
1: 25S rRNA
2: 60S ribosomal protein L21-A
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
6: 60S ribosomal protein L23-A
7: 60S ribosomal protein L24-A
8: 60S ribosomal protein L25
9: Ribosomal protein L24
A: 18S rRNA
B: 40S ribosomal protein S0
C: 40S ribosomal protein S1
D: Ribosomal protein S5
E: Ribosomal protein S3
F: 40S ribosomal protein S4
G: Ribosomal protein S7
H: 40S ribosomal protein S6
I: 40S ribosomal protein S7
J: 40S ribosomal protein S8
K: Ribosomal protein S4
L: 40S ribosomal protein S10-A
M: 40S ribosomal protein S11A
N: 40S ribosomal protein S12
O: 40S ribosomal protein S13
P: 40S ribosomal protein S14-A
Q: 40S ribosomal protein S15
T: 40S ribosomal protein S18-B
R: 40S ribosomal protein S16
S: 40S ribosomal protein S17-B
U: 40S ribosomal protein S19-A
V: Ribosomal protein S10
W: 40S ribosomal protein S21
X: 40S ribosomal protein S22-A
Y: Ribosomal protein S23 (S12)
Z: 40S ribosomal protein S24
a: 40S ribosomal protein S25
b: 40S ribosomal protein S26
c: 40S ribosomal protein S27
d: 40S ribosomal protein S28-B
e: 40S ribosomal protein S29A
f: 40S ribosomal protein S30
g: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
h: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
j: 60S ribosomal protein L2-B
k: 60S ribosomal protein L3
l: 60S ribosomal protein L4-B
m: 60S ribosomal protein L5
n: 60S ribosomal protein L6
o: 60S ribosomal protein L7-A
p: 60S ribosomal protein L8
q: 60S ribosomal protein L9-B
r: 60S ribosomal protein L10
s: 60S ribosomal protein L11-B
t: 60S ribosomal protein L13
u: 60S ribosomal protein L14-B
v: 60S ribosomal protein L15-A
w: Ribosomal protein L13
x: Ribosomal protein L22
y: 60S ribosomal protein L18-A
z: 60S ribosomal protein L19-A
AA: 60S ribosomal protein L27
AB: 60S ribosomal protein L28
AC: 60S ribosomal protein L29
AD: 60S ribosomal protein L30
AE: 60S ribosomal protein L31-B
AF: 60S ribosomal protein L32
AG: 60S ribosomal protein L33-A
AH: 60S ribosomal protein L34-B
AI: Ribosomal protein L29
AJ: 60S ribosomal protein L36
AK: 60S ribosomal protein L37-B
AL: 60S ribosomal protein L38
AM: 60S ribosomal protein L39
AN: 60S ribosomal protein L40-B
AO: 60S ribosomal protein L41
AP: 60S ribosomal protein L42-B
AQ: 60S ribosomal protein L43-A
PT: tRNA
MR: mRNA
AT: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,146,912105
ポリマ－3,137,80680
非ポリマー9,10625
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 36種, 36分子 02678jklmnopqrstuvyzAAABACADAEAFAGAHAJAK...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20376.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZJ3
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18049.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1C8
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A


分子量: 14508.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C444
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A


分子量: 17430.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4U1
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L25


分子量: 15873.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6A1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L2-B


分子量: 27366.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44040.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q59LS1
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B


分子量: 39282.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4H4
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34557.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5AGZ7
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 19798.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P834
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 27446.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVN2
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28549.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C337
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L9-B


分子量: 21755.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3N3
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25236.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5AIB8
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B


分子量: 19859.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1S5
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23105.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F5V7
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L14-B


分子量: 14748.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F332
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A


分子量: 24389.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A6R1
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A


分子量: 20817.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4Y1
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A


分子量: 21942.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK40
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15551.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P843
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 16703.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVY8
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7135.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0G8
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11520.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM75
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L31-B


分子量: 12993.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1M1
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14993.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94008
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A


分子量: 12138.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BW57
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 13774.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F171
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / L39


分子量: 11096.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P47834
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L37-B


分子量: 10102.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF45
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8911.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PG16
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46


分子量: 6347.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q96W55
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L40-B


分子量: 6078.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PL68
#75: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3396.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P9WER7
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L42-B


分子量: 12285.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BR69
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A


分子量: 10136.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PP14

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 134APTATMR

#2: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1085306.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: 1305241335
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: X16634.1
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: OQ195134.1
#10: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086442.1
#78: RNA鎖 tRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: 1843521496
#79: RNA鎖 mRNA


分子量: 12383.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母)

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 9DEGKVYwxAI

#9: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14215.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3X2
#13: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ90
#14: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYS1
#16: タンパク質 Ribosomal protein S7


分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BS29
#20: タンパク質 Ribosomal protein S4


分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X2
#31: タンパク質 Ribosomal protein S10


分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYJ9
#34: タンパク質 Ribosomal protein S23 (S12)


分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V0
#57: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 22685.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ56
#58: タンパク質 Ribosomal protein L22


分子量: 21002.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BUG0
#69: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 14118.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6B7

+
40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BCFHIJLMNOPQTRSUWXZabcdef

#11: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28759.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C395
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C387
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29435.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCI6
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27146.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ37
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21285.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C655
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22801.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0S0
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A


分子量: 13836.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWQ8
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S11A


分子量: 17638.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PN83
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15715.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3A1
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16976.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4G0
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14052.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V4
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 15967.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK22
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S18-B


分子量: 17023.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3Y8
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15769.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94017
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B


分子量: 15770.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTR7
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A


分子量: 16097.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C5L4
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9652.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P844
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0N4
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15546.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3K1
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11633.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6EZQ8
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13606.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTS1
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8982.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWE6
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S28-B


分子量: 7536.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C0A5
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S29A


分子量: 6615.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PTR4
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7127.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSK2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 gh

#42: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein


分子量: 22615.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A109
#43: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 40S ribosomal protein ASC1 / Absence of growth suppressor of Cyp1 protein 1 / Cytoplasmic antigenic protein 1


分子量: 34593.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P83774

-
非ポリマー , 3種, 25分子

#80: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM)


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4
#81: 化合物
ChemComp-GET / GENETICIN / G418


分子量: 496.552 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40N4O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#82: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Candida albicans ribosome in complex with initiator fMet-tRNA, mRNA, and GEN+MFQ
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Candida albicans SC5314 (酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 29.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44555 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005212155
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.702311776
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.97774816
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04339234
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00720121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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