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- PDB-9g1y: Staphycoccus aureus MazF in complex with Nabobody 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g1y
タイトルStaphycoccus aureus MazF in complex with Nabobody 3
要素
  • Endoribonuclease MazF
  • Nanobody 3
キーワードTOXIN / Toxin-antitoxin system / Nanobody / Ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69655353284 Å
データ登録者Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Vrije Universiteit BrusselSRP13 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF
B: Endoribonuclease MazF
C: Nanobody 3
D: Nanobody 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2874
ポリマ－60,2874
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.830, 59.540, 72.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPILEILE(chain 'A' and (resid 0 through 2 or (resid 3...AA0 - 6113 - 74
121LYSLYSASNASN(chain 'A' and (resid 0 through 2 or (resid 3...AA63 - 11376 - 126
231ASPASPILEILE(chain 'B' and (resid 0 through 48 or (resid 49...BB0 - 6113 - 74
241LYSLYSASNASN(chain 'B' and (resid 0 through 48 or (resid 49...BB63 - 11376 - 126
152VALVALPROPRO(chain 'C' and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC4 - 433 - 42
162GLUGLUSERSER(chain 'C' and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC46 - 13245 - 131
272VALVALPROPRO(chain 'D' and ((resid 4 through 5 and (name N...DD4 - 433 - 42
282GLUGLUSERSER(chain 'D' and ((resid 4 through 5 and (name N...DD46 - 13245 - 131

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF


分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体 Nanobody 3


分子量: 15191.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69655353284→45.3673456976 Å / Num. obs: 14597 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.67 % / Biso Wilson estimate: 48.974417485 Å2 / CC1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 4.49
反射 シェル解像度: 2.69655353284→2.86 Å / 冗長度: 2.67 % / Num. unique obs: 2309 / CC1/2: 0.408 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69655353284→45.3673456976 Å / SU ML: 0.457991705361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36881018944 / 位相誤差: 28.8649557855
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274339099878 727 4.9873087741 %
Rwork0.215725686727 13850 -
obs0.218677503083 14577 97.563750753 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.774764644 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69655353284→45.3673456976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 0 69 3706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008719424755463724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.140205659015074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062635992007580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00744860505213654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.93306752752216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6966-2.90470.3699664368411440.3054045099572739X-RAY DIFFRACTION97.332883187
2.9047-3.1970.3715831781081450.2787920205432751X-RAY DIFFRACTION98.3361629881
3.197-3.65940.3013476267831440.2433400995022782X-RAY DIFFRACTION97.7941176471
3.6594-4.60970.2445829092751470.1739351211712771X-RAY DIFFRACTION97.7554438861
4.6097-45.360.2278105434321470.1894836837152807X-RAY DIFFRACTION96.6306836768
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77631847889-1.268452082671.389536467553.155670378580.6718376360953.19357042912-0.0566595908103-0.2064647188980.07721291302850.06388797093460.04911724058790.243626469722-0.202750451163-0.4902939097890.01539721773220.2393663719860.01469862508770.05136902045740.3108480282640.001674669267080.35426936394913.843309845819.69286966778.9404814299
21.68106015424-0.979517117411-0.06211191025641.60273208428-0.7291801370272.73803577625-0.0928562222415-0.03616608047550.0337967563402-0.05066033697470.0612338089933-0.09605315534910.17769222438-0.003765824903190.03677588384640.272057198367-0.01143403637530.03252199056920.199012932932-0.04317901515640.28885164728528.01304896515.203437461337.57023968176
32.61538369561-0.5670021145811.659545147263.67043812391-0.710470363953.633850461920.1980853021450.9268906858860.0686922769449-0.939281467079-0.106769799610.3009211561860.2913229394340.803049869498-0.05540719125890.62026057269-0.00359601484787-0.1065910279960.8680816169620.03322170864960.5700212672869.286491581087.91756793316-21.7621724076
40.62664485622-0.2076476440351.004000453561.55516527925-1.029830881274.87898604937-0.0440186407047-0.08430419614120.2637475215870.0443699399056-0.0907239906326-0.01602808682-0.554306760179-0.07667350041430.09015946142330.4536286633360.003261888360280.03511682175310.334523488691-0.02110674418030.39189738664928.486411878612.406422887440.7105716806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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