PDB-9g0j: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) from Geobacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g0j

タイトル

Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) from Geobacillus thermodenitrificans

要素

ATLF-like domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Endopeptidase / Metalloprotease / Zinc

機能・相同性

Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / metallopeptidase activity / extracellular region / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATLF-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PRO-PRO endopeptidase (PPEP-3) from Geobacillus thermodenitrificans
著者: Claushuis, B. / Wojtalla, F. / van Leeuwen, H. / Corver, J. / Baumann, U. / Hensbergen, P.

履歴

登録	2024年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g0j.cif.gz	259.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g0j.ent.gz	212.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g0j_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g0j_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9g0j_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	9g0j_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/9g0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/9g0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g3t 9g5j PDB 未公開エントリ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATLF-like domain-containing protein

B: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATLF-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.247, 126.247, 64.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-926- HOH
2	1	B-830- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ATLF-like domain-containing protein 分子量: 26381.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア) 遺伝子: GTNG_1672 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A4INY2

-
非ポリマー , 5種, 250分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12 M Ethylene Glycols 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 30 % P550MME_P20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.64 Å / Num. obs: 143852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.232 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 9.25
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / R_merge(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 10626 / CC_1/2: 0.24 / R_rim(I) all: 4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XSCALE	Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データスケーリング
XDS	Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データ削減
PHASER	1.21_5207	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→44.64 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	4974	3.46 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1738	143703	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3432	0	49	242	3723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	4850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.295	1324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3695	161	0.3552	4559	X-RAY DIFFRACTION	98
1.57-1.59	0.3906	168	0.3311	4593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.6	0.3913	166	0.3357	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.3124	174	0.3255	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.3436	165	0.3135	4614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.3052	171	0.3007	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.3026	161	0.2902	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2839	170	0.2707	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.3318	167	0.2721	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2921	158	0.2672	4631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2858	170	0.2476	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.2679	170	0.2298	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2012	161	0.2215	4646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2947	161	0.2202	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.233	172	0.1957	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1871	167	0.1762	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1856	162	0.167	4591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.196	167	0.1581	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.1702	169	0.1441	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.1444	169	0.1411	4630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.1672	161	0.1421	4642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.41	0.1848	161	0.1357	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.1494	167	0.1362	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.1652	170	0.1331	4659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.81	0.1833	167	0.1396	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.03	0.1652	168	0.1455	4621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.1557	165	0.1477	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1836	167	0.1477	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1562	157	0.1335	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-44.64	0.1905	162	0.1749	4635	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7213	-0.0547	-0.0148	0.6271	-0.1058	1.0134	0.0051	0.0363	0.0115	-0.0358	0.0006	0.048	0.0239	-0.1055	-0.0083	0.1557	-0.0147	-0.0117	0.1195	-0.0112	0.1466	-34.5427	17.9398	5.6911
2	1.2203	0.4331	0.1819	1.4876	-0.0727	0.8172	0.0471	-0.0328	0.0084	0.029	-0.0544	-0.025	-0.0423	-0.0018	0.0047	0.1653	0.014	-0.0207	0.1073	-0.0025	0.1152	-33.6833	-12.0551	18.7585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 21 through 235)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 29 through 234)

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