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- PDB-9g0a: Influenza A/H7N9 polymerase post-cleavage cap-snatching complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g0a
タイトルInfluenza A/H7N9 polymerase post-cleavage cap-snatching complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (RNA polymerase ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • 3' vRNA
  • 5' cap(1) RNA
  • 5' vRNA
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
  • likely linker between KOWx4 and KOW5 domains of SPT5
  • nontemplate DNA (43-mer)
  • template DNA (43-mer)
キーワードVIRUS / Influenza virus / influenza A / cap-snatching / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / cap snatching / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / transcription by RNA polymerase III / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-directed RNA polymerase activity / euchromatin / : / ribonucleoside binding / virion component / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / endonuclease activity / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / nuclear speck / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein heterodimerization activity / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / host cell nucleus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain ...Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / Polymerase acidic protein / NusG, N-terminal domain superfamily / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G1G / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...Chem-G1G / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rotsch, A.H. / Li, D. / Dienemann, C. / Cusack, S. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
European Research Council (ERC)882357European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of Co-Transcriptional Cap-Snatching by Influenza Polymerase
著者: Rotsch, A.H. / Li, D. / Dupont, M. / Krischuns, T. / Oberthuer, C. / Stelfox, A. / Lukarska, M. / Fianu, I. / Lidschreiber, M. / Naffakh, N. / Dienemann, C. / Cusack, S. / Cramer, P.
履歴
登録2024年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年7月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Transcription elongation factor SPT5
Y: Transcription elongation factor SPT4
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
P: 5' cap(1) RNA
a: Polymerase acidic protein
b: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
c: Polymerase basic protein 2
r: 3' vRNA
v: 5' vRNA
X: likely linker between KOWx4 and KOW5 domains of SPT5
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II, I and III subunit K
N: nontemplate DNA (43-mer)
T: template DNA (43-mer)
D: RNA polymerase II subunit D
G: DNA-directed RNA polymerase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)926,85037
ポリマ－925,17523
非ポリマー1,67414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 ZY

#1: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00267
#2: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13210.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63272

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEIKG

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 183244.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJR4, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899
#18: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4
#23: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 Prv

#4: RNA鎖 5' cap(1) RNA


分子量: 11437.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#8: RNA鎖 3' vRNA


分子量: 4008.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#9: RNA鎖 5' vRNA


分子量: 4557.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

-
タンパク質 , 3種, 3分子 abc

#5: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82916.570 Da / 分子数: 1 / Mutation: E119D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: M9TI86, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#6: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86496.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: M9TLW3, RNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 86007.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: X5F427

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X

#10: タンパク質・ペプチド likely linker between KOWx4 and KOW5 domains of SPT5


分子量: 1089.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: register is based on first phenylalanine in linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

-
RNA polymerase ... , 2種, 2分子 LD

#19: タンパク質 RNA polymerase II, I and III subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6
#22: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#20: DNA鎖 nontemplate DNA (43-mer)


分子量: 13303.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 template DNA (43-mer)


分子量: 13193.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#24: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#25: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-G1G / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-(2'-O-METHYL)-GUANOSINE / 2-アミノ-6-オキソ-7-メチル-9-[5-O-[[[(2′-O-メチル-5′-グアニリルオキシ)ホスホニル]オキシ(以下略)


分子量: 817.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32N10O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Influenza A/H7N9 polymerase post-cleavage cap-snatching complexCOMPLEX#1-#230MULTIPLE SOURCES
2Transcription elongation factors SPT4 and SPT5COMPLEX#1-#2, #101RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#4, #8-#91RECOMBINANT
4Influenza virus RNA-dependent RNA polymeraseCOMPLEX#5-#71RECOMBINANT
5DNACOMPLEX#20-#211RECOMBINANT
6Human RNA polymerase IICOMPLEX#3, #11-#19, #22-#231NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)11520
44Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)1318616
55synthetic construct (人工物)32630
66Sus scrofa domesticus (ブタ)9825
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
44Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
55synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM BICINE pH 8.0 150 mM NaCl 3 mM MgCl2 4% glycerol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
9Warp画像取得PARTICLE SELECTION
10SerialEM画像取得IMAGE ACQUISITION
11Warp画像取得CTF CORRECTION
12RELION3.1画像取得CTF CORRECTION
13Coot0.9.8画像取得model building
14UCSF ChimeraX1.6画像取得model building
15PHENIX画像取得model refinement
16cryoSPARC画像取得Reconstruction
20RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 11935228
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63230 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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