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- PDB-9fzc: Structure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fzc
タイトルStructure of OmpA-short in complex with nanobody Nb01
要素
  • Nanobody 01
  • Outer membrane protein A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Porin / Nanobody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell ...outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell / DNA damage response / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family ...Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / Outer membrane protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Ackle, F. / Sorgenfrei, M. / Seeger, M.A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation407240_177368 スイス
Swiss National Science FoundationPP00P3_170625 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rapid detection and capture of clinical Escherichia coli strains mediated by OmpA-targeting nanobodies
著者: Sorgenfrei, M. / Hurlimann, L.M. / Printz, A. / Wegner, F. / Morger, D. / Ackle, F. / Remy, M.M. / Montowski, G. / Keserue, H. / Cuenod, A. / Imkamp, F. / Egli, A. / Keller, P.M. / Seeger, M.A.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein A
B: Outer membrane protein A
C: Nanobody 01
D: Nanobody 01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,92423
ポリマ－64,9024
非ポリマー2,02219
水4,972276
1
A: Outer membrane protein A
C: Nanobody 01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1769
ポリマ－32,4512
非ポリマー7257
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane protein A
D: Nanobody 01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,74814
ポリマ－32,4512
非ポリマー1,29712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.048, 55.296, 107.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 171 or resid 207 through 213))
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERALAALAAA0 - 1712 - 173
d_12ens_1OCTOCTOCTOCTAE201
d_13ens_1OCTOCTOCTOCTAF202
d_14ens_1OCTOCTOCTOCTAG203
d_15ens_1OCTOCTOCTOCTBL201
d_16ens_1OCTOCTOCTOCTAH204
d_17ens_1OCTOCTOCTOCTAI205
d_18ens_1OCTOCTOCTOCTAJ206
d_21ens_1SERSERALAALABB0 - 1712 - 173
d_22ens_1OCTOCTOCTOCTBM202
d_23ens_1OCTOCTOCTOCTBN203
d_24ens_1OCTOCTOCTOCTBO204
d_25ens_1OCTOCTOCTOCTBP205
d_26ens_1OCTOCTOCTOCTBQ206
d_27ens_1OCTOCTOCTOCTBR207
d_28ens_1OCTOCTOCTOCTBS208
d_11ens_2VALVALVALVALCC5 - 1215 - 121
d_21ens_2VALVALVALVALDD5 - 1215 - 121

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999943594219, 0.00731466498908, -0.00770091266254), (-0.00726451748465, -0.999952358049, -0.00651984803505), (-0.00774823628019, -0.00646353686325, 0.999949092467)26.4658034994, 32.0746062696, 0.157241767332
2given(-0.993223419497, -0.0837531150951, -0.0805770108378), (0.0866116047228, -0.995706873811, -0.0326535047692), (-0.0774962508191, -0.0394111298779, 0.996213377721)28.1843885358, 32.5284148686, 0.124394395649

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein A / OmpA / Outer membrane porin A / Outer membrane protein 3A / Outer membrane protein B / Outer ...OmpA / Outer membrane porin A / Outer membrane protein 3A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein II* / Outer membrane protein d


分子量: 18992.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ompA, con, tolG, tut, b0957, JW0940 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P0A910
#2: 抗体 Nanobody 01 / Nb01


分子量: 13458.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG MME 2K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→107.79 Å / Num. obs: 30638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.76 % / Biso Wilson estimate: 30.62 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.275→2.314 Å / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1534 / CC1/2: 0.696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→107.79 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 1531 5 %
Rwork0.2076 29094 -
obs0.209 30625 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→107.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4484 0 138 276 4898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59446346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72361717
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.83806346599
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.527165627034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.350.31231360.25772603X-RAY DIFFRACTION99.89
2.35-2.430.29351390.2392641X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.530.26031390.22582643X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.640.27951380.23142615X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.780.28081380.22262626X-RAY DIFFRACTION99.89
2.78-2.960.26921390.22882632X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.190.23181380.20352626X-RAY DIFFRACTION99.96
3.19-3.510.19761400.19522651X-RAY DIFFRACTION99.96
3.51-4.010.21841410.18442666X-RAY DIFFRACTION99.93
4.02-5.060.17021390.16522656X-RAY DIFFRACTION99.89
5.06-107.790.26481440.24272735X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.609543924350.03895061723250.3510597684880.8157279542210.2832343033143.424497724910.001327144898830.0282917979716-0.0233465348506-0.03783352514780.0158256997606-0.056502377160.02790952029410.148453518426-0.02627606998720.149472402533-0.00389482934576-0.005421718172470.17013396493-0.002145161549180.2277233986141.445086422414.7151306424945.6888193483
20.7889817121720.13669638873-0.9205783307450.722444309551-0.4333044081242.4545129212-0.002649556191370.0945437363119-0.0449035560671-0.04429932648090.00624598595025-0.008538092207680.0115505026328-0.1298300685830.004842557989710.140747633192-0.00111690957558-0.05354969589980.151346927479-0.003478171238110.1996863156324.598333026326.807988346345.7652908397
32.63089315035-0.3428741328240.4194110231182.104103973670.8217776826771.831853417760.05427479778880.26182659275-0.203555583617-0.1015024856890.01043933819240.1097094240.169469801837-0.0670562894572-0.0889891876150.318607008926-0.00906866674903-0.03289816500590.2661597144870.008191924447330.210450106413-4.38739282527-0.1986789195222.54777722591
42.14191503753-0.125701515425-1.047740546142.46791563258-1.637556895452.08463171127-0.03481372299240.1733615221870.126617611839-0.182067994615-0.0802217729564-0.111686402146-0.141566965504-0.07752071937030.1046444317250.352395471329-0.014988577034-0.01258195285780.279365046063-0.002445341057070.24641594015532.351961133632.26088289273.01097934723
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 0 through 171)AA0 - 1711 - 172
22(chain 'B' and resid 0 through 171)BI0 - 1711 - 172
33(chain 'C' and resid 5 through 121)CT5 - 1211 - 117
44(chain 'D' and resid 5 through 121)DU5 - 1211 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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