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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9fzd | |||||||||
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Title | Structure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39 | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Porin / Nanobody / Complex | |||||||||
Function / homology | ![]() porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ackle, F. / Sorgenfrei, M. / Seeger, M.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Rapid detection and capture of clinical Escherichia coli strains mediated by OmpA-targeting nanobodies Authors: Sorgenfrei, M. / Hurlimann, L.M. / Printz, A. / Wegner, F. / Morger, D. / Ackle, F. / Remy, M.M. / Montowski, G. / Keserue, H. / Cuenod, A. / Imkamp, F. / Egli, A. / Keller, P.M. / Seeger, M.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 195.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 143.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 9fzcC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19284.318 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Clinical isolate / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 13189.838 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate, 12 % PEG 4K, 0.1 M LiSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→44.8 Å / Num. obs: 16264 / % possible obs: 99.57 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07108 / Rpim(I) all: 0.02042 / Rrim(I) all: 0.07406 / Net I/σ(I): 22.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique obs: 1601 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.2518 / Rrim(I) all: 0.9333 / % possible all: 99.94 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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