[日本語] English
万見
- PDB-9fyo: Lacto-N-biosidase from Trueperella pyogenes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fyo
タイトルLacto-N-biosidase from Trueperella pyogenes
要素TrpyGH20
キーワードHYDROLASE / lacto-N-biosidase / GH20
機能・相同性NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Trueperella pyogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Vuillemin, M. / Siebenhaar, S. / Zeuner, B. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Independent Research Fund Denmark - Technology and Production Sciences9068-00006B デンマーク
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Discovery of Lacto-N-Biosidases and a Novel N-Acetyllactosaminidase Activity in the CAZy Family GH20: Functional Diversity and Structural Insights.
著者: Vuillemin, M. / Muschiol, J. / Zhang, Y. / Holck, J. / Barrett, K. / Preben Morth, J. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.
履歴
登録2024年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TrpyGH20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4055
ポリマ－84,8451
非ポリマー5594
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.759, 93.686, 94.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 TrpyGH20


分子量: 84845.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated protein 294-1043 Additional AA from vector at the N-terminus of the protein (Linker, HisTag and intact thrombin cleavage site)
由来: (組換発現) Trueperella pyogenes (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: lacto-N-biosidase
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0,01 M Nickel II chloride hexahydrate, 0,1M Tris pH8,5 and 20% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→65.3 Å / Num. obs: 20739 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 77.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 20.31
反射 シェル解像度: 2.77→2.86 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2036 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.281

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→65.3 Å / SU ML: 0.3793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 1083 5.22 %
Rwork0.2272 19650 -
obs0.2292 20733 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→65.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5881 0 29 23 5933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01266038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62768203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01221065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7876831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.890.41951180.40132454X-RAY DIFFRACTION99.88
2.89-3.050.37331310.3372473X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.240.31661410.3072432X-RAY DIFFRACTION99.92
3.24-3.490.34871330.30582471X-RAY DIFFRACTION99.92
3.49-3.840.26611730.25442278X-RAY DIFFRACTION94.09
3.84-4.390.27791470.21542332X-RAY DIFFRACTION94.26
4.39-5.530.20051400.18862535X-RAY DIFFRACTION99.96
5.53-65.30.23791000.18082675X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.237172007351.0711135482-0.1914716998861.84883904748-0.3598085932821.90038758911-0.1111897358990.2452172080790.210208996055-0.2382625466140.1833296335640.4285685898310.0816338360041-0.4725186251350.0002402373296730.6987176944180.0315010587775-0.0805571843010.7227361477110.1132068222270.721477604201-22.474508706423.3525344026-30.7981496874
21.568444621310.666096608243-0.2788909017071.67386464196-0.1016682801361.86816015010.166286133252-0.1415308352940.03676138684770.1557352297430.06734102852230.3560511509860.0318913222049-0.4464082783230.0002326538068550.711714356494-0.02309102554670.01472677563220.7200687917680.113233607490.680769753145-22.935535001717.10449232-15.3661918801
30.2794644062180.134110462964-0.144235538690.3613619846190.00289603931550.734231251-0.195780443566-0.2551291712680.342125841896-0.36670420180.178344310181-1.79095988975-0.1104618272140.06234382739740.0003136399710711.01010203525-0.09239067853440.0275207958920.977855693548-0.2036173815241.5400741347-20.674045154521.185369760726.7294232178
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 285 through 600 )285 - 6001 - 316
22chain 'A' and (resid 601 through 931 )601 - 931317 - 647
33chain 'A' and (resid 932 through 1043 )932 - 1043648 - 759

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る