PDB-9fyn: Lacto-N-biosidase from Trueperella pyogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fyn

タイトル

Lacto-N-biosidase from Trueperella pyogenes

要素

lacto-n-biosidase GH20

キーワード

HYDROLASE / lacto-N-biosidase / GH20

機能・相同性

NICKEL (II) ION

機能・相同性情報

生物種

Trueperella pyogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Vuillemin, M. / Siebenhaar, S. / Zeuner, B. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Discovery of Lacto-N-biosidases and a Novel N-Acetyllactosaminidase Activity in the CAZy Family GH20: Functional Diversity and Structural Insights.
著者: Vuillemin, M. / Muschiol, J. / Zhang, Y. / Holck, J. / Barrett, K. / Morth, J.P. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.

履歴

登録	2024年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fyn.cif.gz	534.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fyn.ent.gz	368.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fyn_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fyn_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	9fyn_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	9fyn_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fylC 9fymC 9fyoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lacto-n-biosidase GH20

ヘテロ分子

85 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, elute as a monomer in gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.788, 93.628, 93.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	lacto-n-biosidase GH20 分子量: 84845.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Truncated protein 294-1043 + HisTag, linker and intact thrombin cleavage site at the N-terminus of the protein (from vector). 由来: (組換発現) Trueperella pyogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: lacto-N-biosidase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0,01 M Nickel II chloride hexahydrate, 0,1M Tris pH8,5 and 20% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→41.88 Å / Num. obs: 75789 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 71.65 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.0215 / R_rim(I) all: 0.08013 / Net I/σ(I): 16.91
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / R_merge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7456 / CC_1/2: 0.261 / R_pim(I) all: 1 / R_rim(I) all: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→41.88 Å / SU ML: 0.3521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.3892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	3778	2.64 %
R_work	0.2063	139500	-
obs	0.2073	71639	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→41.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5881	0	2	304	6187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	6012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6412	8167
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0468	899
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1064
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.5615	815

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.81	0.4465	113	0.4433	4415	X-RAY DIFFRACTION	83.54
1.81-1.84	0.4109	143	0.4407	4606	X-RAY DIFFRACTION	88.07
1.84-1.86	0.4247	115	0.4192	4916	X-RAY DIFFRACTION	94.57
1.86-1.89	0.4043	121	0.4114	5184	X-RAY DIFFRACTION	97.25
1.89-1.92	0.4304	124	0.3845	5151	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.92-1.95	0.4237	152	0.3659	5220	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.95-1.98	0.4051	126	0.3492	5278	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.98-2.01	0.3549	144	0.3244	5193	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.01-2.05	0.394	138	0.3081	5168	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.05-2.09	0.326	138	0.3029	5264	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.09-2.13	0.3338	155	0.2887	5310	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.13-2.18	0.3375	115	0.2879	5251	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.18-2.23	0.3037	152	0.2673	5226	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.28	0.3534	158	0.2514	5255	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.28-2.35	0.3214	136	0.2381	5192	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.35-2.41	0.224	148	0.2321	5252	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.41-2.49	0.2812	126	0.234	5201	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.49-2.58	0.2623	172	0.2248	5213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.68	0.2511	131	0.2328	5324	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.68-2.81	0.2734	119	0.2381	5214	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.81-2.95	0.3108	158	0.2215	5235	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.96-3.14	0.3117	150	0.2168	5232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.38	0.2947	140	0.2046	5219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.72	0.1949	160	0.1916	5287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.26	0.1907	144	0.1639	5240	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.26-5.37	0.1556	148	0.1419	5232	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-41.88	0.2101	152	0.1649	5222	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.08884700371	-0.0467850763852	-1.35135974573	1.2407576515	0.248216683469	2.02812927679	-0.031714607263	0.22022927276	-0.204011790988	0.0680152283988	-0.162965365549	0.41147402435	0.150576836067	-0.494950799482	0.182241114844	0.405115405541	-0.0748647840147	0.00909406546968	0.446854410828	-0.112108312732	0.354841204858	-0.541199159355	-54.9238029806	1.27140034803
2	1.76587579717	-0.328133874593	-0.920515504935	1.70157961014	0.405724335751	1.87473499799	0.324520932542	0.160109618391	0.274988577771	-0.0703088138189	-0.243196765349	0.364438161002	-0.316160673111	-0.385281743324	-0.0583119977047	0.450132474517	0.060109999567	0.0799486810325	0.396510885079	-0.0581938962802	0.353723824022	0.459916923597	-36.6454001338	5.57053486998
3	1.03464701875	-0.247862998316	-0.689718800662	2.11696926722	-0.200120228134	3.25230037834	-0.00484825172948	0.0221452711426	0.0860818964649	-0.19967868892	0.0887455471179	-0.326975745903	0.153539473231	2.14597719237	-0.104552236294	0.745940901563	0.00601212600357	0.150391051662	1.43431684472	0.0880190301401	0.611886783398	1.99591201831	2.78331559223	1.8945601614

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 285 through 624 )	285 - 624	1 - 340
2	2	chain 'A' and (resid 625 through 931 )	625 - 931	341 - 647
3	3	chain 'A' and (resid 932 through 1043 )	932 - 1043	648 - 759

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