+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9fyd | |||||||||||||||
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Title | tubulin - cryptophycin-uD[Dab] complex | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / cytoskeleton / microtubule / tubulin / cryptophycin / microtubule targting agent | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.3 Å | |||||||||||||||
Authors | Dessin, C. / Schachtsiek, T. / Voss, J. / Abel, A.-C. / Neumann, B. / Stammler, H.-G. / Prota, A.E. / Sewald, N. | |||||||||||||||
Funding support | European Union, Switzerland, 4items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2024 Title: Highly Cytotoxic Cryptophycin Derivatives with Modification in Unit D for Conjugation. Authors: Dessin, C. / Schachtsiek, T. / Voss, J. / Abel, A.C. / Neumann, B. / Stammler, H.G. / Prota, A.E. / Sewald, N. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9fyd.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9fyd.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 9fyd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9fyd_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9fyd_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 9fyd_validation.xml.gz | 95 KB | Display | |
Data in CIF | 9fyd_validation.cif.gz | 120.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A8V0Z8P0 |
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-Non-polymers , 8 types, 373 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MES / | #10: Chemical | Mass: 655.181 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C34H43ClN4O7 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #11: Chemical | ChemComp-ACP / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.999999 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→49.37 Å / Num. obs: 131347 / % possible obs: 99.35 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 54.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1933 / Rpim(I) all: 0.05476 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 11.17 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 4.22 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 12597 / CC1/2: 0.209 / CC star: 0.588 / Rpim(I) all: 1.2 / Rrim(I) all: 4.39 / % possible all: 94.25 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.3→49.37 Å / SU ML: 0.3888 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.1307 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→49.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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