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- PDB-9fy0: Cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S initiation co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fy0
タイトルCryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S initiation complex bound to Ss-aIF2beta leaderless mRNA
要素
  • (LSU ribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 26
  • Large ribosomal subunit protein eL8
  • Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
  • Ss_aIF2beta mRNA
  • aS33
  • aS34
  • rRNA 16S
  • tRNA met initiator
キーワードTRANSLATION / 30S / ribosome / initiation / Saccharolobus solfataricus / leaderless mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS7 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / LSU ribosomal protein S30E (Rps30E) / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / LSU ribosomal protein S26E (Rps26E) / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bourgeois, G. / Coureux, P.D. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of Saccharolobus solfataricus initiation complexes with leaderless mRNAs highlight archaeal features and eukaryotic proximity.
著者: Gabrielle Bourgeois / Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Clément Madru / Thomas Gaillard / Magalie Duchateau / Julia Chamot-Rooke / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt /
要旨: The archaeal ribosome is of the eukaryotic type. TACK and Asgard superphyla, the closest relatives of eukaryotes, have ribosomes containing eukaryotic ribosomal proteins not found in other archaea, ...The archaeal ribosome is of the eukaryotic type. TACK and Asgard superphyla, the closest relatives of eukaryotes, have ribosomes containing eukaryotic ribosomal proteins not found in other archaea, eS25, eS26 and eS30. Here, we investigate the case of Saccharolobus solfataricus, a TACK crenarchaeon, using mainly leaderless mRNAs. We characterize the small ribosomal subunit of S. solfataricus bound to SD-leadered or leaderless mRNAs. Cryo-EM structures show eS25, eS26 and eS30 bound to the small subunit. We identify two ribosomal proteins, aS33 and aS34, and an additional domain of eS6. Leaderless mRNAs are bound to the small subunit with contribution of their 5'-triphosphate group. Archaeal eS26 binds to the mRNA exit channel wrapped around the 3' end of rRNA, as in eukaryotes. Its position is not compatible with an SD:antiSD duplex. Our results suggest a positive role of eS26 in leaderless mRNAs translation and possible evolutionary routes from archaeal to eukaryotic translation.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: rRNA 16S
A: Small ribosomal subunit protein eS1
B: Small ribosomal subunit protein uS2
C: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
D: Small ribosomal subunit protein uS4
E: Small ribosomal subunit protein eS4
F: Small ribosomal subunit protein uS5
G: Small ribosomal subunit protein eS6
H: Small ribosomal subunit protein uS7
I: Small ribosomal subunit protein uS8
J: Small ribosomal subunit protein eS8
K: Small ribosomal subunit protein uS9
L: Small ribosomal subunit protein uS10
M: Small ribosomal subunit protein uS11
N: Small ribosomal subunit protein uS12
O: Small ribosomal subunit protein uS13
P: Small ribosomal subunit protein uS14
Q: Small ribosomal subunit protein uS15
R: Small ribosomal subunit protein uS17
S: Small ribosomal subunit protein eS17
T: Small ribosomal subunit protein uS19
U: Small ribosomal subunit protein eS19
V: Small ribosomal subunit protein eS24
W: Small ribosomal subunit protein eS27
X: Small ribosomal subunit protein eS28
Y: Small ribosomal subunit protein eS31
Z: Small ribosomal subunit protein uS3
3: Large ribosomal subunit protein eL8
a: aS34
c: Small ribosomal subunit protein eS25
d: aS33
e: LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)
4: tRNA met initiator
5: Ss_aIF2beta mRNA
b: LSU ribosomal protein S26E (Rps26E)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,013,355135
ポリマ－1,002,40035
非ポリマー10,955100
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 245

#1: RNA鎖 rRNA 16S


分子量: 486417.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: GenBank: AE006641.1
#33: RNA鎖 tRNA met initiator


分子量: 24833.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1334604293
#34: RNA鎖 Ss_aIF2beta mRNA


分子量: 4518.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

+
Small ribosomal subunit protein ... , 26種, 26分子 ABDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZc

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 23581.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UXD4
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 26043.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P95993
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 20784.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P95987
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4 / 30S ribosomal protein S4e


分子量: 27564.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UX94
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 23718.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UX87
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 30S ribosomal protein S6e


分子量: 23757.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980A6
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 22035.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P35026
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 15083.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UX92
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14685.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980W3
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 15732.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P95992
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 12133.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P35027
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14065.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P95988
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16381.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P39573
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 18662.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P95986
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6416.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZQ5
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 17475.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980A8
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 12987.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UX98
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 30S ribosomal protein S17e


分子量: 9647.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980K7
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 16399.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UXA3
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 18149.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980F7
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 30S ribosomal protein S24e


分子量: 13122.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZY6
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 30S ribosomal protein S27e


分子量: 7396.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97Z80
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 30S ribosomal protein S28e


分子量: 9393.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980Q5
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS31 / 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 8703.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZY7
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 25862.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UXA0
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25 / 30S ribosomal protein S25e


分子量: 12372.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZZ6

-
タンパク質 , 4種, 4分子 C3ad

#4: タンパク質 Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein


分子量: 7352.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q980V0
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13757.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: P55858
#29: タンパク質 aS34


分子量: 8210.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZK4
#31: タンパク質 aS33


分子量: 8392.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: D0KTI0

-
LSU ribosomal protein ... , 2種, 2分子 eb

#32: タンパク質 LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)


分子量: 6064.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZH4
#35: タンパク質 LSU ribosomal protein S26E (Rps26E)


分子量: 10695.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 参照: UniProt: Q97ZR1

-
非ポリマー , 5種, 373分子

#36: 化合物...
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#39: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S initiation complex bound to Ss_aIF2beta leaderless mRNARIBOSOME#1-#3, #5-#6, #8-#16, #18, #20-#23, #25-#28, #30-#330MULTIPLE SOURCES
2Saccharolobus solfataricus 30SRIBOSOME#1-#3, #5-#6, #8-#16, #18, #20-#23, #25-#28, #31-#331NATURAL
3tRNA met initiatorCOMPLEX#301RECOMBINANT
4mRNACOMPLEX#341RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)273057
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)273057
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Escherichia coli (大腸菌)562
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43812 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00571180
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.671103566
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.82823909
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03912756
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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