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- EMDB-50445: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 3... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50445
タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 4種
キーワード30S / ribosome / Translation / Saccharolobus solfataricus
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 ...Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / LSU ribosomal protein S30E (Rps30E) / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bourgeois G / Coureux PD / Mechulam Y / Schmitt E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of Saccharolobus solfataricus initiation complexes with leaderless mRNAs highlight archaeal features and eukaryotic proximity.
著者: Gabrielle Bourgeois / Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Clément Madru / Thomas Gaillard / Magalie Duchateau / Julia Chamot-Rooke / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt /
要旨: The archaeal ribosome is of the eukaryotic type. TACK and Asgard superphyla, the closest relatives of eukaryotes, have ribosomes containing eukaryotic ribosomal proteins not found in other archaea, ...The archaeal ribosome is of the eukaryotic type. TACK and Asgard superphyla, the closest relatives of eukaryotes, have ribosomes containing eukaryotic ribosomal proteins not found in other archaea, eS25, eS26 and eS30. Here, we investigate the case of Saccharolobus solfataricus, a TACK crenarchaeon, using mainly leaderless mRNAs. We characterize the small ribosomal subunit of S. solfataricus bound to SD-leadered or leaderless mRNAs. Cryo-EM structures show eS25, eS26 and eS30 bound to the small subunit. We identify two ribosomal proteins, aS33 and aS34, and an additional domain of eS6. Leaderless mRNAs are bound to the small subunit with contribution of their 5'-triphosphate group. Archaeal eS26 binds to the mRNA exit channel wrapped around the 3' end of rRNA, as in eukaryotes. Its position is not compatible with an SD:antiSD duplex. Our results suggest a positive role of eS26 in leaderless mRNAs translation and possible evolutionary routes from archaeal to eukaryotic translation.
履歴
登録2024年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50445.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 320.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 438 pix.
= 365.292 Å		0.83 Å/pix.
x 438 pix.
= 365.292 Å		0.83 Å/pix.
x 438 pix.
= 365.292 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.08591192 - 0.17681822
平均 (標準偏差)0.00009190684 (±0.004155588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ438438438
Spacing438438438
セルA=B=C: 365.292 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50445_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: #1

ファイルemd_50445_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50445_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50445_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 3...

全体名称: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
要素
  • 複合体: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
    • RNA: rRNA 16S Sso
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS31
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: VapB-type antitoxin
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)
    • RNA: mRNA_Map
    • RNA: Initiator tRNA Met
  • RNA: mRNA_Map
  • タンパク質・ペプチド: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
  • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS27
  • タンパク質・ペプチド: aS34
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 3...

超分子名称: High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1-#3, #5-#6, #8-#16, #18, #20-#23, #25-#28, #30-#33, #35
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

+
分子 #1: rRNA 16S Sso

分子名称: rRNA 16S Sso / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 486.417875 KDa
配列文字列: AAAUCCGGUU GAUCC(OMU)GCCG GACCCGACCG CUAUCGGGGU GGGGCUAAGC CA(OMU)GGGAGUC GUACGCUCCC GG GCAAGGG AGCGUGGCGG ACGGCUGAGU AACACGUGGC UAAC(OMC)UACCC UGAGGAGGGA GAUAACCCCG GGAAACUGG GGAUAAUCUC ...文字列:
AAAUCCGGUU GAUCC(OMU)GCCG GACCCGACCG CUAUCGGGGU GGGGCUAAGC CA(OMU)GGGAGUC GUACGCUCCC GG GCAAGGG AGCGUGGCGG ACGGCUGAGU AACACGUGGC UAAC(OMC)UACCC UGAGGAGGGA GAUAACCCCG GGAAACUGG GGAUAAUCUC CCAUAGGCGA GGAGUCCUGG AACGGUUCCU CGCUGAAAGG CUCAUGGGCU AUUCCCCGCU CAUGAGCGCC UCAGGAUGG GGCUGCGGC(OMC) CAUCAGGUAG UUGGGGGGGU AAGGGCCCCC CAAGCCUAUA ACGGGUAGGG GCCGUGA GA GCGGGAG(OMC)CC CCAGUUGGGC ACUGAGACAA G(OMG)GCCCAGGC CCUACGGGGC GCACCAGGCG CGAAACGUCC CCAAUGCGC GGAAGCGUGA GGGC(OMG)CCACC CCGAGUGCUC CCGUAAGGGA GCUUUUCCCC GCUCUACAAA GGCGGGG GA AUAAGCGGGG GGCAAGUCUG GUGUCAG(OMC)CG CCGCGGUAAU (A2M)CCAGCCCCG CGAGUGGU(OMC)G GGACUC UUA CUGGGCCUAA AGCGC(OMC)CGUA GCC(OMG)GCCCGA CAAGUCACUC CUUAAAGACC CCGGCUCAAC CGGGGGAAU GGGGGUGAUA CUGUCGGGCU AGGGGGCGGG AGAGGCCAGC GGUACUCCCG GAGUAGGGGC GAAAUCCUCA GAUCUCGGGA (OMG)GACCACCA GUGGCGAAAG CGGCUGGCUA GAACGCGCC(OMC) GACGGUGAGG GGCGAAAGCC GGGGCAGCAA AAG GGAUUA GAUACCCCUG UAGUCCCGGC UGUAAACAAU GCAGGCUAGG UGUCACAUGG GCUUAGAGCC CAUGUGGUGC CGCA GGGAA GCCGUUAAGC CUGC(4AC)GCCUG GGGAGUACGG UCGCAA(OMG)ACU GAAACUUAAA GGAAUUGGCG GGGGAGC AC CACAAGG(OMG)GU GGAACCUGCG GCUCAAUU(OMG)G AG(C4J)CAACGCC UGGAAUCUUA CUAGGGGAGA CCGCAG GAU GACGGCCAGG CUAACGACCU UGCCUGACUC GCGGAGAGGA GGUGCAUGGC C(OMG)UCGCCAGC UCGUG(OMU)UGU GAAAUGUCCU GUUAAGUCAG GCAA(OMC)(OMG)AGCG AGACCCCCAC CACUAGUUGG UAUCCUGGUC UCCGGGCCGG GA CCACACU AGUGGGACUG CCGGCGUAAG CCGGAGGAGG GAGGGGGCCA CGGCAGGUCA GCAUGCCCCG AAACCCCUGG GCC GCACGC (OMG)GGUUACAAU GGCAGGGACA GCGGGAUUCC GACCCCGAAA GGGGAAGGUA AUCCCUUAAA CCCUGCCGCA GUUGGGAUC GAGGGCUGAA ACUCGCCCUC GUGAACGAGG AAUCCCUAGU AACCGCAGAU CAACAAUCUG CGGUGAAUAC G (OMU)CCCUGCU CCUUGCACAC ACCG(OMC)C(5MC)GUC GCUCCACCCG AGUAGGAGAG GGGUGAGGCC CCUUGCCUUU GGGUGGGGG GUCGAGCUUC UCUCCUGCAA GGGGGGAGAA GUCGUA(6MZ)CAA GGUAG(4AC)(4AC)GUA GGGG(MA6) A(4AC)(4AC)U GCGGCUGGAU CACCUCC

GENBANK: GENBANK: AE006641.1

+
分子 #33: mRNA_Map

分子名称: mRNA_Map / タイプ: rna / ID: 33 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 5.039946 KDa
配列文字列:
(ATP)UGACUGAGG AUGAA

+
分子 #34: mRNA_Map

分子名称: mRNA_Map / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 4.959966 KDa
配列文字列:
(A3P)UGACUGAGG AUGAA

+
分子 #35: Initiator tRNA Met

分子名称: Initiator tRNA Met / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 24.801797 KDa
配列文字列:
AGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GG(OMC)UCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCUACC A

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 23.581205 KDa
配列文字列: MSAKGGAIKD KWKMKKWYSV ITPKAFGEVS LGSTPAYDIT QTIGRRVETT LYDLTGDFSQ VYVHLYFKII GNEGDRLITR FVGHELSRD YLRSLIRRKS SKINSIFDVT TKDGYVVRVK GLVLTTYKCH QSQKTAIRKI INETVSKKAS ELSFDDFTQE V VFGRLANE ...文字列:
MSAKGGAIKD KWKMKKWYSV ITPKAFGEVS LGSTPAYDIT QTIGRRVETT LYDLTGDFSQ VYVHLYFKII GNEGDRLITR FVGHELSRD YLRSLIRRKS SKINSIFDVT TKDGYVVRVK GLVLTTYKCH QSQKTAIRKI INETVSKKAS ELSFDDFTQE V VFGRLANE IFEAAKKIYP LRKAEIEKTK VLKVPENLGK QVESSSVSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 26.04316 KDa
配列文字列: MKVTNLSEKE ERGGELTEAE KEELRKSEKG AIIELLVPVD TYLSAGVHIG THSCTKYMES FVYRVRAEGL YVLDVRKIDE RLRIAAKFL SRYDPQDIIV VASRPYAYRP VQKFAEVVGS RALVGRIIPG TFTNPYLSTY IEPKVLLVSD PRTDTQAIKE A AKVGIPIV ...文字列:
MKVTNLSEKE ERGGELTEAE KEELRKSEKG AIIELLVPVD TYLSAGVHIG THSCTKYMES FVYRVRAEGL YVLDVRKIDE RLRIAAKFL SRYDPQDIIV VASRPYAYRP VQKFAEVVGS RALVGRIIPG TFTNPYLSTY IEPKVLLVSD PRTDTQAIKE A AKVGIPIV AFADTDAKID YIDLIIPANN KGRKSLALLY WALARQILRE RRVIPPDGDL AVPVSEFEMR LVQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

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分子 #4: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domai...

分子名称: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 7.352656 KDa
配列文字列:
MSVKLSIREE VEPPICSSCG KIIHPREKGV EFYCPNCGEV LIRRDHMCRK QGAEYICPNC GFKGP

UniProtKB: Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 20.7841 KDa
配列文字列:
MGDPKKSRKK WETPGHPWIK ERIGYEQELL GKYGLRNKRE IWIAQSIIRK FRHQARSLLA LPPAERAVRE KQLVGKLLKM GLLKKETAT VDDILSLTEQ DLLERRLQTI VYKKGLSNTI YQARQLITHG HIAVNGKRVT SPGYIVNVDE ENLIDYYVTS S FKSRPPVM SQQEGGEIGV KQA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein eS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 27.564197 KDa
配列文字列: MAHITRFEAP WFLMISKKQY KWTVRPNAGP HSIEKSIPLA VVIRDYLKLA GTIREAKHII FDGKVLVDGK VRKDYKYPVG LMDIVSIPS ADLYFRVLPD NVRFMRFSKI SADEARYKYV RIINKTTIKE GRIQLNLEDG RNILVDKETA KNFKTLMTLK I ELPSQQIL ...文字列:
MAHITRFEAP WFLMISKKQY KWTVRPNAGP HSIEKSIPLA VVIRDYLKLA GTIREAKHII FDGKVLVDGK VRKDYKYPVG LMDIVSIPS ADLYFRVLPD NVRFMRFSKI SADEARYKYV RIINKTTIKE GRIQLNLEDG RNILVDKETA KNFKTLMTLK I ELPSQQIL DSFTISERSY AIFVGGRNVG IHGIVKNINL SKFKSRKYSV ITLESRDGNT YQTNIMNVMS IGREKSDLRV D

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 23.718629 KDa
配列文字列: MAEEVPSLNI EEWKPRTSIG SLVKEGKISS IKELFDRNLP ITEPEIVDVL LPKLKYEVVD IKVVQKQTDA GEISRYKVLV IMGNMDGYV SIGTGKAKQL RVAIQKAIRD AKMNIIPVRR GCGSWQCTCG EPHSLPFKVV GKAGSVEVDL LPAPKGTGLV V GSVLKTLL ...文字列:
MAEEVPSLNI EEWKPRTSIG SLVKEGKISS IKELFDRNLP ITEPEIVDVL LPKLKYEVVD IKVVQKQTDA GEISRYKVLV IMGNMDGYV SIGTGKAKQL RVAIQKAIRD AKMNIIPVRR GCGSWQCTCG EPHSLPFKVV GKAGSVEVDL LPAPKGTGLV V GSVLKTLL TYAGIKDAWS TTKGETRTTE NFVRAGYSAL YNTYKFVTLQ DWVRKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein eS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 23.757402 KDa
配列文字列: MPDFKIVISD PQSVEPKRIK VKVKASDQVK SITGEKDGKA VPQAKVNEKT KQLLNVDTLL TLEITKQEGD KKVKVKGHFK VDVDNSVPD NEVWISKTMA EKFGAEDFEA FAYRTKTLQI SVDQNKATNL VGLKIGDVFE ANQLIGLPVK LKITGGSDNS G FPMRFDVI ...文字列:
MPDFKIVISD PQSVEPKRIK VKVKASDQVK SITGEKDGKA VPQAKVNEKT KQLLNVDTLL TLEITKQEGD KKVKVKGHFK VDVDNSVPD NEVWISKTMA EKFGAEDFEA FAYRTKTLQI SVDQNKATNL VGLKIGDVFE ANQLIGLPVK LKITGGSDNS G FPMRFDVI GAAKRKILLS GPPGFYPNEN GERRRKTIRG NTISQEIVQI NTIIVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 22.035703 KDa
配列文字列: MSLENLQLDI KVFGKWDTKV EIRDPSLKKY ISLMPVYLPH TGGRHEHRRF GKAKVPIVER LINQIMRPGR NKGKKHLAYN IVKLAFDII YLKTGQNPIQ VLVRAIENSA PREEVTRIMY GGIVYYVAVD VSPQRRIDLA LRHIATGAKD ASFNNPKPIE E VLAEEIIA ...文字列:
MSLENLQLDI KVFGKWDTKV EIRDPSLKKY ISLMPVYLPH TGGRHEHRRF GKAKVPIVER LINQIMRPGR NKGKKHLAYN IVKLAFDII YLKTGQNPIQ VLVRAIENSA PREEVTRIMY GGIVYYVAVD VSPQRRIDLA LRHIATGAKD ASFNNPKPIE E VLAEEIIA AANNDSKSFA IKRKEEIERI ALSSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 15.083798 KDa
配列文字列:
MVFVNPLANA LTSIYNNEMR RNKQAIIMPA SKLVINVLRV MQKEGYVGEF EYIDDGRWGK ITVQLLGRVN KCGPITPRYP LSYRQMIAL PDYVRRYLPS KEIGIIIVST SKGVMSHKEA ARLRIGGVAL GYVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein eS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 14.685966 KDa
配列文字列:
MGFYQGPDNR KITGGLKGKH RDKRKYEIGN PPTFTTLSAE DIRIKDRTLG GNFKVRLKYT TTANVLDPAT NTAKKVKILE ILETPANKE LARRGIIIRG AKIRTEAGLA VVTSRPGQDG VINAVLLKNE SQRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 15.732472 KDa
配列文字列:
MSEEQKLVIS SARRKTARAT CYIYAGKGRV FVNNVPIELI PIEMVRLKIM EPLLLAGNDI RSKIDAKIIT YGGGIMGQAD AARMALARA LVKFTGSKEL EKIYRAYDRT MLAGDPRQTE SEKWMRYSAR RWRQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 12.13344 KDa
配列文字列:
MPTKARIRLW STNVENLNYV ITQIRGIVEK TGIEMRGPIP LPTSKLEVPI MRLPHGEGRK KWEKWEMRVH KRLIDIAADE RVMRQLMRV RVPEDVYIEI QLI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 14.065243 KDa
配列文字列:
MSSRREIRWG IAHIYASQNN TLLTISDLTG AEIISRASGG MVVKADREKS SPYAAMLAAN KAASDALEKG IMALHIKVRA PGGYGSKTP GPGAQPAIRA LARAGFIIGR IEDVTPIPHD TIRRPGGRRG RRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 16.381561 KDa
配列文字列:
MVKSKSPKGI YAARKLRLKR LKFRRSQRKY KTKILKLKEK YDPLGGAPMA RGIVLEKVGI ESRQPNSAVR KCVRVQLVRN GRVVTAFVP GDGGVNFIDE HDEVIITGIG GTLGRSMGDL PGVRYKVIMV NGVSLDALYK GKKQKPVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 18.662439 KDa
配列文字列:
MSQQFKYVVR IFGQDVDGTM KLPYALAMVK GIGYNTAKAI IRKLGMDPNA RLGELSDAEV KKVESVISDH TIKGLPSWLY NRRKDYESG LDLHLVTSDL IFYVRNDIER EKKSRSWRGV RHSLGLKVRG QRTRTTGRTG MTIGVARKKA AQPQSQQSSS Q QQKSS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 6.416507 KDa
配列文字列:
MGKYKPPAER KYGKGVQSCQ RCGSKDSVIQ KYGIYLCRQC FREVAYELGF RKYW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 17.475533 KDa
配列文字列:
MNKRRAKGKS HSIRPARAGA PKWVRLTREE VEMLVEELAK RGYTPSMIGI ILRDQYGIPL VKQIVGKKVT QILEERGLAP QIPEDLFNL IRKAVNVRRH INEYPRDKTA KKGLEEIESK IRRLTRYYKG IGKLPQEWVY DPAKAELLVA GAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 12.987173 KDa
配列文字列:
MVSKGKTVKD PGIPNITIPE KVCEDEDCPY HGSLRVRGIT LEGVIVKYRG TKAAVIERQY LYYDSKYKRY ERRRSRIHAH VPPCINVRE GDKVIIGECR PLSKSISFVV LGKVS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein eS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 9.64707 KDa
配列文字列:
MGNIYTKDIK RIVKEIYDRY KDEIKDDYNT NKQIVIRYVD VKSKKVRNRI AGYLTRYYKI MKEKETSPAE EKEEISEEI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 16.399316 KDa
配列文字列:
MSLEIPPEWK NFKYRGKSID ELLNMPMDEF IKLLPSRQRR SLKRGFTDAQ RHLLEKVRKY RREGKFNKTI KTHVRNLVIL PELIGLKMA VYNGKEFVEF TVTPEMIGHY LGEYSITTKK VEHGEPGLKA TRSSLFLAMK G

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein eS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 18.149432 KDa
配列文字列:
MSLIMITAEM VPPDLLIKRL AIYLKENVKT VDPPEWALLA KTASFKERVP DNAEDWWYIR AASLLRKLYV NSIIGIEKTR TIYGGRKRR GTRPEKFVKA PGHVNRLIFQ QLEKAGLVQK IKNKGRSLSP KGRSLLDKLA LEIFKELAEN NTSLKVYLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #23: Small ribosomal subunit protein eS24

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 13.122204 KDa
配列文字列:
MESQAKVKIS DKAEGIIERD MQNSVIGRRE ISLKVYHMGS GTPSRKDIIK AIIQALGSQE NLVVVRKIST SYGAGISNVK LHIYKSREI LEKVEPKYLL DRDAGTKQKK GGSKGGQGAK G

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein eS27

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 7.396945 KDa
配列文字列:
MMRKLRVLIP EPKSRFLRVK CPNCGNEQTI FSHATFPVRC LSCGTELVYS MGGKAKIVGE VVRIMG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #25: Small ribosomal subunit protein eS28

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 9.393792 KDa
配列文字列:
MSEKTQQSQG SSIIEEFGFP AEVIQILDRT GVTGEVTQVR VRVLEGRDKG RILTRNVKGP VRVGDILILR ETEREARKIT TKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #26: Small ribosomal subunit protein eS31

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 8.703415 KDa
配列文字列:
MLELNKRKEE AKVAKEQKVK AIVRTYYVIE GNKVKLKNKK CPRCGSIMAH HLKPNERWSC GKCGYTEFIG ASKKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS31

+
分子 #27: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 25.862209 KDa
配列文字列: MPNIKRYFLE KSIVKVKIDE YLAKQYYNAE YAGVEVLKTP IGTRVIIYAG RPSMIIGRGG RNIKQLAQIF EKVFGLENPQ ITITNVENP ELNARVMAFR LAIALEKGYH FRRAAFISMR RIMNAGALGA EIIISGKLTT ERARYEKLKE GIVYKSGQQL E KMIDRAIA ...文字列:
MPNIKRYFLE KSIVKVKIDE YLAKQYYNAE YAGVEVLKTP IGTRVIIYAG RPSMIIGRGG RNIKQLAQIF EKVFGLENPQ ITITNVENP ELNARVMAFR LAIALEKGYH FRRAAFISMR RIMNAGALGA EIIISGKLTT ERARYEKLKE GIVYKSGQQL E KMIDRAIA IAMLKPGIFG VEVVITKPLK IEDKINLKES PSVPQEVSVT NVTFIEESSQ KSEEKSEGEK E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein eL8

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 13.757939 KDa
配列文字列:
MSKASYVKFE VPQDLADKVL EAVRKAKESG KIKKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVQPE EIVAHLPLLC DEKKIPYVYV SSKKALGEA CGLQVATASA AILEPGEAKD LVDEIIKRVN EIKGKTSS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #29: aS34

分子名称: aS34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 8.2108 KDa
配列文字列:
MSIKNRGSNA YGHLGWLTVY CRICNRKLII GTDILYKCPK CEKKYSAYFC EADKRGLKGK CPYCGTELVP IL

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #30: Small ribosomal subunit protein eS25

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 12.372557 KDa
配列文字列:
MGGASKKPIS TMEKRLKKEA EKQQKAEEKK KGPSKTGKEI ISRAVTIDEE TKKKVLDEIK KESIITPYAL ATKSGISISV ARKILKELE NQNVVKLYSK NRRLEIYIAA S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #31: VapB-type antitoxin

分子名称: VapB-type antitoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 8.392802 KDa
配列文字列:
MEMLKIKLSS GREVEINDDT IAVLNEYVRT QMTLEELSKR LGLSGWEEAY ELIKQVPAWV MWSPLPIYKK LA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #32: LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)

分子名称: LSU ribosomal protein S30E (Rps30E) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 6.064125 KDa
配列文字列:
MPSHGSLTKA GKVRSQTPKI QPKEKHKEVP RVRNRKEYEK RVVKARQQAP AR

UniProtKB: LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 59 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 44 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 515 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zhg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 766000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る