PDB-9fxy: Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type IV Inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fxy

タイトル

Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type IV Inhibitor

要素

Isoform 2 of Autotaxin

キーワード

HYDROLASE / Type VI / Inhibitor / Complex / Ectonucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase 2 / lysophospholipase D (lysoPLD) / lysophosphatidic acid (LPA)

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Borza, R. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Implications of Autotaxin inhibitors with a Three-Point lock binding mode.
著者: Desroy, N. / Borza, R. / Heiermann, J. / Triballeau, N. / Joncour, A. / Bienvenu, N. / Hengeveld, W.J. / Springer, J. / Galien, R. / Joosten, R.P. / Perrakis, A. / Heckmann, B.

履歴

登録	2024年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fxy.cif.gz	830.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fxy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fxy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fxy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9fxy_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	9fxy_validation.cif.gz	54.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ftnC 9fxuC 9fxwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Autotaxin

ヘテロ分子

97.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.603, 62.885, 64.594
Angle α, β, γ (deg.)	105.724, 96.546, 93.615
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Isoform 2 of Autotaxin / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Extracellular ...

分子量: 92875.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase, phospholipase D

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 423分子

#3: 化合物	... ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物	ChemComp-A1IG1 / 3-(3-((4-(4-fluorophenyl)thiazol-2-yl)(methyl)amino)-6-(1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl)propanenitrile / 3-[3-[[4-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-methyl-amino]-6-(1-methylsulfonylpiperidin-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl]propanenitrile 分子量: 539.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₆FN₇O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.19 Å / Num. obs: 52110 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 3821 / CC_1/2: 0.588 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless	1.12.15	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
MolProbity	4.5.2	モデル構築
XDS		データ削減
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.11 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2175	2571	4.935 %	RANDOM
R_work	0.1709	49531	-	-
all	0.173	-	-	-
obs	-	52102	95.998 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.226 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.263 Å²	0.065 Å²	0.689 Å²
2-	-	-0.355 Å²	-0.166 Å²
3-	-	-	0.434 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6339	0	229	368	6936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.016	6727
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.783	9066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.484	1.567	13921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.823	5.283	831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.969	10	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.076	10	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.526	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.14	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.636	1.804	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.096	1.78	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.298	3.181	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.297	3.182	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.567	2.387	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.568	2.387	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.042	4.055	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.031	4.056	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.424	23.103	30048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.431	23.03	29942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.309	179	0.274	3634	X-RAY DIFFRACTION	94.4279
2.052-2.108	0.303	190	0.262	3459	X-RAY DIFFRACTION	93.6842
2.108-2.169	0.273	185	0.231	3465	X-RAY DIFFRACTION	95.375
2.169-2.235	0.273	170	0.222	3405	X-RAY DIFFRACTION	96.1797
2.235-2.309	0.247	180	0.197	3236	X-RAY DIFFRACTION	96.5517
2.309-2.389	0.235	181	0.188	3107	X-RAY DIFFRACTION	96.028
2.389-2.479	0.24	160	0.173	3074	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.479-2.58	0.234	154	0.165	2954	X-RAY DIFFRACTION	96.4618
2.58-2.694	0.263	135	0.163	2806	X-RAY DIFFRACTION	95.8605
2.694-2.825	0.224	128	0.147	2723	X-RAY DIFFRACTION	96.2525
2.825-2.978	0.196	127	0.141	2532	X-RAY DIFFRACTION	94.8626
2.978-3.157	0.176	133	0.13	2408	X-RAY DIFFRACTION	95.8145
3.157-3.374	0.175	126	0.132	2286	X-RAY DIFFRACTION	97.731
3.374-3.642	0.196	110	0.138	2137	X-RAY DIFFRACTION	96.9789
3.642-3.987	0.182	76	0.141	1999	X-RAY DIFFRACTION	97.3721
3.987-4.453	0.138	98	0.133	1784	X-RAY DIFFRACTION	96.8605
4.453-5.133	0.191	93	0.144	1558	X-RAY DIFFRACTION	97.2893
5.133-6.265	0.247	68	0.208	1324	X-RAY DIFFRACTION	96.1326
6.265-8.768	0.282	61	0.222	1043	X-RAY DIFFRACTION	98.0462
8.768-43.19	0.269	17	0.266	597	X-RAY DIFFRACTION	96.8454

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.6063 Å / Origin y: -0.0992 Å / Origin z: 1.0771 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0643 Å²	-0.0623 Å²	-0.0312 Å²	-	0.0609 Å²	0.0297 Å²	-	-	0.0155 Å²
L	0.4458 °²	0.0856 °²	0.1424 °²	-	0.6284 °²	0.1155 °²	-	-	0.7726 °²
S	0.0066 Å °	-0.0022 Å °	-0.0057 Å °	0.0088 Å °	0.0085 Å °	-0.0176 Å °	0.0061 Å °	0.0065 Å °	-0.0151 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 8種, 423分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-非ポリマー , 8種, 423分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 8種, 423分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)