+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fx6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Cryo2RT SARS-CoV-2 main protease at 100K | |||||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / cryo2RT / synchrotron / room-temperature / protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Mac Sweeney, A. / Olieric, V. / Wang, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo2RT: a high-throughput method for room-temperature macromolecular crystallography from cryo-cooled crystals. 著者: Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Olieric, V. / Wang, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 105.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7h56C ![]() 7h57C ![]() 7h58C ![]() 7h59C ![]() 7h5aC ![]() 7h5bC ![]() 7h5cC ![]() 7h5dC ![]() 7h5eC ![]() 7h5fC ![]() 7h5gC ![]() 7h5hC ![]() 7h5iC ![]() 7h5jC ![]() 7h5kC ![]() 7h5lC ![]() 7h5mC ![]() 7h5nC ![]() 7h5oC ![]() 7h5pC ![]() 7h5qC ![]() 7h5rC ![]() 7h5sC ![]() 7h5tC ![]() 7h5uC ![]() 7h5vC ![]() 7h5wC ![]() 7h5xC ![]() 7h5yC ![]() 7h5zC ![]() 9fx4C ![]() 9fx5C ![]() 9fx7C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DMS / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 300 mM sodium nitrate, 300 mM disodium hydrogen phosphate, 300 mM ammonium sulphate, 100 mM MES/imidazole pH 6.5, 10% (w/v) PEG550 MME and 20% (w/v) PEG 20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.227→71.71 Å / Num. obs: 34960 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.58 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.36 Å / 冗長度: 6.54 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 5537 / CC1/2: 0.55 / Rrim(I) all: 1.43 / % possible all: 99.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.01 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.227→29.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.24 Å / Total num. of bins used: 51
|