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万見
- PDB-9fwg: LSD1/CoREST bound to bomedemstat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fwg
タイトルLSD1/CoREST bound to bomedemstat
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / bomedemstat / epigenetics / histone demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / regulation of protein localization / cellular response to UV / p53 binding / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / flavin adenine dinucleotide binding / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / transcription coactivator activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. ...: / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Speranzini, V. / Mattevi, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Prostate / 年: 2024
タイトル: Characterization of structural, biochemical, pharmacokinetic, and pharmacodynamic properties of the LSD1 inhibitor bomedemstat in preclinical models.
著者: Jasmine, S. / Mandl, A. / Krueger, T.E.G. / Dalrymple, S.L. / Antony, L. / Dias, J. / Celatka, C.A. / Tapper, A.E. / Kleppe, M. / Kanayama, M. / Jing, Y. / Speranzini, V. / Wang, Y.Z. / Luo, ...著者: Jasmine, S. / Mandl, A. / Krueger, T.E.G. / Dalrymple, S.L. / Antony, L. / Dias, J. / Celatka, C.A. / Tapper, A.E. / Kleppe, M. / Kanayama, M. / Jing, Y. / Speranzini, V. / Wang, Y.Z. / Luo, J. / Trock, B.J. / Denmeade, S.R. / Carducci, M.A. / Mattevi, A. / Rienhoff, H.Y. / Isaacs, J.T. / Brennen, W.N.
履歴
登録2024年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3513
ポリマ－146,4132
非ポリマー9381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area37370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.660, 179.020, 234.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 93011.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 53401.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: 化合物 ChemComp-A1IG2 / Bomedemstat FAD adduct


分子量: 937.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H42FN9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA) pH 6.5, 1.2 M Na/K Tartrate. Crystals were soaked in a solution containing 1 mM bomedemstat for 2 hours at 20 degress

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→99.48 Å / Num. obs: 40961 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 141117
反射 シェル解像度: 3.2→3.33 Å / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Num. measured all: 14486 / Num. unique obs: 4520 / CC1/2: 0.38 / Rpim(I) all: 0.607 / Rrim(I) all: 1.129 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 35.922 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22669 802 2 %RANDOM
Rwork0.19054 ---
obs0.1913 40152 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å2-0 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 64 0 6357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0196493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2461.9738810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.187314437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.355797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99224.475295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.052151130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9771542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.445.4133194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.445.4123193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5068.123989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5068.1223990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3145.9983299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3145.9983299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.058.7784822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.7151.44128031
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.7151.44228032
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 56 -
Rwork0.339 2843 -
obs--94.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.334-0.05330.20630.17750.33541.0605-0.0530.0112-0.15960.0329-0.14590.21930.0304-0.32240.19890.3086-0.05480.080.1248-0.14940.4159-15.333456.5011100.2287
20.3199-0.7013-0.39961.57670.94310.6685-0.0494-0.0093-0.0650.02150.0270.07840.01010.03090.02240.33930.00490.20160.0565-0.15050.552122.627618.72161.3248
30.2515-0.11870.05280.650.36560.92-0.01420.09130.01050.0143-0.17580.0319-0.0371-0.06190.190.34370.0219-0.02290.071-0.04760.3475-3.684664.877785.6649
43.47322.8146-3.58196.3293-0.33045.3484-0.24140.06210.16480.00650.6937-0.35450.37890.2991-0.45230.2040.03560.09860.2-0.15220.359419.35436.149479.5055
50.311-0.5158-0.34734.36012.71662.4922-0.2441-0.127-0.1861-0.41530.24490.8517-0.36850.6492-0.00080.3970.00460.11170.3473-0.24140.556128.558621.8253.0273
60.34520.63340.66661.21091.29711.40.0596-0.18910.07070.1287-0.24930.16970.1392-0.21510.18970.1846-0.03330.12130.31630.03170.294732.6434-25.810950.7215
72.1078-1.85510.4913.0519-0.06751.1308-0.2616-0.4054-0.12310.5170.22280.3635-0.21560.07330.03880.4824-0.03880.21420.1416-0.02210.163346.8767-24.134759.1722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2A372 - 539
3X-RAY DIFFRACTION3A540 - 836
4X-RAY DIFFRACTION4B308 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5B330 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6B371 - 384
7X-RAY DIFFRACTION7B385 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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