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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fvo | |||||||||
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タイトル | The HIV protease inhibitor amprenavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin | |||||||||
要素 | Endothiapepsin | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / aspartic protease / drug development / inhibitor / X-ray crystallographic screening / chestnut blight fungus / protease model. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Falke, S. / Senst, J.M. / Guenther, S. / Meents, A. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The HIV protease inhibitor amprenavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin 著者: Falke, S. / Senst, J.M. / Guenther, S. / Meents, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fvo.cif.gz | 165.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fvo.ent.gz | 105.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fvo_validation.pdf.gz | 782.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fvo_full_validation.pdf.gz | 785.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9fvo_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fvo_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 遺伝子: EAPA, EPN-1 / 発現宿主: Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin |
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-非ポリマー , 6種, 306分子
#2: 化合物 | ChemComp-478 / { | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 24% (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6 were mixed with an equal volume of 6 mg/ml endothiapepsin solution. Microseeding was applied. After 2 days crystals ...詳細: 24% (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6 were mixed with an equal volume of 6 mg/ml endothiapepsin solution. Microseeding was applied. After 2 days crystals were soaked with the ligand in reservoir solution in the presence of 5% (v/v) DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.826501 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.826501 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→43.03 Å / Num. obs: 30224 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.69 % / Biso Wilson estimate: 14.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 23.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 1928 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.225 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.03 Å / SU ML: 0.1518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.752 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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