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- PDB-9fve: Crystal structure of VcSiaP W73A mutant in complex with sialic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fve
タイトルCrystal structure of VcSiaP W73A mutant in complex with sialic acid and a VHH antibody (VHH_VcP#2)
要素
  • Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
  • VHH_VcP#2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Substrate binding protein / sialic acid / TRAP transporter / VHH antibody / Nanobody / Complex
機能・相同性TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Schneberger, N. / Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Allosteric substrate release by a sialic acid TRAP transporter substrate binding protein.
著者: Schneberger, N. / Hendricks, P. / Peter, M.F. / Gehrke, E. / Binder, S.C. / Koenig, P.A. / Menzel, S. / Thomas, G.H. / Hagelueken, G.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
B: VHH_VcP#2
C: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
D: VHH_VcP#2
E: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
F: VHH_VcP#2
G: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
H: VHH_VcP#2
I: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
J: VHH_VcP#2
K: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
L: VHH_VcP#2
M: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
N: VHH_VcP#2
O: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
P: VHH_VcP#2
Q: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
R: VHH_VcP#2
T: VHH_VcP#2
U: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
V: VHH_VcP#2
W: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
X: VHH_VcP#2
Y: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,96942
ポリマ－569,70624
非ポリマー4,26418
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)223.570, 153.113, 210.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.999, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 299 or resid 301))
d_4ens_1(chain "G" and (resid 1 through 299 or resid 301))
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d_6ens_1chain "K"
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d_10ens_1(chain "U" and (resid 1 through 299 or resid 301))
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d_12ens_1chain "Y"
d_1ens_2(chain "B" and resid 1 through 121)
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2(chain "F" and resid 1 through 121)
d_4ens_2(chain "H" and resid 1 through 121)
d_5ens_2(chain "J" and resid 1 through 121)
d_6ens_2(chain "L" and resid 1 through 121)
d_7ens_2(chain "N" and resid 1 through 121)
d_8ens_2(chain "P" and resid 1 through 121)
d_9ens_2(chain "R" and resid 1 through 121)
d_10ens_2(chain "T" and resid 1 through 121)
d_11ens_2(chain "V" and resid 1 through 121)
d_12ens_2(chain "X" and resid 1 through 121)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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4given(0.451181384715, 0.718765253495, 0.528972464742), (0.787365881509, -0.0415756655392, -0.615082460058), (-0.42010751805, 0.694008627038, -0.584689403764)-3.80498859838, 155.4884459, 119.02634059
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11given(-0.151254824068, 0.0518041345648, 0.987136419062), (-0.0449298256288, -0.997954009563, 0.0454874220654), (0.987473183922, -0.0374716751585, 0.153272908877)-121.515563287, -88.6167304965, 204.334952543
12given(-0.512854346547, 0.716100517507, 0.473476998443), (-0.707760213644, -0.0405534487103, -0.705287812017), (-0.485855842005, -0.696818101533, 0.5276254677)-164.426648423, -9.41124003205, -59.006266233
13given(0.47569339053, -0.796379568087, -0.373490805429), (-0.599094773171, 0.0175651453528, -0.800485426743), (0.644050658695, 0.604542016077, -0.468751213153)38.2066180375, 10.0130851875, 174.880039475
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15given(0.475863821304, 0.715394689054, 0.511628832697), (0.754965847441, -0.0338271847772, -0.654891052594), (-0.451198617874, 0.697901254077, -0.556195691089)0.43312837566, 155.41167036, 113.415171137
16given(0.3947472075, -0.657052125074, 0.642228267134), (-0.801499702437, 0.0954764668014, 0.59032403922), (-0.449191350278, -0.747774531007, -0.488938014081)-129.687523498, -159.892741595, -4.20031325899
17given(-0.377795730246, 0.699514234016, -0.606589006343), (-0.760018973267, 0.139883921021, 0.634668140775), (0.528811447004, 0.700794067504, 0.478796541831)19.0484926347, -154.075137911, 116.659279055
18given(0.593185284416, 0.635144640178, -0.494694354532), (0.614988668953, 0.0390515617557, 0.787568354229), (0.519538406099, -0.771405380832, -0.367441945089)64.7269699703, -9.49516200846, 150.098750981
19given(-0.577696564947, -0.62594738706, 0.523886006189), (0.643857117035, 0.045051192728, 0.763818304885), (-0.501711761564, 0.778562944576, 0.376994760762)-175.619068738, -11.305068748, -43.2018369107
20given(-0.0952777910691, 0.0657605426344, 0.993276242322), (-0.0714644663135, -0.9956927745, 0.0590654625151), (0.992882154429, -0.0653563297625, 0.0995669502217)-115.358282075, -92.3023397585, 208.450747556
21given(0.0760757175843, -0.104271836749, -0.991634947577), (-0.0583934544564, -0.993276035582, 0.0999646018134), (-0.995390722114, 0.0503001113327, -0.0816529799164)-0.136268848283, -99.6097850594, -105.241186737
22given(-0.988752655629, 0.043623209199, -0.143056637757), (0.0641800374465, 0.987727178191, -0.142393624352), (0.13508926227, -0.149973454591, -0.979417609673)-102.689722147, 15.1363448894, 113.293088221

-
要素

#1: タンパク質
Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP


分子量: 33991.613 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: siaP, VC_1779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR64
#2: 抗体
VHH_VcP#2


分子量: 13483.857 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖
ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Sodium HEPES, pH 7.0, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→34.24 Å / Num. obs: 171247 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 51.31 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 0.06463
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.3428 / Num. unique obs: 17066 / CC1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→34.24 Å / SU ML: 0.3882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 2008 1.17 %
Rwork0.2338 169239 -
obs0.2342 171247 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→34.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39703 0 276 0 39979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016540765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.812555152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09826072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01587163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.37465483
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02598437258
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.03155070503
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04257163787
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08995471545
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.12378297807
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08650339405
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08364326942
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07190018287
ens_1d_10AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0400291535
ens_1d_11AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14300029348
ens_1d_12AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02842173799
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.758854372689
ens_2d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.882683812262
ens_2d_4BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.937942739734
ens_2d_5BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.816043314653
ens_2d_6BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.911803605484
ens_2d_7BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.91959035255
ens_2d_8BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.897217801877
ens_2d_9BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.870928380677
ens_2d_10BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.84465043126
ens_2d_11BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.985436385804
ens_2d_12BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.855592732721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.880.35831440.308312072X-RAY DIFFRACTION99.34
2.88-2.950.34521430.297512054X-RAY DIFFRACTION99.42
2.95-3.040.32991400.281112011X-RAY DIFFRACTION99.24
3.04-3.140.34571410.274712094X-RAY DIFFRACTION99.24
3.14-3.250.32731440.276712087X-RAY DIFFRACTION99.36
3.25-3.380.27941410.260812087X-RAY DIFFRACTION98.91
3.38-3.540.24551440.241811803X-RAY DIFFRACTION97.53
3.54-3.720.3151440.234512220X-RAY DIFFRACTION99.89
3.72-3.950.26111440.229412111X-RAY DIFFRACTION99.79
3.96-4.260.2621450.208512150X-RAY DIFFRACTION99.59
4.26-4.690.18871450.189812143X-RAY DIFFRACTION99.39
4.69-5.360.21041430.20312121X-RAY DIFFRACTION99.1
5.36-6.750.27231430.243112015X-RAY DIFFRACTION97.84
6.75-34.240.25751470.209812271X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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