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万見
- PDB-9fvb: Crystal structure of VcSiaP in complex with a VHH antibody (VHH_VcP#2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fvb
タイトルCrystal structure of VcSiaP in complex with a VHH antibody (VHH_VcP#2)
要素
  • Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
  • VHH_VcP#2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Substrate binding protein / TRAP transporter / VHH antibody / Nanobody
機能・相同性TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / IMIDAZOLE / TRIETHYLENE GLYCOL / Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Schneberger, N. / Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Allosteric substrate release by a sialic acid TRAP transporter substrate binding protein.
著者: Schneberger, N. / Hendricks, P. / Peter, M.F. / Gehrke, E. / Binder, S.C. / Koenig, P.A. / Menzel, S. / Thomas, G.H. / Hagelueken, G.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
B: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
C: VHH_VcP#2
H: VHH_VcP#2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,74210
ポリマ－99,0614
非ポリマー6816
水8,881493
1
A: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
C: VHH_VcP#2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8425
ポリマ－49,5312
非ポリマー3113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
H: VHH_VcP#2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9005
ポリマ－49,5312
非ポリマー3693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.296, 50.340, 133.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCH

#1: タンパク質 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP


分子量: 34106.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: siaP, VC_1779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR64
#2: 抗体 VHH_VcP#2


分子量: 15423.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 499分子

#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Imidazole, MES monohydrate, pH 6.5, PEG 550 MME, PEG 20000, 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.38 Å / Num. obs: 57531 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.91 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.09801 / Net I/σ(I): 7.48
反射 シェル解像度: 2.05→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.7936 / Num. unique obs: 10986 / CC1/2: 0.436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→46.38 Å / SU ML: 0.3029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 1997 3.47 %
Rwork0.1952 55534 -
obs0.1973 57531 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6647 0 46 493 7186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20249215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05891003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01091194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0488929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.35111340.31353766X-RAY DIFFRACTION94.45
2.1-2.160.31891420.28673939X-RAY DIFFRACTION99.95
2.16-2.220.3321400.27453940X-RAY DIFFRACTION99.95
2.22-2.30.33631430.26663956X-RAY DIFFRACTION99.98
2.3-2.380.30641420.23853933X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.470.31691420.23363940X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.590.29571430.21353970X-RAY DIFFRACTION99.98
2.59-2.720.27481420.21343958X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.28121430.21413988X-RAY DIFFRACTION99.98
2.89-3.120.28111430.2043976X-RAY DIFFRACTION99.95
3.12-3.430.25571440.18713991X-RAY DIFFRACTION99.88
3.43-3.930.22251440.1644001X-RAY DIFFRACTION99.93
3.93-4.950.21851460.13514036X-RAY DIFFRACTION99.93
4.95-46.380.18471490.15954140X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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