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- PDB-9fuk: CRYSTAL STRUCTURE OF NITRIC OXIDE-TREATED Q262N MUTANT OF THREE-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fuk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NITRIC OXIDE-TREATED Q262N MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Nitrite reductase, copper-type / Cytochrome c / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
UK Research and Innovation (UKRI)BB/N013972/1 英国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/L006960/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of haem three-domain copper nitrite reductase mutants from Ralstonia pickettii
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4754
ポリマ-48,7311
非ポリマー7443
14,790821
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,42412
ポリマ-146,1933
非ポリマー2,2319
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18020 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area43940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.069, 128.069, 86.352
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-197-

ARG

21A-1314-

HOH

31A-1318-

HOH

41A-1379-

HOH

51A-1382-

HOH

61A-1393-

HOH

71A-1415-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 48731.145 Da / 分子数: 1 / 変異: Q262N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
遺伝子: Rpic_4015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UHR8, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % / 解説: Brown red crystal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→37.74 Å / Num. obs: 216270 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.14→1.16 Å / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.907 / Num. measured all: 14739 / Num. unique obs: 7916 / CC1/2: 0.374 / Rpim(I) all: 0.684 / Rrim(I) all: 1.143 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.09→37.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.986 / WRfactor Rfree: 0.116 / WRfactor Rwork: 0.099 / SU B: 0.763 / SU ML: 0.015 / Average fsc free: 0.9841 / Average fsc work: 0.9861 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1223 10975 5.075 %RANDOM
Rwork0.1066 205295 --
all0.107 ---
obs-216270 98.146 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.127 Å2-0.063 Å20 Å2
2---0.127 Å20 Å2
3---0.412 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 45 821 4294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0124050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7751.8475608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6321.7628999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0635580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.715520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14910678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.83510175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1960.23376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21907
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22011
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0870.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2480.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2510.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0730.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0951.2081994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0691.2081994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5312.1842534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.542.1862535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3481.3882056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3491.3892054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3452.4713016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3452.473016
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it17.70520.6244993
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.45715.4474602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.96737913
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.09-1.1190.2866840.29125810.29163340.9370.9481.2110.288
1.119-1.1490.2537210.25143220.25159080.9570.95994.56250.24
1.149-1.1820.2138100.207145320.207153700.9730.97499.81780.189
1.182-1.2190.196900.178143620.178150560.980.98299.97340.156
1.219-1.2590.1717080.157138070.158145240.9840.98699.9380.136
1.259-1.3030.1587660.138132410.14140170.9860.98999.92870.118
1.303-1.3520.1266420.12128930.12135430.9910.99199.94090.1
1.352-1.4070.1156650.099123920.1130580.9920.99499.99230.083
1.407-1.470.1046690.089118760.09125480.9930.99599.97610.074
1.47-1.5410.0995920.076113540.077119460.9940.9971000.065
1.541-1.6240.0916100.07107740.071113850.9950.99799.99120.062
1.624-1.7230.0875300.069102390.07107690.9950.9971000.063
1.723-1.8410.0935100.07395980.074101090.9950.99799.99010.069
1.841-1.9890.0924350.07889890.07994240.9960.9971000.076
1.989-2.1780.0974870.08581540.08586410.9950.9971000.085
2.178-2.4340.1054270.08273980.08378250.9930.9961000.086
2.434-2.8080.1033290.08865970.08969260.9940.9951000.096
2.808-3.4350.1122960.09755550.09858510.9920.9941000.113
3.435-4.8380.1192230.10343000.10445230.9940.9951000.124
4.838-37.740.1781810.17623310.17625180.9860.98899.76170.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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