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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fuk | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NITRIC OXIDE-TREATED Q262N MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII | |||||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural studies of haem three-domain copper nitrite reductase mutants from Ralstonia pickettii 著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 507.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 338.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 803 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48731.145 Da / 分子数: 1 / 変異: Q262N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rpic_4015 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % / 解説: Brown red crystal |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.09→37.74 Å / Num. obs: 216270 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.16 Å / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.907 / Num. measured all: 14739 / Num. unique obs: 7916 / CC1/2: 0.374 / Rpim(I) all: 0.684 / Rrim(I) all: 1.143 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 0.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.283 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.09→37.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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