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- PDB-7qq2: CRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED S321M MUTANT OF THREE-DOMAIN HEM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qq2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED S321M MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / REDOX REACTIONS (酸化還元反応) / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / : / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / ペリプラズム / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / シトクロムc / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other government 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of haem three-domain copper nitrite reductase mutants from Ralstonia pickettii
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7384
ポリマ－49,9931
非ポリマー7463
水7,728429
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,21512
ポリマ－149,9783
非ポリマー2,2379
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area18130 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area44040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.140, 180.140, 180.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-822-

HOH

21A-979-

HOH

31A-994-

HOH

41A-1013-

HOH

51A-1020-

HOH

61A-1021-

HOH

71A-1022-

HOH

81A-1025-

HOH

91A-1029-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 49992.633 Da / 分子数: 1 / 変異: S321M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
遺伝子: RP6297_03937 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: I6NAW4, 亜硝酸レダクターゼ (NO形成)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9126 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→73.65 Å / Num. obs: 56514 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.164.71.0111.546410.5460.5221.141100
8.91-73.544.50.03524.48030.9980.0180.0499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZIY

3ziy


解像度: 2.1→73.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.997 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 2974 5.3 %RANDOM
Rwork0.1534 ---
obs0.1551 53484 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.56 Å2 / Biso mean: 34.351 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→73.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 45 433 3915
Biso mean--40.82 42.9 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.6684982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4121.5897853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7555473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81123.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96715560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.841517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02814
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 211 -
Rwork0.255 3896 -
all-4107 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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