PDB-9fui: CRYSTAL STRUCTURE OF NITRIC OXIDE TREATED F295L MUTANT OF THREE-D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fui

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF NITRIC OXIDE TREATED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia pickettii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of haem three-domain copper nitrite reductase mutants from Ralstonia pickettii
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fui.cif.gz	507.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fui.ent.gz	337.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fui_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fui_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9fui_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	9fui_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq2C 8qgfC 9fuhC 9fukC 3ziy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.275, 128.275, 86.348
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-197- ARG
2	1	A-1254- HOH
3	1	A-1261- HOH
4	1	A-1330- HOH
5	1	A-1331- HOH
6	1	A-1344- HOH
7	1	A-1366- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 48879.348 Da / 分子数: 1 / 変異: F295L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 遺伝子: nirK, D7S62_04310 / 詳細 (発現宿主): pET26b-F295L_RpNiR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.86999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.86999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→37.057 Å / Num. obs: 173732 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.77 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6454 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.588 / R_rim(I) all: 1.043 / Χ²: 0.58 / % possible all: 73.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.17→37.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / WR_factor R_free: 0.12 / WR_factor R_work: 0.097 / SU B: 1.052 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9837 / Average fsc work: 0.9874 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1274	8589	4.945 %	RANDOM
R_work	0.1052	165115	-	-
all	0.106	-	-	-
obs	-	173704	97.174 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.042 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.111 Å²	0.056 Å²	-0 Å²
2-	-	0.111 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.362 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→37.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3437	0	53	775	4265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.804	1.85	5601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.68	1.762	8993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.02	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.199	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.142	10	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.125	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.259	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.394	1.28	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.364	1.277	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.771	2.312	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.772	2.314	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.734	1.445	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.735	1.445	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.684	2.583	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.684	2.583	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.226	22.722	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.622	16.409	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.369	3	7914

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.17-1.2	0.254	530	0.244	9393	0.244	13205	0.954	0.958	75.1458	0.239
1.2-1.233	0.231	550	0.228	10735	0.228	12889	0.964	0.964	87.5553	0.219
1.233-1.269	0.202	561	0.197	11838	0.197	12518	0.973	0.975	99.0494	0.184
1.269-1.308	0.199	662	0.175	11508	0.176	12174	0.976	0.981	99.9671	0.157
1.308-1.351	0.174	554	0.155	11201	0.156	11760	0.981	0.986	99.9575	0.136
1.351-1.398	0.158	598	0.135	10851	0.136	11453	0.985	0.989	99.9651	0.116
1.398-1.451	0.149	581	0.12	10361	0.121	10950	0.987	0.991	99.9269	0.101
1.451-1.51	0.148	495	0.106	10140	0.108	10641	0.987	0.993	99.9436	0.089
1.51-1.577	0.121	460	0.085	9656	0.087	10120	0.991	0.995	99.9605	0.073
1.577-1.654	0.106	481	0.073	9239	0.074	9723	0.993	0.997	99.9691	0.062
1.654-1.743	0.11	413	0.077	8788	0.079	9204	0.987	0.996	99.9674	0.068
1.743-1.849	0.095	429	0.07	8347	0.071	8777	0.994	0.997	99.9886	0.063
1.849-1.976	0.108	391	0.081	7813	0.082	8204	0.993	0.996	100	0.076
1.976-2.134	0.107	364	0.083	7286	0.085	7650	0.993	0.996	100	0.081
2.134-2.337	0.111	354	0.079	6706	0.081	7061	0.993	0.996	99.9858	0.079
2.337-2.611	0.093	330	0.076	6010	0.077	6340	0.995	0.996	100	0.078
2.611-3.012	0.104	305	0.086	5284	0.087	5590	0.993	0.995	99.9821	0.093
3.012-3.683	0.114	246	0.095	4513	0.096	4759	0.993	0.995	100	0.108
3.683-5.184	0.117	168	0.108	3500	0.109	3668	0.993	0.994	100	0.128
5.184-37.057	0.187	117	0.183	1946	0.183	2063	0.985	0.986	100	0.206

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